С севера открыл против Польши военные действия шведский король Карл X. Успехи шведского короля, завладевшего Познанью, Варшавой и Краковом, изменили ход военных действий. Казалось, Польша находится на краю гибели. В Москве стали опасаться усиления Швеции за счет Польши. 15 июля 1656 г. царь двинулся в Ливонию и, по взятии Динабурга и Кокенгузена, 20 августа осадил Ригу. Однако осада была снята вследствие слуха, что Карл X идет в Ливонию. Алексей Михайлович был вынужден отступить в Полоцк.
В это время король Ян Казимир завел сношения с Хмельницким, но последний не соглашался ни на какие переговоры, пока не будет признана со стороны Польши полная самостоятельность всех древнерусских областей. Тогда Ян Казимир обратился к царю Алексею Михайловичу, который в 1656 г., без соглашения с Хмельницким, заключил мир с поляками. Возник даже проект созвать сейм с участием московских уполномоченных для избрания Алексея Михайловича в преемники Яну Казимиру, уничтожить унию и дозволить в Польше свободное исповедание православной веры.
Между тем планы Хмельницкого на самостоятельность Украины рухнули. Некоторое время он все еще не оставлял надежды привести их в исполнение и в начале 1657 г. заключил с этой целью союзный договор со шведским королем Карлом X и седмиградским князем Юрием Ракочи. Согласно этому договору, Хмельницкий послал на помощь союзникам против Польши 12 тысяч казаков. Поляки известили об этом Москву, откуда были посланы к гетману послы. По их настоянию, гетман принужден был отозвать отряд, посланный на помощь союзникам. Месяца два спустя Хмельницкий велел созвать в Чигири-не раду для выбора ему преемника. В угоду старому гетману рада избрала его несовершеннолетнего сына Юрия. Умер Богдан Хмельницкий 27 июля 1657 г. от апоплексии, так и не увидев свободной Украины.
В 1661 г. в Кардисе был заключен мир со Швецией. По этому миру Алексей Михайлович уступал шведам все завоеванные им территории в Прибалтике. Невыгодные условия Кардисского мира вызваны были смутами на Украине и новой войной с Польшей. По смерти Богдана Хмельницкого его сын Юрий присягнул Москве, но вскоре постригся в монахи и был заменен гетманом Тетерей на правой стороне Днепра. Пользуясь смутами в Малороссии, польский сейм отказался признать Алексея Михайловича наследником польского престола и не уступал Москве ее завоеваний.
Так началась вторая польская война. В июне 1659 г. князь Трубецкой был разбит под Конотопом, где погиб цвет московской дворянской конницы; в сентябре потерпел поражение Шереметьев под Чудновым. В Москве была сильная тревога, Алексей Михайлович даже готовился к отъезду в Нижний Новгород. Гетман Тетеря присягнул польскому королю, который переправился на левую сторону Днепра, но после неудачной осады Глухова в начале 1664 г. и успешных действий его противников — Брюховецкого, избранного гетманом на левой стороне Днепра, и князя Ромодановского — ушел за Десну. Ордын-Нащокин советовал Алексею Михайловичу отказаться от Малороссии и продолжить войну со Швецией. Эта мысль была с негодованием отвергнута царем. Благоприятному исходу борьбы способствовали внутренние беспорядки в Польше и переход гетмана Дорошенко, преемника Тетери, в подданство турецкого султана.
13 января 1667 г. в деревне Андрусове было заключено перемирие с Польшей на 13 лет. Московское царство по этому договору приобрело Смоленск, Северскую землю, левую сторону Днепра и, кроме того, Киев на два года. В период русско-польской войны (1654–1667) Алексей Михайлович, лично побывав в Витебске, Полоцке, Могилеве, Ковно, Гродно и особенно в Вильно, познакомился там с новыми культурными порядками и обычаями. По возвращении в Москву он даже сделал перемены в придворной обстановке. Во дворце появились обои (золотые кожи) и мебель на немецкий и польский образец.
Еще во время войны с Польшей правительство Алексея Михайловича должно было обратить внимание на новые внутренние беспорядки. В 1656 г., ввиду недостатка в казне серебряной монеты, выпущены были медные деньги с принудительным курсом серебряных. Подделка медной монеты, падение курса медных денег, вздорожание товаров привели к полному краху и этой операции. Денежная реформа, направленная на решение финансовых затруднений во время тяжелой войны за счет взыскания недоимок за прошлые годы и выпуска медных денег, вызвала Медный бунт. Летом 1662 г. мятежники в селе Коломенском окружили самого царя, хватали его за кафтан и требовали выдачи «изменников», приближенных и родственников царя, которых обвиняли в злоупотреблениях с медными деньгами — И. Д. Милославского и думного дворянина А. И. Матюшкина. Царь сначала было ударил по рукам с одним из мятежников в том, что лично расследует дело, но потом, раздосадованный настойчивостью мятежной, хотя и безоружной, толпы, приказал разогнать ее силой. Восстание было жестоко подавлено. Много народа было перебито, ранено и отправлено в ссылку. Но все же в 1663 г. медные деньги были отменены и восстановлено серебряное обращение.
