Если на Западе центром еретичества был образованный Париж, то в России многие ереси возникли в исполненном демократических традиций, тесно связанном с заграницей, Новгороде. Там же прошли и первые удары церковного террора. В 1374 году, в Новгороде появились трое проповедников: дьякон Никита, стригольник (недопосвященный причетник, имевший на голове особую стрижку) Карп и третий, имя которого источники не сохранили. Выяснилось, что прибыли они в "вольный город" из Пскова, спасаясь от преследований тамошнего духовенства. Что, учитывая их учение было совсем неудивительно, по мнению нечестивых еретиков, грешный, недостойный священник не мог отпускать чужие грехи и проводить святые таинства. Они отрицали необходимость существования церкви, критиковали безнравственность ее служителей, выступали против монастырей. В жизни они рекомендовали воздержание, молитву и книжное учение. Через год все трое были замучены и сброшены в Волхов. Нередко умерщвлялись "стригольники" (как прозвали новую ересь) и в дальнейшем. Впрочем, церковь, следует отдать ей должное, проявляла в этом вопросе некоторую терпимость: в 1427 году, митрополит Фотий, хотя и запретил православным есть и пить с еретиками, повелел также не казнить их смертью: "Толико не смертными, но внешними казнями и заточеньями". Существует предположение, что мягкость к стригольникам московская митрополия проповедовала исключительно с целью ослабить слишком независимую новгородскую епархию.
Повод для первого отечественного аутодафе дала уже не стригольническая, но так называемая "жидовствующая ересь". Основанная, по преданию, заехавшими в Новгород иудеями, она впитала многие другие ереси, существовавшие на русской почве. Жидовствующие отвергали монашество, догмат о троичности и божественности Христа, бессмертие души. В короткое время ересь приобрела много сторонников, в том числе в церковной среде. Ей сочувствовал даже сам Великий князь Иван III (1462 - 1505) (которому особенно нравилось отрицание монашества - князь мечтал о секуляризации монастырских земель). Неизвестно чем бы это кончилось, если бы 12 декабря 1484 года на митрополичий престол Новгорода не взошел некий Геннадий Гонозов - деятель, которого по праву можно назвать отцом русской инквизиции. Зная о распространенных в епархии еретических настроениях, он распорядился начать тайное расследование. "Жидовствующие" тщательно скрывали свои взгляды, только в 1487 году, благодаря подслушанной пьяной болтовне, Геннадию удалось напасть на след. Трое изоблаченных были посланы в Москву, где был проведен Собор, осудивший ересь и приговоривший пойманных к избиению кнутом и отсылке к Геннадию на покаяние. Геннадий начал хватать в Новгороде всех подозрительных и предавать тому же наказанию. Еретики перебрались в Москву. Там сторонниками нового учения были протопопы Успенского и Архангельского соборов, архимандрит Симоновского монастыря Зосима, доверенное лицо Ивана III дьяк Федор Курицын и многие другие. В сентябре 1490 года Зосима был даже избран московским митрополитом и приказал Геннадию прислать изложение своих взглядов на христианское вероучение - это означало обвинение в ереси. Геннадий отказался, и вместо этого сам обвинил Зосиму в недостаточном преследовании жидовствующих: "Если Великий князь того не обыщет и не казнит этих людей, то, как нам тогда свести срам со всей земли! Вон фряги какую крепость держат по своей вере: сказывал мне цезарский посол про шпанского короля, как он свою землю-то очистил!"
Итак, образцом священнослужителя Гонозов счел Великого инквизитора Торквемаду (приступившего к "очистке", стоившей жизни 8 800 еретикам, в 1481 году). Митрополит и Великий князь эти призывы игнорировали. Тогда он направил послание ко всем русским архиреям, призывая провести собор, "чтобы еретиков казнить, жечь и вешать (...) пытать их накрепко, чтобы дознаться кого они прельстили, чтобы искоренить их совсем и отрасли их не оставить". Сам он немедленно начал пытать нескольких еретиков, высланных к нему до этого и добился показаний против Федора Курицына. Из Москвы ответили, что не верят показаниям, вырванным пыткой. В своем послании Геннадий горько жаловался на эту подозрительность: "Говорят, что я Самсонка мучил; не я его мучил, а сын боярский великого князя, мои сторожи только стояли, чтобы кто-нибудь посула не взял".