Вскоре тиран приказал не допускать к себе священника. Этой немилостью поспешили воспользоваться фавориты. «31 марта 1568 года, — пишет Костомаров, — в воскресенье, Иван приехал к обедне в Успенский собор с толпой опричников. Все были в черных ризах и высоких монашеских шапках. По окончании обедни царь подошел к Филиппу и просил благословения. Филипп молчал и не обращал внимания на присутствие царя. Царь обращался к нему в другой, в третий раз. Филипп все молчал. Наконец царские бояре сказали: «Святой владыка! Царь Иван Васильевич требует благословения от тебя». Тогда Филипп, взглянув на царя, сказал: «Кому ты думаешь угодить, изменивши таким образом благолепие лица своего? Побойся Бога, постыдись своей богряни-цы. С тех пор, как солнце на небесах сияет, не было слышно, чтоб благочестивые цари возмущали так свою державу. Мы здесь приносим бескровную жертву, а ты проливаешь христианскую кровь твоих верных подданных. Доколе в Русской земле будет господствовать беззаконие? У всех народов, и у татар и у язычников, есть закон и правда, только на Руси их нет. Во всем свете есть защита от злых и милосердие, только на Руси не милуют невинных и праведных людей. Опомнись: хотя Бог и возвысил тебя в этом мире, но и ты смертный человек. Взыщется от рук твоих невинная кровь. Если будут молчать живые души, то камения возопиют под твоими ногами и принесут тебе суд».
«Филипп! — сказал царь. — Ты испытываешь наше благодушие. Ты хочешь противиться нашей державе; я слишком долго был кроток к тебе, щадил вас, мятежников, теперь я заставлю вас раскаяться».
Он сдержал свое обещание. Орудием в руках несправедливого суда послужил протопоп Евстафий, духовник Грозного, который ненавидел митрополита. Его благодетель хотел, чтобы Филипп был обязательно опорочен и низложен будто бы из-за своих нечистых дел. Евстафий направил в Соловки людей с тем, чтобы они добыли ложную информацию на митрополита. Сначала местные иноки давали только положительные отзывы о бывшем игумене. Но суздальский епископ Пафнутий соблазнил тогдашнего игумена Паисия обещанием епископского сана, и тот оклеветал Филиппа. Время показало, что взамен он не получил того, чего ждал, а наказание за совершенный им грех было впереди. Впоследствии царь и его окружение расправились и с другими священниками, свидетельствовавшими против митрополита.
Филипп был призван к самодержцу. Он уже знал, что против него замышляется, и, не дожидаясь сурового приговора, объявил, что снимает с себя сан. «…Бойтесь убивающих душу более, чем убивающих тело!» — сказал он присутствовавшим при этом священникам. Но Грозный не позволил ему спокойно удалиться. «Ты хитро хочешь избегнуть суда, — ликовал он, — нет, не тебе судить самого себя; дожидайся суда других и осуждения; надевай снова одежду, ты будешь служить на Михайлов день обедню».
В назначенный день Филипп в полном облачении готовился начинать обедню, когда Басманов с опричниками приостановили службу. В присутствии паствы они зачли приговор собора, лишавший митрополита пастырского сана. Вслед за этим вооруженные люди вошли в алтарь, сняли с Филиппа митру, а затем вывели его из церкви, заметая за ним следы метлами. По царскому указанию, уже после суда, ему забили ноги в деревянные колодки, на руки надели железные кандалы, отвезли в монастырь святого Николая и уморили там голодом.
Не долго оставалось злорадствовать окружению помешавшегося в рассудке самодержца. Мужество Филиппа и смерть второй жены Марии Темрюковны (1569) так подействовали на его психику, что он перестал доверять даже своим фаворитам. Ему везде мерещились одни лишь враги, мечтавшие погубить его и взойти на русский престол.
В этот момент, возненавидев Басманова и Вяземских, Иван Васильевич приблизил к себе голландского доктора Бомелия. Тот поддерживал в нем страх астрологическими суевериями, предсказывал бунты и измены. Считается, что он внушил Грозному мысль обратиться к английской королеве, чтобы та дала московскому правителю убежище в своей стране. Елизавета ответила согласием, но при этом выдвинула условие: Иван Васильевич может приехать в Англию и жить там сколько угодно, соблюдая обряды старогреческой церкви. Это, конечно, не подходило русскому самодержцу. Он и на родине не обременял себя никакими обрядами. Разве мог он терпеть такое давление на чужбине? Страх потерять независимость перевесил постоянные страхи перед изменой.
Повод для того, чтобы остаться на Руси, скоро нашелся. Зная по летописям, что Новгород и Псков всегда стремились к древней вечевой свободе, Грозный решил совершить «поход» на эти земли, чтобы наконец установить там порядок. С ним шли все опричники и множество детей боярских. Жертвами в этом затянувшемся историческом споре стали не только Новгород с Псковом, но и Тверь. В этом городе полегло, как записано в «помяннике» Грозного, 1490 православных христиан.
