Этому способствовала и слабость советской власти в данном регионе, в том числе малочисленность состава и боевая неподготовленность Красной армии. Так, в семи губерниях Поволжья числилось всего 23484 красноармейца, из них было вооружено 12443, обучено военному делу 2405, а готовых к выступлению 2243, т. е. приблизительно каждый десятый. Способствовала сложному положению на юго-востоке страны и плохая обученность командного состава Красной армии, разбросанность её воинских частей, отсутствие боевого опыта и прямое предательство в рядах военспецов. Бессилие частей Красной армии дополнялось бездействием местных советских органов власти, которые ничего не могли противопоставить натиску подразделений чехословацкого корпуса, поддерживаемого часто местным населением и контрреволюционными организациями.
С самого начала вооружённого выступления захват городов и населённых пунктов сопровождался массовыми арестами советских работников и расстрелами солдат-интернационалистов. Постепенно уровень репрессий повысился, распространившись на новые категории населения. Войска чехословацкого корпуса либо непосредственно участвовали в репрессиях, либо не препятствовали осуществлять эти действия своим союзникам по антибольшевистскому выступлению. Поэтому порою сложно было разделить эти репрессии на белодобровольческие или легионерские деяния. Тем более что позднее многие смешанные по составу военные антибольшевистские части в Поволжье возглавлялись именно чешскими командирами. Как справедливо в своей монографии, посвящённой Гражданской войне на Волге, указывал С. Посадский: «Смешанными отрядами командовали, за исключением Степанова, Махина и Каппеля, чехи, что признавалось нормальным, ибо чехи представляли собой „единственную реальную силу“».
25 мая 1918 года войсками чехословацкого корпуса был захвачен Новониколаевск (сейчас Новосибирск). В Доме революции было арестовано практически всё советское руководство города, которое будет расстреляно спустя 10 дней — 4 июня. В этот день будут расстреляны председатель местной ЧК Ф. И. Горбань, замревтрибунала и зампредуездисполкома А. И. Петухов, член военотдела Новониколаевского горсовета Ф. С. Шмурыгин, секретарь горкома РСДРП (б), редактор газеты «Дело Революции» Ф. П. Серебренников, начштаба Красной гвардии, член исполкома Новониколаевского горсовета Д. М. Полковников.
Когда родственники пришли забирать тела погибших для похорон, то выяснилось, что тела «погибших при попытке к бегству» изуродованы штыковыми и сабельными ударами. Эти события подтверждают воспоминания С. А. Шварца: «4 июня в три часа нас вывели в ограду арестного дома. Пришёл офицер с клочком бумажки и вызвал пятерых наших товарищей: Серебренникова, Петухова, Горбаня, Шмурыгина и Полковникова, а примерно минут через 15 скомандовал выходить и остальным. Повели нас по направлению к тюрьме, потом свернули на Ядринцевскую улицу, к военному городку. Конвоирующих было человек 100 — конные, пешие и на велосипедах. Когда мы спускались к речке Каменке, впереди послышались выстрелы и взрыв гранаты.
Один из конвоирующих нас офицеров куда-то побежал и по возвращении сообщил, что стреляли по убегающим. Вскоре мы узнали, что расстреляли наших товарищей — „пятёрку“. В военном городке нас посадили на гауптвахту, отобрали книги, табак, деньги. 22 сентября вывели ночью вторую пятёрку. Их расстреляли, остальные сбежали». Писал Шварц и о гранате, брошенной в камеру: заключённым повезло в том, что она отскочила от тюремной решётки… Об июньских расстрелах пяти членов исполкома упоминали и советские газеты того периода.
Организовавшая 4 июня похороны первой партии погибших Е. Б. Ковальчук (Репина) позднее, в сентябре 1919 года, вместе с группой подпольщиков будет арестована чешской контрразведкой и спустя некоторое время расстреляна. В декабре 1919 года колчаковцами будет расстрелян первый председатель Новониколаевского горсовета В. Р. Романов, арестованный в 1918 году на станции Кан.
Это был лишь первый город, занятый войсками чехословацкого корпуса после их конфликта с советской властью. Уже днём 26 мая подразделениями чехословацкого корпуса во главе с С. Н. Войцеховским был захвачен Челябинск. В городе произошли массовые аресты: челябинская тюрьма, рассчитанная на 1000 мест, оказалась переполнена. Все члены местного Совета были также арестованы и позднее расстреляны. Как и в предыдущем случае, основная расправа произошла спустя некоторое время. В репрессиях были задействованы как чешские легионеры, так и позднее прибывший в город отряд оренбургских казаков численностью около 300 человек.
