Наряду с расширением практики использования рабского труда, Освенцим-Биркенау становился центром массовых убийств. Эта программа начала работать с самого основания лагеря в 1940 году, когда польские заключенные первого концентрационного лагеря были убиты или умерли от нечеловеческого обращения. Существующий крематорий предполагалось дополнить вторым в 1940 году, а третий был заказан в ноябре 1941 года. Освенцим, как и Нацвейлер-Штрутгоф, был специальным местом убийств для пленных с востока, в первую очередь польских националистов, затем для коммунистов из числа советских пленных, 950 человек из которых были отправлены в первые импровизированные газовые камеры в Освенциме в сентябре 1941 года для проверки эффективности действия пестицида «Циклон-Б» на человека34. Позднее, по мере приближения к концу 1941 года, поставки советских пленных с востока резко сократились. В январе 1942 года Гиммлер приказал Глюку подготовить отправку до 150 000 евреев в концентрационные лагеря на востоке. Освенцим-Биркенау стал конечным пунктом назначения для примерно 1,2 миллиона евреев, около двух третей из которых были убиты немедленно по их прибытии в лагерь в газовых камерах, установленных в Биркенау в районе лагерного комплекса35. Только те мужчины и женщины, которые предположительно были способны работать, были отобраны по прибытии и отправлены на работы в Моновиц и на другие объекты. Первая группа из 400 пожилых евреев была умерщвлена в середине февраля 1942 года. Установка нового газового оборудования в 1942 и 1943 годах значительно увеличила эффективность смертельного процесса. Убийства продолжались без перерыва до ноября 1944 года, в среднем по 30 000 человек в месяц. Для того, чтобы справиться с уничтожением миллионов евреев, обреченных на геноцид, режим построил еще несколько лагерей – в Хелмно, Берген-Бельзен, Треблинка, Майданек, Собибор, где, как предполагается, были уничтожены еще 2,6 миллионов человек. В более мелких лагерях в Риге, и в Малом Тростенце вблизи Минска, были уничтожены, по некоторым данным, по крайней мере еще 250 000 заключенных36. Эти учреждения никогда не были лагерями в традиционном смысле слова. Это были заводы-убийцы. Когда убийство завершалось, территории зачищались и снова становились пахотными землями.
Хотя советские лагеря были особо жестокими и доводящими до отчаяния тюрьмами, они никогда не были предназначены стать центрами уничтожения людей. Война внесла существенные, но различные изменения в структуру советских лагерей. Уже перед войной в 1940 году и в начале 1941 года, Берия начал процесс децентрализации и рационализации системы ГУЛАГа. Каждая принципиальная отрасль экономики, пользовавшаяся принудительным трудом узников ГУЛАГа, стала контролироваться отдельным Главным управлением, в задачу которого входили обеспечение выполнения квот производства и максимальное повышение результатов производства. Всего их было пять, по одному органу для промышленного строительства, горнодобывающей и металлургической промышленности, железнодорожного строительства, лесозаготовительной отрасли и строительства шоссейных дорог. В результате, в системе, уже изобилующей административными аббревиатурами, возникло огромное количество новых труднопроизносимых и малопонятных акронимов37. Эти изменения указывают на ту степень, до которой логика использования труда заключенных лагерей для решения экономических задач, в конечном итоге превратило ГУЛАГ в социалистический индустриальный трест, жизненно важный для экономического развития, а после 1941 года, жизненно необходимый для поддержания военных усилий страны. В военное время совокупная рабочая сила лагерей составляла примерно десятую часть всех занятых в промышленности трудовых ресурсов38.