В 9 часов началась артиллерийская подготовка в полосе 11-й гвардейской армии, а час спустя – в полосах 43-й и 50-й армий. Она планировалась продолжительностью 180 минут. Из них артиллерия работала два часа на разрушение, 20 минут отводилось на огонь орудий прямой наводкой, 35 минут на подавление и уничтожение живой силы и огневых средств противника. Завершалась огневая подготовка 5-минутным мощным огневым налетом.
Поддержка атаки пехоты и танков осуществлялась двойным огневым валом на глубину 2 км. Было намечено 11 основных и 10 промежуточных рубежей. Сопровождение боя пехоты и танков в глубине должно было осуществляться методом последовательного сосредоточения огня по ранее намеченным объектам и целям.
Для выполнения задач артиллерийского наступления артиллерия уже 28 марта заняла огневые позиции и приступила к доразведке и плановой пристрелке намеченных целей. Однако непосредственно перед началом штурма крепости поиски разведчиков и разведка боем до 5 апреля были запрещены. Разведка велась только наблюдением.
Для полного вскрытия обороны противника, а также для того, чтобы убедиться, что он занимает первую траншею, 5 апреля была проведена разведка боем силами от взвода до роты от каждой стрелковой дивизии первого эшелона. В ходе разведки боем некоторые подразделения ворвались в первую траншею противника, находившуюся за противотанковым рвом. Это позволило саперам в течение ночи навести через ров 60-тонные мосты для танков.
В то же время, в связи с захватом передовыми подразделениями первой траншеи противника, артиллерийская подготовка атаки была сокращена с трех до двух часов.
Штурм крепости начался 6 апреля в 10 часов утра с артиллерийской подготовки атаки. Ее эффективность была настолько высокой, что артиллерия противника даже через 2 часа после окончания артиллерийской подготовки атаки не могла вести прицельный огонь по советским войскам. Авиация из-за неблагоприятных погодных условий в этот день практически не работала.
В 12 часов пехота и танки вслед за двойным огневым валом двинулись на штурм крепостных укреплений. Сопротивление гарнизонов фортов было относительно слабым. Штурмовые отряды и группы просачивались между фортами и дотами, окружали и блокировали их со всех сторон.
Но в глубине обороны враг оказал упорное сопротивление. Яростные контратаки предпринимались при малейшем продвижении наступавших. К исходу дня 43, 50 и 11-я гвардейская армии прорвали укрепления внешнего обвода обороны Кёнигсберга, вышли на его окраины и очистили от войск противника в общей сложности 102 квартала. Соединения 39-й армии, прорвав внешний оборонительный обвод, достигли железной дороги на Пиллау и перерезали ее западнее Кёнигсберга. Немецко-фашистское командование к западу от крепости ввело в бой 5-ю танковую дивизию, отдельные пехотные и противотанковые части. Метеорологические условия исключили участие в боевых действиях бомбардировочной авиации и значительной части штурмовиков. Поэтому воздушная армия фронта, совершив за первые два часа штурма лишь 274 самолето-вылета, не смогла помешать выдвижению и вводу в бой резервов противника.
Непосредственно в полосе наступления 43-й армии находилось 4 форта: № 5 «Шарлоттенбург», № 5 А, 6 и 7. Части этой армии первыми ворвались в город. Но фашисты оказали ее войскам упорное сопротивление, время от времени проводя контратаки.
К вечеру 6 апреля оборонительная позиция противника была прорвана. Часть фортов и дотов были уничтожены, другие блокированы. Гарнизоны фортов «Канитц» и «Лендорф» капитулировали не дожидаясь штурма. Советские войска вышли к окраинам города (оборонительная позиция № 2) и завязали ночные бои, которые отличались особой жестокостью.
К утру 7 апреля войска всех трех армий овладели семью фортами первой позиции и очистили от противника более сотни кварталов на городских окраинах. В этот день погода улучшилась и авиация начала действовать с полным напряжением сил. Только в период с 13 часов 30 минут до 14 часов 30 минут 516 дальних бомбардировщиков Ил-4 из состава 18-й воздушной армии сбросили на город 550 тонн бомб. Всего же за этот день на Кёнигсберг было совершено 4758 самолето-вылетов и сброшено 1658 тонн бомб.
Войска медленно продвигались в глубь города, частью сил решая задачи на первой позиции. Противник отчаянно сопротивлялся. Только в течение 7 апреля им было произведено 35 контратак, в основном против войск 43-й и 39-й армий. Несмотря на это, советским войскам к исходу дня удалось захватить несколько важных объектов, в том числе один из самых мощных фортов – «Король Фридрих Вильгельм III» (форт № 5), который сопротивлялся особенно упорно. Впоследствии за героизм, проявленный при штурме этого форта, 15 солдат и офицеров были удостоены звания Героя Советского Союза.
С утра 8 апреля штурм возобновился с новой силой. К середине дня, соединившись в районе Амалиенау, войска 11-й гвардейской и 43-й армий отсекли северо-западную часть города. После этого соединения 11-й гвардейской армии сломили сопротивление противника в южной части города и завязали бои в его центре.
