На следующий день двор покинул Москву и переселился в Коломенское. На время отсутствия государей ведать городскими делами было поручено боярской комиссии во главе с князем ИАХованским. Чувствуя недоброе, 23 августа в загородную царскую усадьбу направилась делегация выборных от стрелецких полков, которые просили государей вернуться в столицу и уверяли, что «злою умысла» среди них против царских особ и ближних людей нет. Приезжал в Коломенское и князь И. А.Хованский, но так и не уговорил царевну Софью изменить решение. Не подействовала и заготовленная боярином угроза о заговоре между новгородскими дворянами и служилым людом других городов, якобы сговорившихся «вместе идти сего лета к Москве о заслуженном жалованье бита челом и на Москве сечь всех без выбору и без остатку». Об этой вести правительница предложила объявить всем москвичам на Постельном крыльце царского дворца, но начальник надворной пехоты предпочел замять вопрос. Уступая воле царевны, Хованский, после долгих проволочек, разрешил Стремянному приказу выступить на охрану загородного дворца.
Приближался Новый год, но в Москве царило далеко не праздничное настроение. Все ожидали смуты, «такожде и служивым страх бе и трепет от народных гласов, яко в той празник имать им отмщение от боярских холопей». Однако ежегодные новогодние торжества, состоявшиеся 1 сентября, прошли на редкость спокойно. На «действе» не было не только членов царской семьи, но и других высокопоставленных особ, разъехавшихся по подмосковным усадьбам «ради многих страхов». Даже князь И.А.Хованский вопреки царскому указу решил не участвовать в праздновании, а за себя послал окольничего К.О.Хлопова, помогавшего боярину управлять городскими делами.
Наступала развязка затянувшегося кризиса. 2 сентября в Коломенском объявилось изветное письмо, сообщавшее о намерении Хованских весь «царский корень известь». По всем признакам это послание было подложным, но именно оно стало основанием для вынесения смертного приговора незадачливым претендентам на царский венец. В тот же день в Москве узнали, что государи отправляются в поход к Троице-Сергиеву монастырю, но минуя столицу. К 13 сентября, двигаясь окольными дорогами, царский кортеж достиг села Воздвиженского. На протяжении всего пути по разным городам рассылались грамоты с указом о сборе дворянских полков против московских стрельцов и солдат, изменивших государям «по тайному согласию» с князем И.А.Хованским. Одновременно в приказ Надворной пехоты было послано распоряжение о посылке на полковую службу сразу 13 стрелецких полков и Бутырского выборного солдатского полка, Получив такой приказ, князь И.А.Хованский впал в «великое размышление» и не спешил выполнять указание, тем самым давая своим врагам дополнительный козырь.
В Воздвиженском тем временем размышляли, «как бы Хованского с сыном его от стрельцов отлучить». Предлогом для вызова в «поход» приговоренных бояр стал приезд сына гетмана И.Самойловича Семена с казачьей старшиною. Всем придворным чинам было велено прибыть в Воздвиженское для встречи малороссийской делегации и «для наших, великих государей, дел». Подобная грамота «с похвалою прежних служб» была отправлена и Хованским, которым было указано прибыть ко двору к первому часу дня 18 сентября, Из столицы отец с сыном в сопровождении 70 стрельцов выехали 16 числа. Навстречу им был отправлен боярин князь М.И.Лыков с двумя сотнями воинских людей, которые 17 сентября окружили стан старшего Хованского близ села Пушкино. Сопровождавших боярина стрельцов разоружили и, «всех перевязав, оставили в Пушкине» под присмотром некоего старца. Князь Андрей был схвачен неподалеку, в своей усадьбе, рядом с селом Братовщино.
От одного из бояр о решении казнить Хованских узнал младший сын начальника надворной пехоты князь И.И.Хованский, находившийся в «походе» в числе других придворных. Тайно покинув Воздвиженское, он ушел к Москве «болотами и лесами» просить помощи у стрельцов. Однако уже ничто не могло спасти опальных бояр от расправы. Для поспешанья их доставили в Воздвиженское на лошадях, прямо на площадь, где уже собрались «ближние люди». «Без всякого розыска» сразу же началось чтение обвинения, которое огласил думный дьяк Разрядного приказа Ф.Л.Шакловитый. Хованские пытались оправдываться, просили выслушать «и безвинно так скоро их не казнить». Но суд был неумолим. Особенно настаивал на немедленной казни боярин И.М.Милославский, также сопровождавший государей в их Троицком походе. В тот же день цари указали и бояре приговорили «князя Ивана и князь Андрея, за такие ваши великие вины и за многие воровства и за измену казнить смертию». Штатных палачей в «походе» не оказалось, и вершить приговоренных было поручено стремянному стрельцу, который отсек головы отцу и сыну на сельской площади, «у большой Московской дороги». Участь своего «батюшки» разделили пять выборных стрельцов (по другим данным 37).
