Кроме этого, Собор решал вопрос о соотнесении царства и священства. Восточные патриархи высказывались за симфонию властей, а среди некоторых русских участников Собора были такие, которые считали, что священство выше царства. По распоряжению царя материалы по этой дискуссии не были включены в протокол Собора.
Вернулся Собор и к церковной реформе. Она была им подтверждена. Противники реформы были преданы анафеме, и с этого времени старообрядцы стали подвергаться жестоким репрессиям. Учителя раскола — Аввакум, Лазарь, Федор Трофимов были осуждены и сосланы в Пустозерск на вечное заключение. Всем им, кроме Аввакума, были урезаны языки и пальцы правой руки. Правительство начало применять к раскольникам карательные меры.
В начале 1650-х г. на первый план выдвинулись дела внешней политики. В это время обострились противоречия на Украине. Польские паны продолжали наступать на права православного населения Речи Посполитой, и в первую очередь казачества. Восстания запорожских казаков в 1630 и 1638 гг. закончились поражением. В результате Запорожское войско утратило свое самоуправление, а казаки, проживающие вне Сечи, пребывали под властью комиссаров и полковников, назначенных из польских шляхтичей. Напряженность на Украине достигла предела.
Начало освободительного движения в Малороссии связано с именем Богдана Хмельницкого. Принадлежа к старшине, Хмельницкий сначала исправно служил польским королям. Но случай из личной жизни Хмельницкого резко изменил его образ действий относительно польского правительства, заставив его поднять малорусский народ и стать во главе восстания, подготовленного всей политикой польского государства относительно казачества и вообще русского православного населения в пределах Речи Посполитой.
У Б. Хмельницкого был небольшой хутор Субботово, близ Чигирина. Воспользовавшись его отсутствием, польский подстароста Чаплинский, ненавидевший Хмельницкого, напал на его хутор, разграбил его, увез женщину, с которой сотник жил после смерти своей первой жены Анны Сомковны, обвенчался с ней по католическому обряду и высек младшего сына Хмельницкого так сильно, что тот вскоре умер. Б. Хмельницкий начал было искать возмездия в суде, но там ему ответили только насмешкой. Тогда он обратился к королю, который высказал, как говорили, удивление, что казаки, имея оружие в руках, не защищают сами своих прав. Возвратившись ни с чем из Варшавы, Хмельницкий решил прибегнуть к оружию.
22 апреля 1648 г. Хмельницкий с казаками выступил из Запорожья. У Желтых Вод 8 мая казаки вместе с крымскими татарами наголову разгромили польское войско. 15 мая под Корсунем был уничтожен еще один польский отряд, а его предводители взяты в плен. Победы Хмельницкого при Желтых Водах и под Корсунем вызвали всеобщее восстание малорусского народа против поляков. Крестьяне и горожане бросали свои жилища, организовывали отряды и старались со всей жестокостью отомстить полякам за притеснения, которые они от них за последнее время претерпели.
Послав послов в Варшаву, Хмельницкий медленно подвигался вперед. Польский Сейм постановил готовиться к войне с казаками. 21 сентября 1648 г. у Старо-Константинова произошло еще одно сражение, в котором поляки снова не устояли и бежали. В первых числах января 1649 г. Хмельницкий въехал в Киев, где его встретили торжественно. Из Киева он отправился в Переяславль. Слава его разнеслась далеко за пределы Украины. К нему приходили послы от крымского хана, турецкого султана, молдавского господаря, седмиградского князя и даже от московского царя Алексея Михайловича с предложением дружбы. Польские послы принесли Хмельницкому грамоту на гетманство от короля, и тот ее принял.
Однако мир не был заключен, и весной 1649 г. польские войска стали стягиваться на Волынь. Хмельницкий выступил из Чигирина, но двигался вперед чрезвычайно медленно, поджидая прибытия крымского хана Ислам-Гирея, с которым он и соединился. После этого казаки с татарами подступили к Збаражу, где осадили польское войско. Осада продолжалась больше месяца (в июле 1649 г.). В польском лагере начался голод и повальные болезни. На помощь осажденным выступил сам король Ян Казимир во главе двадцатитысячного отряда. Близ Зборова, 5 августа 1649 г., произошла битва, в результате которой был заключен Зборовский договор. По нему утверждались прежние права малорусского казачества. Казачий реестр не должен был превышать установленные договором 40 тысяч. Остальные должны были возвратиться в первоначальное положение, т. е. снова сделаться крестьянами. Это вызвало большое недовольство в народе. Волнения усилились, когда польские паны стали возвращаться в свои имения и требовать от крестьян прежних обязательных отношений. Крестьяне восставали против панов и изгоняли их.
