Гладкой оставался до конца верен своим покровителям, но многие из тех, кто был втянут в паутину заговора, осознав для себя всю опасность происходившего, поспешили покаяться государю, и тем самым спасти свои жизни. Изветы прибывавших в Троицу стрельцов и их командиров предопределили смертный приговор наиболее верным сторонникам Софьи. К 1 сентября в монастырь от Стремянного полка добровольно и по государевым указам явились 5 пятидесятников, 10 десятников и работник Влас Иванов стрельца Ивана Савельева. Мстя отступникам, Шакловитый распорядился отписать в казну «их дворы и животы, платья и всякую рухлядь», а жен и детей отдать за слободчиков или за караулы. Некоторые стрельцы Стремянного полка были взяты под стражу. Однако эти меры уже не могли повлиять на настроения столичного служилого люда. Участь заговорщиков была предрешена.
В первые дни сентября начались аресты участников заговора. За умысел убить великую государыню Наталью Кирилловну, бояр и ближних людей был приговорен к битью кнутом и ссылке в Сибирь стрелец Стремянного полка А.Сергеев. В феврале 1691 г., после долгих поисков «вора», состоялась казнь Н.Гладкого. Большинство же их однополчан, в той или иной степени причастных к заговору, но раскаявшихся позднее, было прощено и оставлено на службе. Более того, целую группу стремянных, явившихся в Троице-Сергиев монастырь с «изветами» на заговорщиков, государь щедро пожаловал торговыми местами и деньгами. Пятидесятников И.Ульфова и Д.Мельнова, десятников Ф.Турку и Я.Ладогина было велено «от стрелецкие службы отставить и быть [им] в иных чинех, в каких похотят». Видимо, стрельцы не упустили своего шанса и воспользовались столь необычной наградой, позднее получив более высокие должности, имевшие отношение к стрелецкой службе. Неслучайно некоторые стрельцы, бунтовавшие в 1698 г., «призывали идти к Москве, взять Дмитрия Мельнова, да Ипа-та Ульфова с товарищы: они все полки разорили, и убить их».
Жаловал царь Петр Алексеевич и командира стремянных И.Е.Цыклера, которому 1 октября 1689 г. «за похвальную ревность в охранении государей в Троицком походе» было дано придачи к поместному окладу 250 четей земли, к окладу денежному 30 рублей. Перед полковником открывалась новая блестящая перспектива при царском дворе. 17 марта 1692 г. последовал указ о пожаловании Цыклера думным дворянством, но через год он получает совершенно неожиданное для себя назначение на воеводство в далекое Верхотурье. Эта служебная посылка предопределила будущую неприязнь честолюбивого царедворца к молодому государю.
Преемником Цыклера стал один из опытнейших стрелецких командиров — стольник и полковник Сергей Григорьевич Сергеев, получивший за годы своей стрелецкой службы уже третье назначение. Под его командованием стремянные приняли участие в знаменитом Кожуховском походе, состоявшемся осенью 1694 г. Вместе со своим командиром в поход выступили и оба полуполковника стремянных — Иван Иванович Титов и Иван Воронцов. Полк Сергеева возглавил походную колонну войска «польского короля» И.И.Бутурлина, которое должно было противостоять «потешной» армии царя Петра. Современник и очевидец тех событий И.А.Желябужский, описывая выступление в поход стрелецких полков, в частности, отмечал: «Они одеты по старинному: в длинных полукафтаньях, широких шароварах, с небольшими касками на головах, на плечах несли ружья, а в руках тупые копья. Все уже бывали в боях, в походах с князем В.В.Голицыным против турок и татар»17.
На следующий год Петр двинул под Азов уже все русское войско. Выступили в поход и стремянные стрельцы, включенные в состав полка генерала П,И,Гордона. Неудача, постигшая молодого царя у стен турецкой крепости, обернулась для С.Г.Сергеева и целого ряда других стрелецких командиров отставкой. В 1695 г. Стремянной полк возглавил не менее опытный стрелецкий полковник —
Иван Меркульевич Конищев. Свою службу он начинал на рубеже 60-70-х годов полуголовою в приказе ПАЛопухина Меньшого, а затем возглавлял один их московских стрелецких полков. В начале мая 1682 г. по челобитью восставших стрельцов Конищев был отставлен от командования своим приказом, и, только четырнадцать лет спустя, он вновь был возвращен в стрелецкую службу'».
