21 ноября 1945 года Скорцени был переведен в «Свидетельское крыло» тюрьмы, что повлекло за собой существенное ослабление режима содержания. В качестве свидетеля диверсант № 1 выступал в защиту Фрица Заукеля, а также давал показания по деятельности РСХА.
Весной 1946 года сбор свидетельских показаний был закончен, и в начале мая Скорцени стал готовиться к отъезду из Нюрнберга. Многие свидетели из Нюрнберга, как и наш знакомец, были отправлены в Дахау. По прибытии «человек со шрамами» был снова помещен в одиночную камеру. Через несколько дней открылась и причина — в Дахау в то время готовился процесс по убийствам в Мальмеди, произошедшим во время Арденнского наступления. Процесс длился с 16 мая по 16 июля 1946 года. Доказательная база американцев в этом случае была слаба, и Скорцени неоднократно принуждался к даче ложных показаний. На одном из допросов ему даже продемонстрировали протокол допроса одного из офицеров 1-й танковой дивизии СС «Лейбштандарт Адольф Гитлер», который содержал обвинения и против Скорцени лично.
— Скорцени, если вы согласитесь нам помочь, я изыму компрометирующий вас протокол и уничтожу его, — заявил дознаватель.
— Господин офицер, меня совсем не интересуют показания неизвестного мне штурмбаннфюрера. Я тем более не собираюсь идти на преступление и уничтожать такие важные улики, если верить вашим словам… Пусть решает трибунал… — ответил диверсант № 1.
На этом попытки принудить Скорцени к даче показаний против обвиняемых на процессе Мальмеди прекратились. Вскоре у него обострилась язва и он был переведен из Дахау в Нюрнберг. Несмотря на приступ, ему было необходимо свидетельствовать против преступных организаций. Дав показания по функционированию СД, Скорцени через несколько недель был переведен в лагерь Нюрнберг-Лангевассер, а затем в лагерь под Регенсбургом, где собирались бывшие граждане Австрии.
Из Регенсбурга большинство австрийцев было отправлено в центр репатриации в Дармштадте. Там им предстояло сделать выбор — гражданами какой страны они хотят быть. Скорцени сделал свой выбор давно — Германия.
Два дня Скорцени размышлял по дороге в Дармштадт, трясясь в вагоне. По приезде в Дармштадт выяснилось, что никто не сообщил о приезде эшелона из Регенсбурга и соответственно никто австрийцев не ждал. Эшелон вернулся в Регенсбург. Освобождение откладывалось, и как мы скоро увидим — надолго.
Из Регенсбурга Отто Скорцени был вновь отправлен в Висбаден, а через неделю — в лагерь в Оберурзеле. Здесь планировалось в очередной раз допросить и решить его судьбу. Однако допрос не состоялся, и Скорцени вернулся в Дахау. После пребывания в одиночке у него резко обострились боли в желудке. Оказалось, это уже не очередное обострение язвы, а проблема с желчным пузырем. Тюремный врач сообщил, что может перевести больного в военный госпиталь только при согласии на удаление желчного пузыря. Спустя несколько дней Скорцени согласился и был переведен в госпиталь. 6 декабря 1946 года диверсант был прооперирован и затем помещен в отдельную палату, в которой постоянно дежурил часовой. Восстановление после операции шло достаточно медленно, и лишь в феврале 1947 года Скорцени был выписан из госпиталя и вернулся в лагерь в Дахау.
Скорцени уже долго находился в лагере, когда весной 1947 года его вызвали для допроса. Офицер американской разведки трижды подолгу беседовал с «человеком со шрамами». Все допросы строились вокруг Арденнского наступления и роли Скорцени в нем. Столь пристальное внимание к этой операции встревожило диверсанта, и он задал вопрос дознавателю — в чем его подозревают?
— Скорцени, следствие не располагает какой-либо информацией, свидетельствующей против вас лично и против вашей бригады. Решение по этому поводу принимается на самом «верху», и примерно через месяц мы будем знать результаты, — ответил подполковник и удалился.
Прошло несколько месяцев, наступил июль, затем август. 18 августа 1947 года Скорцени вызвали к коменданту лагеря. Войдя в помещение, бывший штандартенфюрер СС увидел много незнакомых людей и репортеров. Спустя несколько минут в зал ввели сослуживцев Скорцени по 150-й танковой бригаде.
В соответствии с процессуальным правом обвиняемые получили защитников от американской армии — подполковника Роберта Дарста, подполковника Дональда Мак-Клюэ и майора Льюса Горовица. Пообщавшись со Скорцени и убедившись в его невиновности, Дарст пообещал защищать его «как родного брата». Также защищать обвиняемых вызвалось 3 немецких адвокатов.
По совету Дарста обвиняемые подали отвод ряду судей, но председатель суда остался неизменным, вопреки надеждам немцев. Председатель трибунала — Холмс — имел недобрую славу среди немецких военнопленных и за свое «усердие» в приговорах был прозван немцами «вешателем». Так что перспектива оказаться в петле замаячила перед «человеком со шрамами».
Подсудимые обвинялись в нарушении законов и обычаев войны по 4 эпизодам.