Противоречивыми были итоги кризиса и для правительства Кеннеди. С одной стороны, оно выглядело победителем впервые после серии неудач и провалов американской политики в последние годы правления Эйзенхауэра и первых месяцев правления Кеннеди. Представление о том, что Кеннеди заставил "русских отступить" повлияло на итоги промежуточных выборов в конгресс, на которых демократы могли потерпеть поражение. В ходе выборов провалился ряд яростных критиков Кеннеди, отъявленных бёрчистов, баллотировавшихся в палату предствителей от Техаса и Калифорнию. Потрепел поражение баллотировавшийся на пост губернатора Калифорнии Ричард Никсон, старый враг Кеннеди. На выборах сенатора от штата Массачусетс победил кандидат от демократической партии Эдуард Кеннеди.
С другой стороны, в ходе кризиса стало ясно, что США были инициаторами агрессивных действий против Кубы. Они ввели блокаду против Острова Свободы и были готовы совершить нападение на него, что, после размещения там советских ракет, могло привести к мировой термоядерной войне. Весь мир увидел, что США не боятся такого развития событий. Слегка перефразируя слова Рассела, получалось, что правительство Соединенных Штатов не считало сохранение человеческого рода важным делом.
О том, что в США было немало тех, кто был готов ввергнуть мир в ядерную катастрофу, свидетельствовала бурная критика Кеннеди справа. Особенно активны были контрреволюционные эмигранты из Кубы и политические деятели, представлявшие военно-промышленный комплекс. С первых же заседаний конгресса нового созыва в нем зазвучали голоса осуждения "мягкой" политики Кеннеди в дни кризиса, требования провести расследование поведения правительства и призывы "разделаться с Кастро". Ставился даже вопрос о доверии Кеннеди. В стране распространялись призывы устранить Кеннеди. Журнал бёрчистов "Америкэн опинион" постоянно публиковал в 1963 году провокационные материалы (среди них была и статья, в которой выражалось сожаление о том, что покушение Джузеппе Зангары на Ф. Д. Рузвельта в феврале 1933 году было неудачным.) О том, что в обществе стали размышлять о вероятности заговора военно-промышленного комплекса с целью государственного переворота. Об этом свидетельствовала большая популярность вышедшей в годы президентства Кеннеди книга Ф. Кнебеля и Ч. Бейли "Семь дней в мае".
Поэтому, несмотря на известные шаги в сторону разрядки международной напряженности (прежде всего договор о запрещении ядерных испытаний в трех средах, подписанный в Москве в августе 1963 года), Кеннеди старался доказать свою непримиримость к революционной Кубе. Еще 7 февраля 1963 года Кеннеди выразил надежду на свержение правительства Кастро, но заметил, что это потребует времени. Более жестко выступил вице-президент США Л. Б. Джонсон, заявив: "Наша общая цель – устранение коммунистического режима на Кубе. Мы не можем быть удовлетворены, пока коммунизм не устранен из Кубы и из этого полушария".
Откликаясь на критику справа, Кеннеди 18 ноября 1963 года дал такую оценку революционному строю на Кубе: "Это и только это разделяет нас с Кубой. Пока это существует ничего невозможно. Без этого – все возможно. Как только этот барьер будет устранен, мы будем готовы работать с кубинским народом в осуществлении прогрессивных целей". Это означало, что правительство США искало лишь удобного предлога для того, чтобы свергнуть революционный строй на Кубе и восстановить там проамериканский режим.
Мир так и не узнал, что намеревался дальше делать Кеннеди в отношении Кубы, так как через 4 дня после своего антикубинского заявления он был убит. Хотя власти США обвинили в убийстве Ли Харви Освальда, в последующем появилось множество версий того, как и кем на самом деле был убит в Далласе 35-й президент США. Для многих было очевидно, что Кеннеди был устранен представителями правых сил, недовольных недостаточно жесткой политикой президента. В числе предполагаемых убийц особенно часто называли кубинских контрреволюционных эмигрантов, недовольных тем, что Кеннеди не сумел свергуть Фиделя Кастро. Была и одна версия, связывавшая убийство Кеннеди с заговором сторонников южновьетнамского дикататора Нго Динь Дьема, которые были недовольны тем, что правительство Кеннеди пошло на его устранение.
