В первом часу Суворов остановил атаки. Он видел, что его план не удался из-за стойкости французских войск и выгод занимаемых ими позиций, зато убедился в том, что перед ним вся неприятельская армия. Александр Васильевич отдал приказ резерву Меласа прибыть на поле боя — теперь можно было не опасаться подхода свежих сил к французам. Мелас стоял ближе к левому флангу и двинулся вдоль Скривии в охват правого крыла Моро.
После трехчасовой передышки сражение возобновилось. Суворов вновь бросил вперед разом оба фланга. Они были встречены на высотах страшным огнем и снова несколько раз сброшены вниз… Однако обходное движение Меласа решило судьбу боя. Пока Моро отбивал его наступление и даже потеснил австрийцев, Багратиону удалось захватить Нови и зацепиться на высотах. Французам оставалось только отступить. Вскоре движение по двум дорогам было перерезано русскими, а на третьей сгрудился обоз.
В шестом часу вечера каждый французский солдат искал спасения сам, кроме тех, кто входил в немногочисленного отряда Сен-Сира, отступавшего в полном порядке, ощетинившись штыками. Французов гнали, рубили, толпами забирали в плен. Если подъем на высоты со стороны Нови устлали своими телами союзников, то спуск с них — убитые французы, которых, по словам очевидца, было так много, «как на самом урожайном поле не может быть снопов сжатого хлеба», и это при том, что преследование велось силами одного авангарда, так как остальная армия, изнуренная боем, устраивалась на ночлег на самом поле сражения.
Ночью в Нови раздалась ружейная трескотня. Это несколько сотен спрятавшихся в городе французов пытались прорваться сквозь русские посты. Весь караул лег на месте, но выйти из города французам не дали. Они затворились в Нови, пока подошедший батальон не взломал ворота. В закипевшем уличном бою горожане приняли сторону французов, поэтому русские не стеснялись. Только подоспевший Суворов остановил убийства и грабежи.
В победной реляции Александр Васильевич писал, что не видал такого жестокого по упорству сопротивления сражения: у русских выбыло из строя около 2 тысяч человек, у австрийцев — больше 5 тысяч. Французы потеряли 10 тысяч человек убитыми и ранеными (в том числе 84 офицера и 4 генерала), еще несколько тысяч солдат дезертировало; из 40 орудий 39 достались Суворову.
Павел ответил, что сражением при Нови Суворов привел его в замешательство, так как «поставил себя выше награждений», и что он, Павел, мог придумать только одно: отныне гвардия и прочие войска должны даже в присутствии государя отдавать Суворову почести, которые по уставу полагаются одному императору. «Достойному — достойное», —заключил царь, приписав также, что курьеру фельдмаршала подполковнику Кушникову он пожаловал следующий чин и шубу: «Мне нельзя ехать в италийскую армию, так пусть там будет хоть моя шуба».
Во Франции смерть Жубера и поражение Моро повергло страну в ужас. Вторжения «варварских орд» ожидали со дня на день. Тот же страх заставлял газеты писать, что все распоряжения Суворова на поле боя были неудачны, а победа была достигнута численным перевесом и «фанатичностью» русских солдат; впрочем, тут же обвиняли в бездарности и Моро. Александр Васильевич предвидел, что за Нови «тактики будут ругать».
Моро, вторично погубивший свою военную репутацию, два дня не знал, что стало с войсками его левого крыла. Однако его действия достойны всяческих похвал: ему удалось спасти все, что поддавалось спасению. Он отвел остатки армии в горы. Суворов не мог преследовать французов, так как у него не было достаточного запаса продовольствия и мулов для транспорта.
Союзная армия двинулась было на Геную, но тут Суворова настиг новый приказ из Вены о приостановке наступательных действий. Австрийские генералы занялись самоуправством, отводя войска назад без разрешения Суворова. Мелас писал ему: «Так как означенное высочайшее повеление должно быть исполнено безотлагательно, то я прямо уже сообщил о нем… и сделал надлежащие распоряжения» — то есть подчиненный делал распоряжения и сообщал о них главнокомандующему
Гофкригсрат воздвиг между Суворовым и Генуей стену потверже французских армий. Несмотря на все усилия и победы, можно было подумать, словно сама судьба указывала ему другое направление.
Я отдал бы все мои победы за одно подобное отступление.
Русский штык прорвался сквозь Альпы!
Повернув от Генуи, Суворов встал лагерем при Асти, где провел три недели до конца августа. «Неприятель будет вынужден сам покинуть Ривьеру по недостатку продовольствия», — утешал главнокомандующего гофкригсрат. У Суворова от таких рескриптов с языка не сходили «унтеркунфт» и «бештимтзагерство».