С середины 1850-х годов и до конца своих дней он был активным членом большого количества благотворительных обществ и попечительских комитетов, государственных и общественных. Незадолго до смерти ему было присвоено почётное звание «члена-благотворителя Общества Святого Стефана Пермского по поддержанию чистоты нравов в народе». Ценя заслуги покойного, отпевание его совершил викарий Пермской епархии и епископ Екатеринбургский преосвященный Нафанаил в Воскресенской церкви, которая была построена в память освобождения крестьян от крепостной зависимости и на возведение которой П. Д. Дягилев также пожертвовал крупную сумму. Своих собственных крепостных он освободил досрочно, до манифеста 1861 года и «весь предался приведению в исполнение реформ, за которые стоял горой», как сказано в «Семейной записи о Дягилевых».
«Не следует много заботиться о погребении и памятнике, — благодеяние бедным есть самая лучшая принадлежность погребения», — писал Павел Дмитриевич в своем духовном завещании, составленном ещё 15 лет назад. В этом документе он, казалось бы, всё предусмотрел и попросил «напечатать в более общенародных газетах» о его кончине. А вот место погребения он не указал, хотя «при жизни, — сообщает Е. В. Дягилева, — Папаша несколько раз выражал желание быть похороненным в Бикбарде у северного входа церкви, в саду. «Всякий раз, что вы будете идти в церковь, вы пройдёте мимо моей могилы и вспомните меня», — говорил он».
В своём желании Павел Дмитриевич исходил из того, что Бикбарда, где летом собиралось до пятидесяти человек дягилевского семейства, почти для каждого из них была любимейшим местом. Да и жители Бикбарды, как ему казалось, его бы не забыли, ведь не зря же в день его ангела они с почтением высказывали свою благодарность: «У каждого из нас глубоко врезалось в сердце то, что Вами для нас сделано и делается». Он действительно содержал за свой счёт школы и больницу в Бикбарде, а также ежегодно проводил в ней две большие ярмарки — Сретенскую и Рождество-Богородицкую, на которых «стечение народа было до 5125 человек», а торговые помещения, как сообщала губернская газета, «устраиваются на счёт владельца, г. Дягилева, и доход за них поступает в пользу местной церкви».
Однако похороны Павла Дмитриевича состоялись не в Бикбарде, а в Перми. «Мамаша вследствие разных затруднений решила похоронить мужа рядом с его родителями на соборном кладбище у самого алтаря местного собора», — поясняет Е. В. Дягилева. Пермский некрополь Спасо-Преображенского кафедрального собора в советское время был уничтожен, как и семейный склеп Философовых в селе Бежаницы Псковской губернии, где была похоронена дочь П. Д. Дягилева Анна Павловна. Да и в Бикбарде его могила вряд ли сохранилась бы, о чём безмолвно свидетельствует стоящая ныне там обезглавленная и полуразрушенная Рождество-Богородицкая церковь, о которой он постоянно с великой любовью заботился.
Пожалуй, лучшее и наиболее объективное высказывание о Павле Дмитриевиче принадлежит его невестке Елене Валерьяновне: «Умер дедушка (так называли его в Пермской губернии) царьком, как и жил. Не только «хоромы» его подразумеваю я под этим, но главное, тот почёт и значение, которыми он пользовался, то любопытство и отчасти страх, который он, как все люди, далёкие от толпы, возбуждал в ней. Это нисколько не мешало ему обладать совершенно здравым, даже выдающимся умом и несокрушимой энергией, редко встречающейся у молодых, а в старике — поражающей. В пример приведу один случай из последнего года его жизни, когда ему пошёл 74-й год. Однажды посреди бела дня вспыхнул у нас на сеновале пожар. Не успели оглянуться, как он охватил все надворные деревянные службы. Муж мой, не видя отца на пожаре, стал искать его и вбежал к нему в кабинет. Что же он увидел? За широкими окнами бушевало пламя, работали пожарные, шумел народ, а перед окнами, у кабинетного стола сидел Павел Дмитриевич и спокойно чем-то занимался, а на вопрос сына, что же он делает, тот ответил, что чертит план нового здания, но каменного, взамен сгоревшего!» Современники отмечали, что многие черты характера Павла Дмитриевича нашли яркое продолжение в личности его внука — Сергея Дягилева.
По архивным документам второй половины XVII века линия рода нашего главного героя прослеживается с «пашенного» (государственного) крестьянина Чюбаровской слободы Тобольского уезда Терентия Степановича Дягилева, проживавшего в деревне Меншиковой Большой. Его сын Фёдор[12] был также крестьянином Тобольского уезда и имел четырёх сыновей, старший из которых — Павел[13] — поселился в середине 30-х годов XVIII столетия на пермских землях. Как доказывают современные российские исследователи, именно Павел Фёдорович был родоначальником пермской ветви Дягилевых. Вместе с тем новые исследования опровергают сложившееся с некоторых пор ошибочное мнение, что таковым являлся его внук Дмитрий Васильевич, и вносят существенные коррективы и дополнения в историю пермского рода Дягилевых.