К действиям в составе штурмовых отрядов и групп широко привлекались инженерные войска фронта. В состав каждого штурмового отряда было включено по одной саперной роте, в состав каждой штурмовой группы – по одному саперному взводу. Кроме того, в каждом корпусе создавалась группировка саперных сил (до пяти саперных рот), перед которой ставилась задача проведение инженерной разведки, оборудование исходного района, снятие своих минных полей, проделывание проходов в минных полях противника, сопровождение пехоты и танков в наступлении.
В качестве элементов оперативного построения в масштабе фронта были созданы: фронтовая группа артиллерии дальнего действия в составе пяти бригад для борьбы с артиллерией противника в полосах действий 43-й и 50-й армий; группа артиллерийской блокады района Кёнигсберга 9234 орудия, в том числе более половины 100-мм и выше; группа железнодорожной артиллерии Балтийского флота в составе 1-й гвардейской морской железнодорожной бригады.
В корпусах были созданы группы артиллерии разрушения (до пяти дивизионов каждая) из 152-мм и 305-мм орудий.
Большое внимание уделялось инженерному обеспечению штурма крепости. Корпусам придавалось большое количество инженерных частей и подразделений. Так, 13-й гвардейский стрелковый корпус, который должен был наступать на участке прорыва 43-й армии, имел 14 саперных рот, что составляло в среднем семь рот на 1 километр прорыва.
Генерал И.Х. Баграмян позже вспоминал:
«…Самая, пожалуй, трудная миссия выпала на этот раз на долю начальника инженерных войск генерала В.В. Косырева. Ведь в обеспечении преодоления таких укреплений, которые были созданы вокруг города и в самом городе, инженерные войска должны были сыграть не менее важную роль, чем авиация и артиллерия. Силы были выделены немалые: десять инженерно-саперных, три штурмовые инженерно-саперные, две моторизованные инженерные и одна понтонная бригады. И это не считая тех штатных саперных подразделений, которые имелись в корпусах и дивизиях. Значительную часть этих сил пришлось включить в состав 26 штурмовых отрядов и 104 групп.
Инженерным войскам предстояла гигантская работа как в период подготовки штурма, так и в его ходе. Помимо проведения тщательной инженерной разведки обороны противника надо было подготовить массу дорог, мостов и колонных путей, построить пункт базирования торпедных катеров на побережье Земландского полуострова, эстакады для спуска бронекатеров, доставленных по железной дороге на реку Прегель, выбрать исходный плацдарм для войск, предназначенных для штурма города, преодолеть под огнем противника сотни проходов в минных и проволочных заграждениях.
С началом штурма инженерные войска должны были разминировать и восстанавливать пути для продвижения танков, артиллерии и других видов боевой техники, а затем разминировать улицы города и построить переправы через реку Прегель и многочисленные глубокие каналы. И вся эта работа была тщательно спланирована и своевременно выполнена. Важная роль принадлежала и химическим войскам, боевое применение которых планировал генерал-майор М.Ф. Доронин со своим отделом. Для обеспечения штурма было выделено три батальона химической защиты, семь отдельных огнеметных батальонов, рота фугасных огнеметов и пять отдельных рот ранцевых огнеметов. Огнеметные подразделения были распределены по штурмовым отрядам и штурмовым группам».
В период подготовки наступления исключительно большое внимание уделялось артиллерийской разведке. К 2 апреля все форты, около 900 дотов, 180 укрепленных зданий и 106 наблюдательных пунктов противника были обнаружены и изучены артиллерийскими офицерами. Каждый командир батареи имел перспективную фотопанораму закрепленного за подразделением сектора разведки и обстрела.
Артиллерийское наступление состояло из четырех периодов: период разрушения (три дня), артиллерийская подготовка атаки, артиллерийская поддержка атаки, артиллерийское сопровождение пехоты и танков в глубине обороны противника.
В период разрушения в течение четырех суток артиллерия большого калибра фронта, флота и корпусные группы разрушения вели огонь по городу, разрушая доты, прочные здания, баррикады. За день-два до начала периода разрушения гаубичная артиллерия калибра 122 и 152-мм должна была произвести огневое вскрытие всех долговременных сооружений (огнем расчистить маскировку и разрушить земляной слой прикрытия). Авиация в этот период бездействовала из-за плохой погоды.
Для разрушения фортов, железобетонных огневых сооружений и бетонированных убежищ привлекались орудия калибром от 203 до 305-мм. На каждый форт, как правило, выделялся артиллерийский дивизион, который в течение трех судок вел огонь по 5–6 часов в день. На каждый форт расходовалось от 360 до 440 снарядов. В результате в доты попадало от 90 до 200 снарядов. Несмотря на это, часть этих оборонительных сооружений к началу штурма разрушены не были.
