17 октября Собор был созван, но Геннадия на него не пригласили. Собор обвинил ряд священнослужителей в том, что они считали иконы, наряду с идолами, делом рук человеческих, признавали кровь и тело христово - простым хлебом и вином и за столь богомерзкие утверждения предал их проклятию и заточению. Семь осужденных направили в Новгород, где Геннадий встретил их по всем правилам инквизиции: посадил лицом к хвосту на вьючных лошадей, надел на голову берестовые шлемы, а на грудь таблички: "Се есть сатанино воинство" и в таком виде ввез в город. Затем берестовые шлемы были сожжены прямо на головах связанных еретиков (здесь Гонозов проявил определенную оригинальность). Двое из подвергнутых такому наказанию сошли с ума и вскоре умерли.
В дальнейшем эстафета борьбы с ересью перешла к Волоцкому игумену Иосифу Санину. В 1493 году Иосиф выступил против, продолжавшего поддерживать ересь, Зосимы и принудил его оставить кафедру. Некоторое время ересь держалась поддержкой Великого князя. Наконец, в декабре 1504 года состоялся новый Собор, окончательно осудивший "жидовствующих". Изобличенные выразили раскаяние, но Иосиф Волоцкий настаивал, что это акт вынужденный и требовал жестокой казни. Иван III поинтересовался насколько подобное обращение с "заблудшими" соответствует христианской морали. Не растерявшийся Иосиф, также как некогда и византийские миссионеры, процитировал одно из посланий апостола Павла: "Если отвергшийся закона Моисеева, при двух или трех свидетелях, без милосердия наказывается смертью, то сколь тягчайшему наказанию повинен будет тот, кто попирает сына Божия? " (Евр. 10, 28 - 29). Крыть было нечем и 28 декабря трех еретиков в клетке сожгли в Москве, и еще "многих еретиков" в Новгороде. Другие были отправлены в тюрьмы или по монастырям, против чего Иосиф Волоцкий выступил с яростным протестом: "Этим ты государь творишь мирянам пользу, а инокам погибель". Сам он считал, что еретиков следует либо убивать: "Грешника и еретика руками убити или молитвою едино есть", либо, на худой конец, пожизненно отлучать от церкви и заточать в темницу. После смерти Ивана III, Иосифа поддержала светская власть, Великий князь Василий III (1505 - 1533) предписал еретикам "языки резать, иных огню предать".