Неудачи русской армии на первом этапе Северной войны вынудили Петра изменить свое отношение к бывшим московским стрельцам. В 1702 г. последовал указ о записи в стрелецкую службу всех отставных стрельцов, «кроме старых, которые выше 50 лет, и стрелецких детей малых, которые меньше 18 лет» Из числа сысканных людей в Дорогобуже были укомплектованы три новых «тысячных» стрелецких полка, в состав которых была влита часть стрельцов расформированного в Батурине полка Ивана Нечаева. Формирование новых стрелецких частей продолжилось и позднее. По указу от 11 апреля 1704 г. велено было собрать
После подавления восстания астраханского гарнизона, доведенного до отчаяния злоупотреблениями местных начальников, нищенским жалованьем и тяготами службы, в 1706 году были ликвидированы еще два московских выписных стрелецких полка, несших службу в понизовых городах. В ходе следствия выяснилось, что «то де смутное время в Астрахани учинилось от московских стрельцов и от солдат, которые на житье сосланы в Астрахань». К восстанию примкнули местные служилые люди и московские стрельцы полка Ильи Некрасова, стоявшего в Терках. Общие цели самой радикальной части мятежников выразил астраханский стрелец С.Москвитин: «Царицын взять боем и идти в верховые городы и до Москвы и всех призывать было к себе же, а кто бы не пристал и тех было всех побивать». Далее в планы восставших входило, «пришед к Москве Немцов всех хто б где попался мужеска и женска полу побить было до смерти и сыскать было государя и бить челом, чтоб старой вере быть по прежнему, а немецкого бы платья не носить и бороды и усов не брить. А буде он, государь, платья немецкого носить и бород и усов брить перестать не велел и его б государя за то убить до смерти».
Свое участие в бунте Москвитин объяснил тем, что «государя, убить мыслил, что московских четырех полков стрельцов в Москве переказнил и казнены его Стенькины дядья, два человека, а достальных всех стрельцов он же, государь, велел разорить, разослать по городам». Отец Стеньки умер на службе в Киеве, а сам он с матерью был вынужден, распродав имущество, уехать на Низ. В Астрахани его мать открыла оружейную лавку, а Стенька записался в астраханский стрелецкий полк Д.Галачалова. В беседах с местными жителями Москвитин и другие сосланные москвичи часто вспоминали слухи о подмене царя, ходившие по столице, говорили о том, что «стрельцов всех разорили, разослали с Москвы, а в мире де стали тягости, пришли де службы, велят носить немецкое платье, а при прежних де царях того ничего не бывало».
Подобные разговоры вызывали у многих астраханцев живое сочувствие и сожаление о неправедном правлении «подменного царя». В ходе восстания, начавшегося в июле 1705 г., к стрельцам и солдатам примкнуло значительное число казаков, жителей посада и гулящих людей. Восемь месяцев мятежники удерживали Астрахань под своим контролем и предпринимали попытки организовать поход к верховым городам. Только в марте 1706 г. солдатским полкам фельдмаршала Б.П.Шереметева удалось с боем овладеть городом.
Астраханское восстание 1705 — 06 гг. стало последним отголоском стрелецких смут конца XVII века. К этому времени московское стрелецкое войско как особая вооруженная сила прекратило свое существование. Последние выписные московские стрелецкие полки были расформированы в 1709—13 годах. Их стрельцы влились в состав ландсмилицейских и гарнизонных солдатских полков, стоявших в приграничных малороссийских и белорусских городах. Много пострадавший в свое время от бесчинств стрельцов А.А. Матвеев в своих записках заключил но этому поводу: «И тако до конца века тот злой и богу противный род и чин их стрелецкий исчез».
