Из-за потерь к концу мая 1944 года число германских лодок на Средиземном море сократилось до 11, и Дениц решил на этот театр лодки больше не посылать. Между 29 апреля и 6 августа американские самолеты уничтожили в Тулоне шесть субмарин. Еще две лодки были потоплены своими экипажами при взятии Тулона франко-американскими войсками.
Подводная война на Средиземном море завершилась. Из 62 германских подводных лодок, направленных в эту «мышеловку» начиная с 1941 года, погибли — 48. Кроме того, поскольку в портах лодки не имели защитных укрытий, 11 субмарин были выведены из строя английскими бомбардировщиками прямо в базах. После этого в Средиземном море осталось только три лодки, одна из которых была потоплена эсминцами 19 сентября 1944 года, а две другие — 24 сентября американскими бомбардировщиками.
Последней субмариной, потопленной на Средиземном море, оказалась U-407 обер-лейтенанта Ханса Кольбуса. Вступив в сентябре 1944 года в неравный бой с тремя эсминцами, одним из которых был польский корабль «Гарланд», лодка подверглась яростной бомбардировке. Когда на субмарину сбросили тонную глубинную бомбу, она всплыла и таранила эсминец. Шесть немецких подводников погибли, остальные были взяты в плен.
С началом войны с Советским Союзом операционной зоной немецких подводных лодок стал и Северный Ледовитый океан. С июля 1941 года туда направлялось от четырех до шести немецких субмарин, несмотря на то что в это время там еще не было налажено движение транспортов союзников. Дениц, убежденный, что исход войны против СССР решался на суше, неоднократно высказывался против этих перебросок, поскольку лодки не обнаруживали там подходящих целей.
В отличие от других районов, подводные лодки находились здесь в самых суровых условиях. Нередко в тумане они сталкивались с льдинами или выскакивали на ледяные поля. Тем не менее именно тут они нашли самое разнообразное и подчас необычное применение. Поскольку базы находились неподалеку от районов боевых действий, использовались только подводные лодки водоизмещением 500 тонн. Характерным для действий германских субмарин в Северном Ледовитом океане являлось их участие в метеорологической разведке. Нередко решение этих задач было связано с доставкой и высадкой групп метеорологов на побережье Гренландии, Шпицбергена, Земли Франца-Иосифа, а также с оказанием помощи в создании опорных пунктов. Кроме того, подводные лодки производили доставку метеорологической радиоаппаратуры на побережье противника, на острова Ян-Майен, Медвежий, Надежды, Новая Земля, а также постановку метеорологических радиобуев на отмелях Исландии. Германские лодки многократно ставили мины у побережья Советского Союза, причем иногда на таких малых глубинах, что едва удавалось погрузиться.
В декабре 1941 года произошел трагический инцидент. Предписанная к 3-й флотилии подводных лодок в Ла-Рошели, U-134 под командованием капитан-лейтенанта Рудольфа Шенделя входила в сводную группу лодок, направленных в арктические воды. Первый же боевой поход обернулся для нее драматическим курьезом: 9 декабря 1941 года она потопила германский пароход «Штейнбек», при этом погибли 12 человек. Удивительно, но командир U-134 не понес никакого наказания. Выйдя в море в следующий раз, 2 января 1942 года, он все же смог потопить английский транспорт «Вазиристан».
Часто подводникам поручались особые задания, например внезапный захват отдаленных полярных радиостанций. В 1942 году «серые волки» из своих 88-миллиметровых орудий обстреливали советские береговые радиостанции. Предпринимались и попытки заправлять горючим с этих импровизированных «опорных пунктов» самолеты. Несмотря на большие трудности — многие самолеты разбивались на волне, — такие заправки все-таки осуществлялись и позволяли расширить возможности дальней воздушной разведки. До самого конца войны германская воздушная разведка в направлении Исландии и Шетлендских островов оказывала весьма существенную помощь подводным лодкам при их действиях против конвоев союзников.
Совместные действия германских подводных лодок с надводными кораблями в Заполярье составляют особую главу в истории Второй мировой войны. Субмарины выполняли в таких случаях задачи не только разведки, но и прикрытия, как это имело место при прорыве броненосца «Адмирал Шеер» в Карское море и при артиллерийском обстреле линейными кораблями «Шарнхорст» и «Тирпиц» укрепленных пунктов на Шпицбергене. Планировались и совместные действия по уничтожению конвоев. Они проводились в тех случаях, когда это считалось возможным, однако при их выполнении постоянно приходилось сталкиваться с непредвиденными осложнениями.
Опорные пункты подводных лодок в этом районе также имели свои характерные особенности. В Киркенес, Гаммерфест, Харстад и Нарвик были доставлены плавучие судоремонтные мастерские и плавучие казармы.
