Когда Исибэйл МакДугалл блестяще окончила Хогвартс, будучи капитаном гриффиндорской квиддичной команды и став лучшей по чарам в выпуске, она вернулась на лето домой, а потом планировала учиться дальше. А Роберт Макгонагалл, который как раз в этом же году закончил Маршалл-колледж, один из двух старейших университетов Шотландии и главный центр подготовки пресвитерианских священников, готовился к принятию местного прихода. Исибэйл и Роберт случайно встретились на улице Томинтоула, понравились друг другу и стали встречаться. Исибэйл скрывала Роберта от родителей, зная, что они не одобрят брак с маглом, да еще и священником, а от Роберта утаивала то, что она волшебница, понимая, как в их горах относятся к магам.
В итоге молодые люди обратились к деду Роберта Грегору МакГонагаллу, который считал, что каждый имеет право решать, как ему жить и что «
Позже Исибэйл расскажет Минерве, что с первых месяцев она проявляла небольшие, но узнаваемые признаки магии. Игрушки с верхних полок непонятным образом попадали в её кроватку, а волынка отца вдруг зазвучала сама, чему Минерва очень обрадовалась и рассмеялась. Исибэйл понимала, что ей нужно открыться Роберту, но боялась этого. Наконец, устав от постоянных расспросов мужа, Исибэйл достала свою палочку из запертого сундука и рассказала ему, что она волшебница. Роберт не стал любить свою жену от этого меньше, но сам факт, что она так долго от него это скрывала, очень его разочаровал.
Исибэйл рассказала мужу, что им нужно будет скрывать факт того, что она и их дочь волшебницы, так как все маги Англии были связаны Международным Статутом секретности. Роберт же подумал, что, помимо этого Статута, скрываться придется и по причине негативного отношения к волшебникам у пуритански настроенных местных жителей. Наличие такой тайны, которую придется хранить всю жизнь от всех, изменило Роберта, он стал более замкнутым и отстраненным, а подорванное доверие между родителями наложило мрачный оттенок на детство Минервы.
У Макгонагаллов родилось еще двое сыновей: Малколм и Роберт. Отец был очень рад их рождению, но тому, что они также оказались волшебниками, — нет. Минерва была умным и наблюдательным ребенком, она, как могла, скрывала от отца проявление собственных магических способностей. Затем, когда младшие братья немного подросли, объясняла им, почему они не должны выставлять напоказ свою магию, и помогла матери утаивать от отца ущерб, нанесенный их детскими стихийными выбросами.
Минерва была очень близка со своим отцом. Она с болью наблюдала, как ему тяжело дается жизнь в семье с таким странным положением. Она старалась проводить с ним больше времени за обычными для простых людей занятиями: ходила с ним на рыбалку, помогала устраивать благотворительные церковные ярмарки, посещала деревенские праздники, том числе Хогманай[29], когда отец надевал килт, а она широкую юбку из тартана[30] цветов клана МакГонагалл и шапку с чертополохом[31], и они участвовали в праздничном шествии, где отец играл на волынке.
Мать в этом никогда участия не принимала: выросшей в чистокровной семье волшебников, ей было тяжело вписаться в жизнь магловской деревни, так как ей не хватало свободы открыто проявить свои значительные таланты. Когда на одиннадцатый день рождения Минервы ей пришло письмо о зачислении в школу чародейства и волшебства Хогвартс, мать её сильно плакала, а дочь понимала, что не только из гордости, но и из зависти к тому, что она будет там жить среди волшебников и свободно колдовать.
В Хогвартсе Распределяющая шляпа на голове Минервы колебалась при распределении между Рейвенкло и Гриффиндором, но в итоге отправила ее на последний. Минерва продемонстрировала впечатляющие способности к магии, особенно к трансфигурации, и вскоре стала лучшей на курсе. С помощью Альбуса Дамблдора она освоила искусство анимагии и научилась превращаться в кошку. Также Минерва была азартным игроком в квиддич и даже подумывала о спортивной карьере, но на седьмом курсе получила тяжелую травму, упав с метлы, и рассталась с этой идеей. Впрочем, страсть к игре и наметанный глаз на спортивные таланты остались при ней.
