Массовые казни продолжились и в последующие дни. 18 ок тября для расправы были определены 65 человек, большинство из которых казнили под Новодевичьим монастырем. Восьмерых стрельцов колесовали на Красной площади, Живые куски тел «были туго привязаны к колесам и эта невозможность пошевелиться, как кажется, еще боле усиливала и без того невыносимую боль». Колесованные «живы были на тех колесах не много не сутки, и на тех колесах стонали и охали; и по указу великого государя один из них застрелен из фузеи, а застрелил его Преображенский сержант Александр Менши-ков. А попы, которые были у них в полках, один перед тиунскою избою повешен, а другому осечена голова и воткнута на кол, и тело его положено на колесо». 19 октября на Болоте, у полковых съезжих изб и на Пушечном Красносельском дворе, отсекли головы еще 109 стрельцам. Некоторых повесили у ворот Белого города, на специальных крюках, вбитых в крепостные стены, Казнь двух стрельцов, состоявшаяся 21 октября, подвела черту под расправами, последовавшими за «вторым» большим розыском,
К началу 1699 г. под следствием в Преображенском приказе оставалось 695 человек, в том числе 285 малолетних стрельцов, большинство из которых позднее были биты кнутом и сосланы на каторгу в Сибирь. Жен и детей казненных власти раздавали по деревням разных чинов людям, иных сослали на вечное житье в дальние города.
4 января 1699 г. последовал первый указ о ликвидации московских слобод семи стрелецких полков, положивший начало окончательному «стрелецкому разорению». Продаже «всяких чинов людям» подлежали дворовые места и лавки стрельцов трех мятежных полков и четырех полков, находившихся на службе в Киеве. Через месяц, с 1 по 4 февраля, на Болоте и на Красной площади были казнены еще около 300 человек, проходивших по делу о бунте 1698 г. Для дальнейшего розыска в московских застенках были оставлены 86 человек, допросы которых продолжались более года. В то же время в Преображенском приказе начиналось новое следствие над 60 стрельцами, присланными из Белгорода «за воровское умышление к бунту».
Всю зиму груды неубранных тел казненных, поедаемые собаками и вороньем, лежали у мест казней. Только в конце февраля последовал указ о захоронении останков мятежников. Всего по городу было собрано более тысячи трупов. Обезображенных мертвецов сложили кучами по 80–90 тел и развезли к специально заготовленным ямам в трех верстах от города у двенадцати дорог. В назидание потомкам над братскими могилами установили каменные столбы с чугунными досками на четырех сторонах, где перечислялись вины казненных. Каждый столб в своем завершении имел по пять железных спиц, на которых были воткнуты отрубленные головы. Тела колесованных оставались на Красной площади до середины марта.
Высылка из столицы всех стрелецких полков и массовые казни стрельцов незамедлительно сказались на криминогенной обстановке в городе. Вооруженные шайки, человек по 20–40, нападали на жителей стрелецких и иных слобод, «и будучи на тех своих разбоях, хозяев жгли и мучили и животы имали»6. Силами четырех солдатских полков, постоянно расквартированных в предместьях Москвы, властям было трудно поддерживать порядок в городе. В течение 1699 г. из трех архангелогородских стрелецких полков были сформированы два новых солдатских полка, которые в 1700 г. правительство направило в Москву для несения гарнизонной службы. Их командирами стали бывшие полковники московских стрельцов Михаил Кривцов и Федосей Козин.
Еще летом 1699 г. последовал указ о роспуске московских стрелецких полков, находившихся в столице и на службе в Азове. Согласно этому указу стрельцов «велено, распустить в посады, кто в который город похочет, и в которой город кто напишется взять росписи и по тем росписям их отпустить с женами и детьми без мотчанья и по тому, его великого государя, указу, стрельцы с Москвы с женами и детьми, а из Азова одни, и к Азовским с Москвы жены их и дети посланы, а на Москве стрельцам и стрелецким женам и детям жить и никому их ни для чего держать не велено «9. Прочие стрелецкие полки, находившиеся на службе в понизовых и украинных городах, переводились в разряд выписных московских стрелецких полков, оставленных на вечное житье в прежних местах службы. Родственники выписных стрельцов также подлежали высылке из столицы и были вынуждены спешно распродавать свои московские дворы, пожитки и с большими убытками ликвидировать доходные промыслы.
