Во время Второй мировой войны, понимая потенциал религии как фактора, способного сплотить нацию перед лицом опасного врага, Кремль оттаял по отношению к церкви. В самый драматический момент войны, когда нацистская Германия наносила Красной армии первые сокрушительные поражения, прорываясь к Москве, Сталин обратился к согражданам, как пастырь обращается к прихожанам: «Братья и сестры!» В 1943 году, сразу после кровопролитной битвы под Курском, Сталин впервые в советской истории встретился с иерархами Русской православной церкви и разрешил им, опять же впервые в истории СССР33, избрать патриарха, то есть признанного светскими властями вождя РПЦ. Жест был красивым, ведь у православных не было патриарха даже при Романовых: русские цари боялись умаления своей власти властью церковной. Но на деле поступок Сталина был именно что жестом, не более. Во-первых, послабления коснулись в основном Русской православной церкви, господствующей в стране. Остальных христиан, особенно молодых протестантских изводов, а также представителей других конфессий сталинская «оттепель» затронула в куда меньшей степени. Во-вторых, церковь никогда вновь не стала по-настоящему независимой от государственной власти. Кремль и КГБ курировали церковную жизнь, наводняя ряды священнослужителей своими агентами и «сексотами» (то есть секретными сотрудниками, как называли информаторов, завербованных спецслужбами).
Одним из таких агентов в позднесоветское время был Александр Григорьев. В 70-х он работал в ленинградском комсомоле, молодежном крыле коммунистической партии, и учился в Высшей школе КГБ, потом служил советником по безопасности в оккупированном советской армией Афганистане. Затем начальство командировало Григорьева агентом под прикрытием в православную церковь. Из интервью одного из бывших боссов Григорьева известно, что тот служил (удобно, что слово «служить» в русском языке относится к работе как шпиона, так и священника) в РПЦ под прикрытием священнического сана вплоть до 1991 года34. Архивы об этом периоде карьеры Григорьева до сих пор засекречены, а из публикаций в прессе следует, что среди прочих заданий в церкви «отец Александр» курировал Алексея Ридигера, митрополита Ленинградского и Новгородского, впоследствии патриарха РПЦ Алексия II35. Материалы о сотрудничестве патриарха со спецслужбами также закрыты. В 1991 году, после распада СССР, некоторые из документов КГБ — по недосмотру или умышленно — на короткий промежуток времени оказались достоянием гласности36. В одной из бумаг, в частности, перечислялись кодовые имена священников — агентов КГБ. Сопоставив второстепенные детали, журналисты предположили, что фигурировавшие в бумагах агенты «Дроздов» и «Михайлов», скорее всего, были действующим и будущим патриархами Алексием II и Кириллом (в миру Владимир Гундяев, преемник Алексия на посту патриарха)37. Оба продвигались внутри церкви похожим маршрутом: еще в советское время работали в зарубежных миссиях РПЦ (а выезд за границу без ведома КГБ был тогда невозможен), потом занимались вопросами собственности церкви, что тоже традиционно относится к сфере интересов «конторы». Ни Алексий II38, ни Кирилл никогда не отвечали на вопрос о своей работе на спецслужбы. Как и Александр Григорьев никогда публично не признавался, что служил под видом священника.
Зато про него точно известно, что он дружил с Путиным. В какой-то момент их совместной карьеры в ленинградском КГБ Путин и Григорьев делили кабинет и общались вне работы.
Коллеги сблизились настолько, что в 1983 году Григорьев стал свидетелем на свадьбе Путина и Людмилы Шкребневой, единственной официальной супруги президента. Григорьев был для Путина старшим товарищем: он был выше по званию и имел боевой опыт. Путин признавался, что прислушивался к словам своего друга40.