Попытка японцев перекрыть выход из внутренней гавани с помощью брандеров совпала с попыткой массового заброса в Порт-Артур японских шпионов. Контрразведчик ротмистр Загоровский, лицо, ответственное за обеспечение безопасности в крепости, в телеграмме в Харбин доносил начальнику Заамурского корпуса пограничной стражи генералу Н.М. Чичагову:
«Из потопленного у Голубиной бухты брандера удалось высадиться и проникнуть в крепость переодетым японским шпионам, скрывавшимся в городе, а по ночам с окрестных высот устраивавшим сигнализацию с неприятельской эскадрой. Две ночи это замечалось. Сигналы подавались фонарем с разных мест и даже между домом коменданта крепости и интендантскими складами.
Приняты энергичные меры к задержанию виновных. Сообщается о задержании 20 человек, которые были пойманы при передаче неприятелю сигналов. Населению разъяснялась ответственность за шпионаж в военное время и было дано поручение гражданскому комиссару объявить об этом и расклеить объявления на русском, китайском и английском языках».
Русская Маньчжурская армия, развертывание которой затянулось на полтора месяца, и флот Тихого океана, серьезно ослабленный в первые же дни войны, не смогли выполнить главную задачу ее начального периода. По плану войны намечалось не допустить высадку японцев на западном побережье Кореи. Однако эта задача оказалась невыполненной.
Война на суше пока не начиналась. Японский Соединенный флот занимался морской блокадой Порт-Артура и обеспечением прикрытия транспортов, перевозивших войска с островов в Корею. Захват Сеула и порта Чемульпо японскими войсками значительно облегчил «подход» сухопутных сил Японии к пограничной реке Ялу, к границе Южной Маньчжурии. Однако переброска войск из Японии на корейскую землю проходила весьма медленно, не так, как ее планировало высшее командование.
Серьезность положения на Дальнем Востоке, особенно бездеятельность русского флота, заставила императора Николая II подумать о назначении нового командующего флотом Тихого океана. Выбор пал на вице-адмирала С.О. Макарова, бесспорно талантливого флотоводца, знаменитого полярного исследователя и военного ученого, командовавшего кронштадтским портом. Макаров за свой «беспокойный характер» не жаловался при царском дворе. Но зато он долгое время служил на Тихом океане, хорошо знал морской театр военных действий.
Прибывший в Порт-Артур Макаров увидел безрадостную картину. Шла война, а корабли Тихоокеанской эскадры в бездействии стояли во внутренней гавани морской крепости. Они не препятствовали оживленным вражеским коммуникациям в Желтом море.
Порадовали только действия владивостокского отряда крейсеров. Он несколько раз выходил на поиск врага в Японское море, и такая активность русских, исходившая из морской крепости Владивосток, обеспокоила вице-адмирала Хейхатиро Того. Ему пришлось для пресечения активности противной стороны создать специальную «сдерживающую» эскадру из 5 броненосных, 2 легких крейсеров и двух отрядов эскадренных миноносцев. Эта эскадра по своей силе значительно превосходила владивостокский отряд, состоявший из 4 крейсеров и 10 миноносцев.
Свою деятельность в Порт-Артуре С.О. Макаров начал со знакомства с обстановкой и экипажами кораблей. Свой штаб командующий разместил на самом мощном корабле Тихоокеанской эскадры, броненосце «Петропавловск». Он сразу же позаботился о сохранности военных тайн. Его приказ № 1 от 29 февраля 1904 года потребовал от командиров кораблей принимать приказы командующего только в запечатанных конвертах, хранить лично у себя, а в случае угрозы захвата противником уничтожать их. Приказ № 2, датированный тем же числом, гласил:
«Для успеха дела, который так дорог каждому из нас, было бы самое лучшее вообще ничего не писать, но так как я не считаю возможным подвергать служащих такому лишению, то указываю, что не возбраняется писать свои личные впечатления и собственно бытовые подробности каждой стычки с неприятелем, лишь бы из этого не видны были наши тактические приемы, наши недостатки».
С прибытием Макарова порт-артурская эскадра перестала «прятаться» во внутренней гавани крепости. Она стала выходить в открытое море и действовать. Командиры кораблей получили инструкции для похода и боя, в которых определялись их обязанности в войне на море. Уже 11 марта новый командующий русским флотом на Тихом океане докладывал главнокомандующему на Дальнем Востоке адмиралу Е.И. Алексееву:
«Несмотря на всякие несовершенства и недостаток в исправных миноносцах, я нахожу, что мы могли бы рискнуть теперь попробовать взять море в свои руки, и, преднаметив постепенно увеличивать район действия эскадры, я предусматриваю генеральное сражение, хотя благоразумие подсказывает, что теперь еще рано ставить все на карту, а в обладании морем полумеры невозможны».
Командующий флотом Тихого океана, прежде всего, позаботился о «беспокойстве» японцев за свои морские коммуникации в Японском и Желтом морях. Макаров дает начальнику отряда владивостокских крейсеров контр-адмиралу К.П. Иессену следующую инструкцию:
