Александр I дозволил старобрядческим попам именоваться священниками, утвердил секретные инструкции 1822 года "о попах и молитвенных домах старообрядцев", которые предписывали не трогать православных попов, перешедших в старообрядчество и не касаться старообрядческих церквей. Последняя вспышка борьбы со старообрядцами пришлась на царствование Николая I, ярого сторонника унификации всех областей жизни. Вступив на престол, он объявил политику правительства: действовать так, чтобы наличные раскольники дожили свой век, а новых не появилось. В 1826 году были сняты кресты со старообрядческих церквей, запрещены постройка новых и ремонт старых зданий. В 1827 году старообрядческим попам запретили переезжать из уезда в уезд. В 1832 году, было предписано возвращать епархиальному начальству попов, перешедших в раскол (большая часть раскольников продолжала считать, что благодать лежит лишь на священниках, рукоположенных церковью). Затем последовал разгром старообрядческих монастырей в Иргизе (во исполнение неоднократных требований духовенства, игнорируемых в предыдущие царствования). В Средне-Воскресенском монастыре, в ход пришлось пустить казацкую команду, действующую ногайками и пожарных, обливавших толпу из шлангов; дело было в начале марта и более тысячи человек были связаны обледеневшими. Показывая приехавшим с командой православным священнослужителям на эту груду полузамерзших тел, губернатор весело предложил: "Ну, господа-отцы, извольте подбирать, что видите". Преемники Николая окончательно прекратили преследования старообрядцев: в 1858 году было допущено раскольническое богослужение в домашних церквях и молельнях, а в 1883 - вообще дозволено свободное отправление старообрядческого культа.
Что касается церковного террора, не связанного с расколом - последние его яркие проявления относятся к концу XVII - началу XVIII века. Еще в 1687 году была основана Славяно-греко-латинская академия - первое русское высшее учебное заведение. По совместительству это учреждение занималось борьбой с инакомыслящими: "И о сем им блюстителю со учительми тщатися крепце еже бы всякого чина духовным и мирским людям, волшебных и чародейных и гадательных и всяких от церкви возбраняемых и богохульных и богоненавистных книг и писаний у себя никому весьма не держати и по оным не действовати, и иных тому не учити. А у них же таковые книги или писания ныне суть, и оным таковые книги и писания сожигати... Аще же кто сему нашему царскому повелению явится противен и отныне начнет кто от духовных и мирских всякого чина людей, волшебные и чародейные и гадательные и всякие от церкви возбраняемые и богохульные и богоненавистные книги и писания у себя коим ни буде образом держати и по оным действовати, и иных тому учити, или и без писания таковая богоненавистная дела творити, или таковыми злыми делами хвалитися, яко мощен он таковая творити, и таковый человек за достоверным свидетельством без всякого милосердия да сожжется" (14 параграф грамоты об учреждении Академии). Академия ведала духовной цензурой, надзирала, как за школьным, так и за домашним образованием, наконец, пользовалась правом судить изобличенных еретиков. Назовем только двух жертв этого весьма своеобразного учебного заведения.
В 1689 году в срубе на Красной площади был сожжен протестантский пастор Квирин Кульман. В 1691 году был приговорен к вечному заточению выдающийся русский поэт, историк и просветитель Сильвестр Медведев, обвиненный в т. н. хлебопоклонной ереси (чисто обрядовое разногласие). Через месяц Медведев был казнен, в основном по политическим мотивам (поддержка царевны Софьи против Петра), но среди обвинений фигурировало и то, что он прельщался "киевскими новотворными книгами", сближавшими православие с католицизмом.