Уже утром 3 февраля во Владивостоке в связи с отъездом японцев поднялась большая суматоха, хотя русские по-прежнему не верили в возможность войны. Комендант владивостокского гарнизона генерал Кронец пригласил к себе Каваками и предупредил его о том, что будет введен комендантский час. Узнав об отъезде Каваками, русские устроили Каваками прощальный ужин. Согласно мемуарам генерала Костенко, на этом ужине во время торжественного спича один чиновник так расчувствовался, что даже заплакал.
6 февраля «Афридж» по получении сообщений о нападении японцев на Порт-Артур и гибели «Варяга» и «Корейца» с 3200 пассажирами на борту снялся с якоря. Во Владивостоке было объявлено военное положение. Обстановка в городе внезапно обострилась, японцы уже не решались ходить по городу в одиночку. В одном из павильонов миссии Хонгандзи, ставшим пристанищем для беженцев, в ночное время дежурили несколько человек. Русские газеты сообщили, что 8 февраля на рейде Порт-Артура японская эскадра атаковала и нанесла серьезные повреждения русским крейсерам «Цезаревич» и «Ретвизан». Затем последовало сообщение об объявлении японским правительством войны России. Вот тогда, рассказывают, все население Владивостока впало в прострацию. Гарнизонные укрепления были явно недостаточными. Дальневосточная эскадра за неделю до объявления войны получила приказ выйти в море, но из-за неподготовленности оставалась в порту до 10 февраля. По городу поползли различные слухи, началась паника. Кому-то мерещилось эхо взрывов, кто-то видел следы подкопа под укрепления гарнизона и слышал о высадке совсем близко, в Корее, японского десанта. Паника у русских — это нечто невообразимое. Бросив дом с нажитым добром, схватив за руку ребенка, кто на телеге, кто бегом — все спешили на станцию, чтобы уехать.
К рассвету 11 февраля город оказался погребенным под метровым слоем снега. Дул сильный ветер, было невообразимо холодно. Старожилы не могли припомнить еще такой же холодной зимы.
В эту ночь в Благовещенске и других городах японцы получили телеграмму с уведомлением, что на возвращение можно не надеяться. Таким образом, более 800 японцев были брошены своим правительством в Сибири на произвол судьбы. Эти люди пересекли всю Россию и пол-Европы, чтобы отправиться из Германии в Нагасаки. Последний транспорт из Владивостока ушел 13 февраля. На его борту было 1420 человек, все они без происшествий доехали до порта Модзи.
В 1906 году торговое представительство во Владивостоке было преобразовано в консульство. Сюда вернулись консул Каваками Тосихито и монах Оота Какумин. Какумин немедля развернул миссионерскую деятельность. Впоследствии, благодаря содействию товарища городского головы Матвеева (в дальнейшем эмигрировавшего в Кобэ), он получил в бессрочное безвозмездное пользование около 700 квадратных метров земли на окраине города и, пригласив Оотани Козэя, торжественно заложил новый храм. Окончание строительства относится к моменту, когда в России произошла Октябрьская революция и все в этой стране встало с ног на голову. Вчерашние купцы и дворяне потеряли все состояние и прежнее великолепие. Благодаря революции во Владивостоке стала выходить газета на японском языке «Урадзио Ниппо». Ее первым издателем и редактором был специальный корреспондент газеты «Майнити» Идзуми Ёсиносукэ. Во втором ее номере была помещена приветственная статья по случаю издания газеты. В ней можно было прочесть следующее: «До революции издавать иностранные газеты на территории России было невозможно. Теперь, когда появилась такая возможность, мы приветствуем русскую революцию и ту свободу, которую она несет не только гражданам России, но и нам, проживающим в России иностранцам»… Газета «Урадзио Ниппо» оставила нам любопытную информацию о событиях периода иностранной интервенции в России.
12 января 1918 года в порт Владивосток вошел японский военный корабль «Ивами» с командиром десантного соединения генерал-майором Като Кандзи на борту. Целью его прихода была защита проживающих во Владивостоке японских подданных (в то время их насчитывалось 10 тысяч человек). Со 2 января в порту уже находился английский корабль «Кент». Так начиналась подготовка к оккупации Сибири и Дальнего Востока союзными войсками.
