Несколько смягчился церковный террор при Иване Грозном, который, подобно Ивану III, мечтал о секуляризации церковных земель и потому отрицательно относился к репрессиям в борьбе с Реформацией (известны его слова по поводу Варфоломеевской ночи: "У Францовского короля в его королевстве, несколько тысяч и до сущих младенцев избито; и о том крестьянским государем пригоже скорбети, что такое бесчеловечество францовский король над толиким народом учинил и кровь толикую без ума пролил"). В 1554 году, открылась ересь московского дворянина М. С. Башкина, который, самостоятельно трактуя Новый Завет, обнаружил там следующие тезисы: любовь к ближнему, равенство людей, недопустимость рабства. Башкин отпустил своих холопов и призвал тоже самое сделать других. В области религии, он отвергал церковные обряды, поклонение иконам, церковное покаяние ("как перестанет грех творить, так хоть у священника не покается, так не будет ему греха"), считал жития святых - баснословием и т. п. Решающее влияние на учение Башкина оказало реформаторское движение в Европе. На церковном Соборе он был приговорен к вечному заточению. Сочувствовавший ему троицкий игумен Артемий и некоторые другие были сосланы (любопытно, что церковные иерархи настаивали на казни, за еретиков заступился царь). Артемий бежал из ссылки и эмигрировал в Литовское государство. В это же время власти задержали монаха Феодосия Косого с несколькими последователями. Косой отвергал бессмертие души, иконопочитание, институт рабства. Они также были сосланы и бежали в Литву. Один русский еретик, прозванный в Литве "вторым Лютером", рассказывал, что в Москве его должны были сжечь, но царь отменил смертный приговор. Однако милосердная политика продолжалась недолго, когда в 1563 году московские войска взяли литовский город Полоцк, захваченный там приверженец Косого Фома был утоплен. Это ужесточение мер связано с тем, что Россия начала войну с лютеранской Литвой и на отечественных протестантов стали смотреть, как на пособников противника (московский митрополит провозгласил целью войны священную борьбу православного воинства против "прескверных лютор" - в действительности "джихад", конечно, преследовал цели выхода к Балтийскому морю). Взятие Полоцка вообще было настоящей оргией религиозного террора. Все жители-лютеране были высланы в Россию. Иудеи - поголовно утоплены. Католические монахи цистерианцы - обезглавлены. С другой стороны любопытно, что когда православное духовенство потребовало запретить лютеранам-переселенцам протестантское богослужение - царь отказал. Более того, царь наказал московского митрополита, силой заставившего одного немца принять православие. По немецким источникам, митрополит принужден был заплатить за насилие над лютеранином 60 000 рублей (Иван IV рассчитывал включить Литву в Московское государство и не хотел раздражать новых подданых до завершения военных действий).
Грозного сменил крайне благочестивый Федор Иоаннович. Об одной из устроенных при нем казней сообщает английский посланник Флетчер: "муж и жена содержались целых 28 лет в тюрьме, до тех пор, пока они превратились в совершенных уродов по волосам, ногтям, цвету лица и прочему, и наконец, были сожжены в Москве, в маленьком доме, который нарочно для того подожгли. Вина их осталась тайною, но вероятно, что они были наказаны за какую-нибудь религиозную истину, хотя священники и монахи уверили народ, что эти люди были злые и проклятые еретики". Возможно, протестант Флетчер ошибался, считая казненных своими единоверцами, но как было на самом деле сказать невозможно, ибо русские источники о данной казни скромно умалчивают. Итальянец Петр Петрейи, побывавший на Руси в начале семнадцатого столетия сообщал, что святотатцев сажали на кол, а затем сжигали их трупы. В Соборном Уложении, принятом в 1649 году и действовавшем два столетия - нарушителей божественного и церковного закона было предписано казнить огнем.