Вскоре Алексею Михайловичу пришлось столкнуться еще с одной проблемой. С падением патриарха Никона не было уничтожено главное его нововведение: исправление церковных книг. Многие священники и монастыри не согласились принять этих новшеств. Особенно упорное сопротивление оказал Соловецкий монастырь. Монахи Соловецкого монастыря еще в 1658 г. постановили не принимать исправленные при Никоне книги, а в 1663 г. высказались вообще против «нововводных чинов». Меры убеждения на монахов не действовали, а новых назначаемых архимандритов они попросту не пускали в монастырь. В 1668 г. правительство Алексея Михайловича отправило против возмутившихся военную силу во главе с воеводой И. А. Мещериновым, однако с запретом приступов и стрельбы по монастырю. «Мирная» осада непокорных монахов продолжалась пять лет, и только в сентябре 1673 г. Мещеринову было приказано «воровство и мятеж искоренить вскоре» всякими мерами. Несмотря на разногласия среди осажденных и массу перебежчиков, лишь 22 января 1676 г. Мещеринов овладел мятежной обителью, и то с помощью изменника. С мятежниками поступили очень жестоко — их всех повесили. Но вместо награды И. А. Мещеринова ждал суд. Еще во время осады в Москву на него шли доносы с обличениями в насилиях. По взятии монастыря его обвинили в краже монастырской казны. В конце концов следственное дело кончилось для Мещеринова благополучно.
В то же время на юге поднял бунт донской казак Степан Разин. Этот мятеж, переросший по сути в гражданскую войну, распространившуюся на Яик и Поволжье до Самары и Симбирска, основывался не только на одном традиционном казачьем представлении о воле. Его поддерживала и народная масса, находившаяся в тяжелом экономическом положении, под крепостническим и административным гнетом.
Степан Тимофеевич Разин происходил из среды домовитых донских казаков. По известиям современников, старший брат Степана Разина Иван был повешен в 1665 г. князем Юрием Долгоруким за то, что самовольно ушел из похода против поляков с отрядом донских казаков, над которыми был атаманом. Младшим братом Степана Разина был Фрол, или Фролка, его неразлучный спутник. О жизни Степана до того момента, когда он выступает в Черкасске во главе удальцов, состоявших преимущественно из голытьбы, всегда во множестве собиравшейся на Дону, почти ничего не известно. Собрав голутвенных казаков, Разин хотел плыть с ними по Азовскому морю грабить турецкие берега, но черкасский атаман Корнило Яковлев не позволил ему этого и некоторое время удерживал казаков в повиновении московскому царю. Тогда Степан поплыл вверх по Дону. Добравшись до того места, где Дон сближается с Волгой, он заложил там стан, названный Ригой.
Когда слух о появлении казацкого стана дошел до Царицына, началась переписка между московскими начальными людьми, но серьезных мер против казаков никто не принимал. Разин между тем перешел на Волгу и здесь, недалеко от Камышина, устроил новый стан. Разграбив торговый караван, Степан Разин отправился к Царицыну, но не взял его, а только напугал воеводу, который беспрекословно исполнил все его требования, выдал наковальню, меха и кузнечную снасть. Он проплыл мимо Черного Яра, встретил, разбил и высек московского воеводу Беклемишева, вошел в Каспийское море и оттуда рекой Яиком достиг Яицкого городка. Все это происходило летом 1667 года. Яицкий городок был взят казаками хитростью. Лето Разин просидел в Яицком городке, а в сентябре отправился к устью Волги и здесь погромил татар, затем пограбил турецкие суда на Каспийском море. Опасаясь разгрома, калмыки, кочевавшие между Яиком и Волгой, вступили в дружеские сношения с Разиным. В ноябре приехали к нему посланцы с Дона, с грамотой государя и увещанием войска отстать от воровства и воротиться на Дон. Разин принял посланцев с честью и отпустил невредимыми, но, отпуская, сказал: «когда впредь ко мне государева грамота придет, то я великому государю вину свою принесу».
Весной 1668 г. Степан Тимофеевич ушел в море. Казаки в это время грабили дагестанские берега, разоряли города и превращали их, как, например, Дербент, в груду развалин. С наступлением весны 1669 г. Разин поплыл на восточный берег Каспийского моря и погромил трухменские улусы, потеряв при этом своего неустрашимого товарища Сережку Кривого. Казаки разгромили отправленный на их поимку персидский флот.
