„В зал, расположенный рядом с комнатой, где по требованию Муравьёва должно было состояться совместное с ним заседание губисполкома, ввели несколько десятков красноармейцев — латышей из Московского отряда. Против двери поставили пулемёт. И пулемёт, и пулемётчики были тщательно замаскированы. Счастливо избежавший ареста председатель губкома Варейкис приказал пулемётчикам:
— Если Муравьёв окажет сопротивление при аресте и будет заметен перевес на стороне главкома и его сообщников, то стрелять прямо в комнату и косить направо и налево, не разбирая, кто там, — свои или чужие.
Сам он должен был также находиться среди этих обречённых „своих“.
К одиннадцати часам вечера все приготовления закончились. Дала положительные результаты и проведённая коммунистами разъяснительная работа: команда броневого дивизиона, на которую Муравьёв особенно рассчитывал, постановила ему не подчиняться“.
Сам же Варейкис так описал попытку ареста Муравьёва:
„Я объявляю перерыв. Муравьёв встал. Молчание. Все взоры направлены на Муравьёва. Я смотрю на него в упор. Чувствовалось, что он прочитал что-то неладное в моих глазах, или ему совестно своей трусости, что заставило его сказать:
— Я пойду успокою отряды.
Медведев наблюдал в стёкла двери и ждал сигнала. Муравьёв шёл к выходной двери. Ему осталось сделать шаг, чтобы взяться за ручку двери. Я махнул рукой. Медведев скрылся. Через несколько секунд дверь перед Муравьёвым растворилась, из зала блестят штыки.
— Вы арестованы.
— Как? Провокация! — крикнул Муравьёв и схватился за маузер, который висел на поясе. Медведев схватил его за руку. Муравьёв выхватил браунинг и начал стрелять. Увидев вооружённое сопротивление, отряд тоже начал стрелять. После шести-семи выстрелов с той и другой стороны в дверь исполкома Муравьёв свалился убитым“.
12 июля официальная газета ВЦИК „Известия“ поместила правительственное сообщение „Об измене Муравьёва“, в котором утверждалось: „видя полное крушение своего плана, Муравьёв покончил с собой выстрелом в висок“.
После гибели Муравьёва среди комиссаров и красноармейцев широко распространились подозрения против вообще всех бывших царских офицеров. Кроме того, последствия мятежа оказались крайне тяжёлыми для фронта. Как подчёркивает исследователь Б. В. Соколов, войска Восточного фронта были деморализованы и сбиты с толку сначала телеграммами главкома Муравьёва о мире с чехословаками и войне с Германией, а затем — об измене Муравьёва и о продолжении войны с чехословаками.
Подполковник Белого движения на востоке В. О. Каппель принял решение воспользоваться моментом, и нанести удар. Красная армия вскоре оставила Бугульму, Мелекесс и Симбирск, а в начале августа и Казань, где в руки чехословаков и Народной армии КОМУЧа попала часть российского золотого запаса. В связи со сложившимся тяжёлым положением на фронте на станцию Свияжск вскоре после падения Казани лично прибыл наркомвоенмор Л. Д. Троцкий.
События июля 1918 года развели левых эсеров с большевиками окончательно. В составе ВЧК не осталось левых эсеров, а Коллегию ВЧК, в которой они были, упразднили и создали новую. Её возглавил Яков Петерс. Теперь в ВЧК не было представителей других партий, кроме коммунистов. После мятежа вышел указ о разоружении левых эсеров в городах России. Убийство Мирбаха послужило поводом для проведения многочисленных арестов. К работе съезда левоэсеровские депутаты больше не допускались. Мария Спиридонова, один из лидеров левых эсеров, находясь на гауптвахте в Кремле, написала открытое письмо большевикам. Она обвинила их в „надувательстве трудящихся“ и репрессиях. В том же году состоялся суд, на котором Спиридонова, Попов, Андреев, Блюмкин и другие были обвинены в организации контрреволюционного мятежа.
После данного мятежа 11 июля партия была официально распущена».
Левоэсеровский мятеж против большевиков был не единственным, действия против их политики продолжились в других регионах страны уже в рамках Гражданской войны в России.
Убийство Мирбаха большевики тщательно расследовали. Несмотря на эту тщательность, какие-то вопросы остались. Например, как вообще связано восстание левых эсеров с этим убийством? Было ли оно действительно сигналом к мятежу? В документах ЦК партии левых эсеров никаких решений о покушении нет. Свердлов и Троцкий, например, считали, что убийство Мирбаха организовала ВЧК. Не совсем понятно, была ли подпись Дзержинского (ярого противника Брестского мира) на мандате? Сам председатель ВЧК утверждал, что она была подделана. Позже это вроде бы подтвердил Блюмкин. Но кто именно подделал подпись, он не сказал. На допросе Дзержинский утверждал, что Блюмкина он близко не знал и редко с ним виделся. Восстановлен на своей должности Феликс Дзержинский был лишь 22 августа, то есть спустя 1,5 месяца.