В ходе «первого» большого розыска 19–22 сентября всего было допрошено более 300 человек. В 20-ых числах началась установка виселиц у всех городских ворот и в слободах бунтовавших полков. Лишая «изменников» какой либо надежды и вдохновляя палачей на «страшное побоище», 30 сентября Петр лично обезглавил в Преображенском пятерых стрельцов. Затем колонна телег, в которых по двое сидели приговоренные с зажженными свечами в руках, двинулась из подмосковного села к столице. У Покровских ворот в присутствии государя, придворных и иностранных послов народу зачитали указ о винах и наказании стрельцов. В то г же день 112 человек были повешены у 10 ворот Белого города, 36 — в Замоскворечье, у трех городских ворот, еще 48 человек — у съезжих полковых изб. 100 малолетних стрельцов, от 15 до 20 лет, были биты кнутом и после клеймения в правую щеку разосланы в дальние города.
Пока шел «первый» большой розыск, в Москву свозились все новые и новые группы участников восстания. Предрекая их судьбу, Петр говорил своим приближенным: «А смерти они достойны и за одну противность, что забунтовали и бились против большого полку». 11 октября, без какого либо следствия, были казнены 144 стрельца. Их вешали на двойных виселицах в тех же местах, рядом с товарищами, казненными ранее. На следующий день начался еще более ужасный «второй» большой розыск, продлившийся до 15 октября. Параллельно с допросами и пьггками, производившимися в 14 застенках, по всему городу продолжались казни бунтовщиков. 12–13 октября было казнено 346 стрельцов, из которых 147 человек «вершили» у стен Новодевичьего монастыря, где в виде четырехугольника были установлены 30 виселиц. Троих стрельцов повесили возле самых окон кельи царевны Софьи, и долгое время их тела с челобитными в окоченевших руках раскачивались на глазах инокини Сусанны.
После трехдневного отдыха от кровавой «потехи», чередовавшейся с веселыми пирами и дружескими попойками, 17 октября Петр распорядился провести очередные показательные казни. Своим приближенным и собутыльникам государь повелел лично рубить головы мятежникам. Воеводе Новгородского полка князю М.Г.Ромодановскому было предложено казнить по одному стрельцу от каждого бунтовавшего полка. Князь Б.А.Голицын, не имея опыта в подобных да\ах, только покалечил сною жертву. Добил несчастного любимец Петра, Алексашка Меньшиков, который позднее похвалялся, что своею рукою обезглавил 20 человек. Только иностранные офицеры нашли в себе мужество отказаться от сомнительной царской «милости».
Всего в этот день были приговорены к казни 109 человек, для которых в Преображенском установили виселицы и плахи. Наблюдать за расправой Петр пригласил польских, датских и имперских послов. Яркую зарисовку безутешного людского горя и невыносимых страданий стрельцов, обреченных на смерть, оставил в своих записках секретарь имперского посольства И.Г.Корб: «Яуза протекает по площади казней, близ села Преображенского; на противоположном ее берегу сотня осужденных, в небольших телегах, ждала очереди положить голову в петлю, либо под топор палача, Для каждого приговоренного телега, при телеге солдат. Осужденные лишены были исповеди и причастия, как недостойные сего таинства; священники не были призваны на площадь, но каждый стрелец должен был держать перед собой зажженную свечу и мог креститься и молиться. Раздиравшие вопли жен, дочерей и матерей осужденных, жалобные стоны умиравших — все это производило на душу впечатление неописанного ужаса. Картина была ужасна! Жена плакала над мужем, дочь рыдала, глядя на отца, возводимого на виселицу, мать убивалась в страшном отчаянии, видя пред собой предсмертные корчи сына. Лишь только доходила очередь до новых жертв — плачь, стоны и вопли несчастных женщин увеличивались… Вместо кандалов на ногах приговоренных были деревянные тяжелые колодки; волочась по земле, они затрудняли ходьбу; тем не менее стрельцы сами, как могли и умели, всходили по лестницам, крестились на все четыре стороны, закрывали глаза и, по обычаю страны, опускали на лицо саван. Многие сами надевали петлю на шею, наконец сами, не выжидая толчка палачей, бросались с подмосток; все они видимо торопились избавиться жизни»7.