Хотя тайна убийства Кеннеди до сих пор не раскрыта, южновьетнамская версия отражает степень вовлеченности 35-го президента в дела Вьетнама в последние месяцы своей жизни. Усиливавшееся еще во времена президента Трумэна проникновение во Вьетнам "тихих американцев" сменилось после поражения Франции в 1954 году активным вмешательством США в дела южной части страны. Американцы усиленно поддерживали Нго Динь Дьема и его семейство, управлявшие страной как своей вотчиной. Американская разведка сообщала из Сайгона: "В стране имеется фасад представительной демократии, но на самом деле правительство авторитарное… Дьем убежден, что вьетнамцы не готовы к демократии… Он считает, что страна не может позволить себе иметь оппозицию… Он не вызвает широкой популярности".
Между тем президент Д. Эйзенхауэр в своем письме Нго Динь Дьему в июле 1956 года превозносил якобы достигнутый им "выдающийся прогресс… в направлении великой цели создания конституционного правительства". Тем временем Нго Динь Дьем и его брат Нго Динь Нью беспощадно расправлись со всеми своими политическими соперниками и их сторонниками, обвиняя их в "коммунизме". Как отмечалось в "Бумагах Пентагона", "в ходе так называемой кампании осуждения коммунизма, которая началась летом 1955 года, от 55 до 100 тысяч человек были помещены в концентрационные лагеря. Как свидетельствует отчет, многие из задержанных отнюдь не были коммунистами". Среди брошенных в концлагеря было немало буддистов, которых преследовало католическое семейство Дьемов.
Ответом на репрессии стало широкое народное сопротивление, усилившееся с 1956 года. Отвергая версию об "агрессии с Севера", авторы сборника "Бумаги Пентагона" подчеркивали: "Большинство из тех, кто взялся за оружие, были южными вьетнамцами и дело, за которое они боролись, не было подсказано им в Северном Вьетнаме". Однако в условиях, когда до 1954 года в Южном Вьетнаме были сильны позиции коммунистов, а на Севере страны, в Демократической республике Вьетнам (ДРВ), сохранялась власть коммунистической партии, не удивительно, что вскоре оппозиция стала консолидироваться вокруг коммунистов. В 1960 году народные выступления против режима Дьема возглавил Национальный фронт освобождения Южного Вьетнама (его в США называли "Вьетконг"), в составе которого были коммунисты и сторонники иных идейно-политических воззрений. Вскоре в рядах НФО сражалось 17 тысяч человек.
Эксперты Пентагона пришли к выводу, что "президент Кеннеди превратил "игру с ограниченным риском", которая велась при правительстве Эйзенхауэра, в политику "широкой вовлеченности", чтобы помешать установлению коммунистической власти в Южном Вьетнаме". По мнению экспертов, тактика Кеннеди сводилась к тому, чтобы наращивать постепенно усилия, но всякий раз преуменьшая степень вовлеченности США в дела Вьетнама. Весной 1961 года Кеннеди направил в Южный Вьетнам 400 солдат специального назначения и еще 100 военных экспертов. Одновременно Кеннеди одобрил отправку на территорию ДРВ террористов и диверсантов, подготовленных в США. Так был сделан первый шаг по пути эскалации войны во Вьетнаме.
Ссылаясь на имевшее место проникновение кадровых солдат ДРВ на территорию Южного Вьетнама, Дьем попросил от Кеннеди оказать помощь для вооружения 100-тысячной армии. В ответ Белый дом согласился вооружить 30 тысяч южновьетнамских солдат. Но уже на этом этапе Макджордж Банди ("ястреб" ракетного кризиса) подготовил меморандум для министра обороны Макнамара о том, что следует нанести "мощный удар и как можно раньше" с помощью прямой интервенции США. В то время Банди считал, что у США существует 70% шансов на успех и 30% на то, что "мы кончим, как французы в 1954 году; белые люди не могут выиграть в такой борьбе".
Тем временем НФО активизировал свои действия. Только в сентябре 1961 года число нападений НФО на воинские и полицейские части Дьема утроилось по сравнению с преддущим месяцем и достигло 450. Части НФО сумели даже временно овладеть городом Фуоктахн в 55 милях от Сайгона. Хотя американская разведка сообщала, что нет никаких сведений о том, что Вьетконг получает крупные поставки с Севера, Дьем утверждал обратное и настаивал на том, чтобы ему прислали в помощь гоминьдановские и американские воинские части.