Год спустя, когда угроза разинского бунта достигла Среднего Поволжья, уже весь приказ был направлен в Синбирск с боярином и воеводой П.В.Шереметевым. В этом походе местными стрельцами командовал новый голова — стольник и полковник Василий Борисович Бухвостов,6, ранее возглавлявший стрелецкий приказ, расквартированный за Покровскими воротами Земляного города. Назначение В,Б.Бухвостова состоялось в ноябре 1670 г., после того как государь пожаловал «стольника и полковника и голову московских стрельцов» А.С.Матвеева думным дворянством. Это пожалование стало началом головокружительной карьеры царского любимца, возглавившего сразу несколько приказов, из которых ключевым являлся Посольский приказ. Незадолго до этого в доме Матвеева вдовствовавший царь Алексей Михайлович познакомился со своей будущей второй женой Натальей Кирилловной Нарышкиной, находившейся на воспитании в семье бывшего стрелецкого головы. В январе 1671 г. состоялась их свадьба, вскоре после которой А.С.Матвеев приобрел высокий придворный чин окольничего, а затем и боярство.
Пока в Москве заново обустраивалась семейная жизнь государя, гарнизон Синбирска, в составе которого нес службу приказ Бухвостова, оборонял город, осажденный отрядами повстанцев. В столицу местные стрельцы вернулись к осени 1672 г. За синбирское осадное сиденье их голова был пожалован соболями, придачей к поместному окладу 100 четями земли да к деньгам 10 рублями. В приказ же было дано «по ковшу весом в государев ковш». В последующие годы Бухвостов приказ нес службу в Москве. Накануне войны с Турцией, в мае 1675 г., в нем насчитывалось 1000 человек.
К началу боевых действий на Украине полк возглавил новый командир — стольник и полковник Никифор Иванович Колобов, ранее командовавший одним из приказов зая-узских стрельцов. Полк Колобова нес службу в составе киевского гарнизона в 1676 — 77 гг. и принял участие в кампании 1679 г. В последнем походе в составе полка числились полуголова, десять сотников и 1044 стрельца. После возвращения из этого похода стрельцы Колобова подали на имя государя челобитную с просьбой выдать иконы для их новопостроенного слободского храма, сменившего деревянную церковь Климента папы Римского, сгоревшую во время пожара 1676 г. В своем прошении стрельцы писали о том, что истратив на строительство каменной церкви 1300 рублей, взятых по кабалам у разных чипов людей, они ныне не имеют средств на приобретение образов. По этой челобитной из Оружейной палаты полку была выдана сорок одна икона праотцов, пророков и апостолов. В 1681 г. новый слободской храм был освящен в честь иконы Знамения Пресвятой Богородицы с придельным храмом Климента папы Римского».
Стрелецкая скудость, ставшая повседневным явлением к началу 80-х годов, явилась одной из главных причин волнений служилых людей, охвативших столицу весной 1682 г. По свидетельству современника, «мятежный совет» возник, а затем продолжался в слободе полка Колобова. На нем выборные стрельцы от разных полков согласовывали совместные действия и общие требования, выдвинутые 29 апреля. Среди обвиненных в различных злоупотреблениях полковников значилось и имя Н.И.Колобова, который за свои своевольства был приговорен к битью батогами и отстранен от должности, Немало неприятных минут довелось пережить полковнику-ветерану, простоявшему 5 мая раздетым по пояс перед зданием Приказов в ожидании своего наказания. В последний момент стрельцы пощадили его.
Менее благосклонной была судьба к новому стрелецкому полковнику — Петру Аврамовичу Лопухину Большому, сменившему Колобова 1 мая78. Назначение П.А.Лопухина, имевшего уже ранее опыт командования стрелецкими приказами, оказалось рекордно кратким, так как положение нового командира было изначально очень непрочным, Близость его семьи к некогда всемогущему клану Нарышкиных не могла добавить ему влияния в стрелецкой среде. Стрельцы Лопухина стали активными участниками событий 15 мая, в ходе которых они приняли участие в самовольном захвате боеприпасов, хранившихся в Зелейной палате, и в расправе над приближенными царицы Натальи Кирилловны. Одной из жертв резни, учиненной стрельцами в Кремле, стал и бывший командир полка Лопухина боярин А.С.Матвеев.
Участь П.АЛопухина Большого определилась 19 мая, когда он и целый ряд придворных — сторонников партии Нарышкиных были приговорены к ссылке. Отставному стрелецкому полковнику предстояло отправиться в Кольский острог. На его место был назначен стольник и полковник Акинфий Иванович Данилов — К осени 1682 г. настроения среди стрельцов заметно изменились, и учиненная ими смута стала постепенно сходить на нет. 2 сентября, находясь со своим полком в Коломенском, где в то время расположился двор царевны Софьи и ее братьев, А.И.Данилов нашел и передал государыне — царевне анонимное «изветное письмо» против князя Хованского, ставшее прологом к расправе над чрезмерно честолюбивым главой приказа Надворной пехоты.
