14 августа Гришин-Алмазов дал начальникам дивизий право представлять к производству в первый офицерский чин солдат, «отличающихся решительным характером, отлично знающих службу и умеющих заставить подчиненных повиноваться».
Вопрос о награждении орденами, однако, решался независимо от позиции штаба Сибирской армии. 21 августа 1918 года командующий войсками Восточного фронта полковник Р. Гайда приказал командиру Средне-Сибирского корпуса полковнику А.Н. Пепеляеву и начальнику чехословацких войск капитану Э. Кадлецу «для рассмотрения представлений к награждению орденом Св. Георгия за подвиги, оказанные с 20 июля по 20 августа» собрать 23 августа при штабе фронта в городе Верхнеудинске Георгиевскую думу.
Собравшись, Георгиевская дума приняла решение о награждении ряда русских и чехословацких офицеров орденами Св. Георгия III и IV степени. В числе награжденных III степенью ордена оказались полковники Гайда и Пепеляев. С морально-этической точки зрения такое решение выглядело весьма неоднозначно, так как эти офицеры, являясь членами Георгиевской думы, осуществляли не что иное, как самонаграждение высшими российскими боевыми орденами. В свою очередь Временное Сибирское правительство отклонило постановление Георгиевской думы и рекомендовало ускорить учреждение орденов «Освобождение Сибири» и «Возрождение России».
По приказу Гришина-Алмазова 28 августа 1918 года в штабе Сибирской армии собрались 36 находившихся в Омске офицеров — георгиевских кавалеров и кавалеров Георгиевского оружия — для решения вопроса о награждениях военнослужащих. Собравшиеся офицеры единогласно высказывались за то, что награждение офицеров и солдат орденами Св. Георгия, Георгиевским оружием, Георгиевскими крестами и медалями уместно лишь в войне с внешним врагом, но неуместно в войне гражданской. Вместе с тем они поддержали возможность награждения особо отличившихся солдат и офицеров «сибирскими» орденами.
Выразить свою позицию по этой проблеме Гришин-Алмазов не успел из-за последовавшей вскоре отставки. 5 сентября 1918 года председатель Совета министров Временного Сибирского правительства П.В. Вологодский подписал указ об увольнении Гришина-Алмазова с занимаемых им постов без назначения на какую-либо другую должность. Поводом к такому решению послужила ссора командующего Сибирской армией с английским консулом на официальном приеме в Челябинске. Представитель союзников неделикатно отзывался о России, и генерал «бросил замечание, что русские менее нуждаются в союзниках, чем союзники в русских, потому что только одна Россия может сейчас выставить свежую армию, которая в зависимости от того, к кому она присоединится, решит судьбу войны». Этим инцидентом воспользовались противники Гришина-Алмазова во Временном Сибирском правительстве.
В своих мемуарах Гинс признавал, что «не знал в Омске военного, который бы годился больше, чем Гришин-Алмазов, для управления военным министерством в демократическом кабинете», но добавлял: «Недостатком его была самоуверенность. Он был убежден в неспособности всех прочих конкурировать с его влиянием в военных кругах. Он игнорировал министров Сибирского правительства, забывая, что может вооружить их против него».
Дальнейшая судьба Гришина-Алмазова такова. Получив в Омске отставку, он уехал на юг России. Осенью 1918 — зимой 1919 года был военным губернатором Одессы, а 22 апреля 1919 года по поручению генерала А.И. Деникина выехал из Екатеринодара, чтобы наладить автомобильную связь с войсками адмирала Колчака. В его распоряжении находилось три автомобиля с пулеметами и небольшой отряд из 16 офицеров и 25 солдат «туземных войск», поклявшихся «на мече и Коране» в верности своему начальнику. По одной из версий, отряд Гришина-Алмазова следовал из Петровска в Гурьев и был захвачен 5 мая в Каспийском море на борту парохода «Лейла» советским эсминцем «Карл Либкнехт». Не желая сдаваться в плен, генерал застрелился. По другой версии, погрузившись в порту Петровск на английское судно, отряд Гришина-Алмазова благополучно пересек море, высадился в форте Александровский и... пропал. До Омска удалось добраться только одному офицеру, который случайно отстал от отряда и благодаря этому спасся. По сведениям, которые он получил от местных жителей, Гришин-Алмазов и его сопровождение были захвачены ночью врасплох и перебиты «без единого выстрела».
