Однако темных дней было намного больше. Энтузиазм, вызванный Лютером, пошел на спад; согласие между национальным героем и его народом разрушалось. Гуманисты следовали идеям Эразма, защищавшего право свободной воли, но ее существование отрицал реформатор Лютер. Крестьяне, путавшие духовную свободу «евангелистов», с личным освобождением, были разгромлены. Католицизм сохранил очаги влияния, позднее усиленные контрреформацией. Именно Карл V, пробуждавший столько надежд, тормозил ход Реформации и, наконец, сделался приверженцем католической веры. В 1555г. на рейхстаге в Аугсбурге был заключен Аугсбургский религиозный мир (56), признавший лютеранство легитимной религией и гарантировавший свободу вероисповедная для имперских сословий (57) по принципу «чья страна, того и вера». Карл V отказался подписать это соглашение и вскоре сложил с себя полномочия императора. Аугсбургский мир позволил преодолеть кризис, вызванный Реформацией, и восстановить работоспособность имперских институтов. Хотя конфессиональный раскол сохранился, политически империя обрела единство. В течение последующего полувека католические и протестантские субъекты империи сотрудничали в органах управления, что позволяло поддерживать в Германии мир и социальное спокойствие.
Отречение Карла V и раздел владений Габсбургов в 1556г., в результате которого Испания, Фландрия и Италия достались его сыну Филиппу II, а австрийские земли и пост императора – брату Фердинанду I, также способствовали стабилизации положения в империи, устранив опасность прихода к власти убежденного католика Филиппа II.
К концу XVI века, однако, наметились тенденции, заложенные в половинчатости условий Аугсбургского мира. Они были связаны с территориально-политическим расширением радикального кальвинизма, враждебного и лютеранам, и католикам, а также с набиравшей силу Контрреформацией. Под ее воздействием началось преследование протестантов в австрийских землях и некоторых имперских городах. К католицизму вернулись многие церковные княжества и города западной и южной Германии, а также Баден-Баден и Пфальц-Нойбург. Кроме того, оформление организационных структур и немецких княжеств и начало формирования государств современного типа входили в противоречие с сохранявшимися имперскими институтами. Уже в 1588г. работа Имперского суда была парализована, а с начала XVII века из-за конфликтов между конфессиями потерял работоспособность имперский рейхстаг.
Положение императора Рудольфа II /1522-1612, император в 1576-1612/ было подорвано конфликтами внутри Габсбургского дома, неудачами в австро-турецкой войне 1593-1606гг. и восстанием в Венгрии. В 1608г. Рудольф был вынужден отказаться от Австрии, Венгрии Моравии, оставив за собой лишь императорский титул и Чехию. Ослабление императорской власти привело к образованию протестантскими князьями в 1608г. Евангелической унии и учреждению в 1609г. Католической лиги. Противостояние между конфессиями углублялось, и в 1618г. в Праге вспыхнуло восстание против нового императора и короля Чехии Фердинанда II /1578-1637, император с 1619г./. Мятеж поддержала Евангелическая уния, в конфликт включились оба конфессиональных лагеря Германии, а затем иностранные государства, в результате чего началась Тридцатилетняя война /1618-48/.
