Борис Годунов, став всемогущим распорядителем при царе Фёдоре Ивановиче, поначалу держал слово. Всем семи братьям Романовым были оказаны милости, особенно старшему Фёдору Никитичу, занявшему опустевшее место главы рода. Несмотря на свою молодость (на момент смерти отца, в 1586 году, ему было около 32 лет), он стремительно продвигался по чиновной лестнице. Разрядные книги отмечают его в 1589 году на десятом месте среди виднейших бояр, в следующем, 1590 году, — на шестом, а к концу царствования последнего Рюриковича Фёдор Никитич Романов уже имел чин главного дворового воеводы (главнокомандующего). Он исправлял, не выезжая из Москвы, должность наместника псковского и считался одним из трёх руководителей государевой Ближней Думы. Впрочем, ни особых воинских подвигов, ни великих государственных дел за ним не числилось.
В эти годы Фёдору Никитичу вполне открылась и третья статья счастливой боярской жизни — изобильное благополучие. У него было всё, что только могло поразить воображение тогдашнего москвича: богатый дом, всегда открытый для гостей, пышный выезд, толпа верных холопов, всюду его сопровождавших, лучшие охотничьи собаки и ловчие птицы. Статный красавец, он умел так ловко носить московские и польские кафтаны последнего покроя, что между портными вошло в обычай говорить заказчику, примеривая на нём платье: «Ты теперь вылитый Фёдор Никитич!» В 1593 году его «золотный» наряд (роскошное одеяние из золотой парчи) произвёл неизгладимое впечатление на посла императора Рудольфа.
Словом, на Москве Фёдор Никитич слыл добрым, ласковым и щедрым боярином. Женился он на Ксении Ивановне Шестовой — девице из небогатого, но древнего рода. У них было пятеро сыновей и дочь, из которых отца пережил лишь один Михаил Фёдорович.
И всё было бы славно и хорошо, если бы за масленицей не следовал с неизбежностью Великий пост.
В 1598 году умер бездетный царь Фёдор Иванович. В своём духовном завещании он отказал державу трём лицам — «святейшему Иову патриарху… да брату своему Фёдору Никитичу Романову, да шурину своему… Борису Фёдоровичу Годунову».
Фёдор Никитич, не имевший опыта политических интриг, не посмел коснуться шапки Мономаха, и Годунов поспешно возложил её на свою голову. Сразу же после воцарения его отношение к Романовым резко изменилось. От царского престола на Фёдора Никитича пахнуло холодным ветром. При новой разрядной росписи он не только не удостоился первого воеводства ни в одном полку, но был помещён последним в списке бояр.
Со стороны могло показаться, что старший Романов перенёс оскорбление смиренно. Он послушно занял отведённое ему место при новом дворе. Но то была всего лишь видимость кротости. Беспечный щёголь умер, родился политик.
Вокруг Романовых постепенно сплотились боярские роды, недовольные «безродным татарином» на троне. В этом кружке и была высижена мысль о самозванце как эффективном орудии борьбы против Годунова.
На эту роль была выбрана забубённая голова — Юшка (Григорий) Богданов сын Отрепьев, в прошлом холоп на дворе у Михаила Романова, брата Фёдора Никитича. Замешанный в каком-то тяжёлом преступлении, за которое ему грозило суровое наказание, он бежал из Москвы и постригся в монахи в глухом монастыре в Ярославской области. И вдруг невидимая рука извлекла его из ярославских лесов и вновь привела в столицу — и не куда-нибудь, а на патриарший двор, где его назначили переписчиком. Зачем это было сделано, догадаться нетрудно. По обязанности службы Отрепьев должен был ознакомиться в архивах с материалами угличского следственного дела 1591 года о смерти царевича Дмитрия, и должность патриаршего секретаря обеспечивала доступ к этим важным документам. Одновременно заговорщики начали распространять слухи о том, что царь Борис виновен во множестве злодеяний, — в частности, он якобы подослал убийц к царевичу Дмитрию и приказал задушить царя Фёдора.
Механизм Смуты был запущен. Но Романовы и их сообщники не успели использовать своё тайное орудие, Борис опередил их.
За неимением прямых улик весной 1601 года на Романовых было состряпано дело о том, что они хотят «достать царство», отравив Бориса. Сейчас же на дворе у Александра Никитича Романова, по навету его казначея, были обнаружены мешки с «отравным зельем», которого хватило бы на то, чтобы отравить пол-Москвы. Романовых немедленно взяли под стражу. Арестованных, а также их дворню пытали, но добиться признания ни от кого не смогли. Поэтому обошлось без казней. Фёдора Никитича постригли в монахи под именем Филарета в далёком Антониево-Сийском монастыре. Его жену вместе с детьми, среди которых находился малолетний Михаил — будущий основатель династии, сослали в Пермскую волость. Прочих братьев рассеяли по отдалённым городам. Из шести арестованных братьев Романовых выжили только двое: Филарет и Иван, остальные умерли в ссылке.
