Так или иначе, вскоре после встречи с Путиным Шутова арестовали, предъявив обвинение в убийстве Маневича и намекая на причастность к гибели Старовойтовой. Символично, что наручники на Шутова надели в его офисе, в здании той же гостиницы «Ленинград» (к тому моменту восстановленной и переименованной в «Санкт-Петербург»), где когда-то загадочно погиб его первый биограф. Правда, доказательства вины Шутова были настолько слабые, что петербургский суд спустя несколько месяцев выпустил его на свободу. Но бывшего депутата тут же, прямо в здании суда, вновь задержал спецназ. О правовых нюансах никто особо не думал: Шутова отправили в камеру, из которой больше никогда не выпустили. По всему было видно, что преследование его носило черты изощренной личной мести. Мы видели много уголовных дел в путинской России, но такого, как у Шутова, не было никогда. Он сидел в тюрьме в ожидании суда целых семь лет! Да и суда в обычном смысле слова не было: процесс над Шутовым прошел прямо в СИЗО «Кресты», куда не могли попасть ни его сторонники, ни многие журналисты. Зато туда смог попасть Путин. Осенью 1999 года будущий президент, а тогда премьер-министр, приехал в свой родной город. Одной из целей визита была инспекция СИЗО «Кресты», где Путину особенно не понравилось: он, например, критиковал тюремное начальство за бесчеловечные условия содержания арестантов. Позже Шутов передал на волю одному из своих сторонников, что Путин зашел в его камеру, взглянул на бывшего коллегу и удовлетворенно пообещал тому долгий тюремный срок432.
Адвокаты и правозащитники фиксировали, что Шутова в тюрьме избивали, ему серьезно повредили спину, из-за чего он какое-то время передвигался на коляске или ползком (некоторые, правда, объясняли это все тем же артистизмом бывшего помощника Собчака). Его причастность к убийству Маневича суд в итоге так и не доказал, сняв это обвинение (как и причастность к гибели Старовойтовой). По другим эпизодам Шутова в 2006 году приговорили к пожизненному заключению и отправили в отдаленную колонию «Белый лебедь» на севере Пермского края. Эта колония и для здоровых людей — смертельно опасное испытание. По одной из версий, ее так прозвали, потому что заключенные там вынуждены ходить, согнувшись под прямым углом и подняв скованные руки высоко за спиной, как лебеди вздымают крылья. Вряд ли Шутов мог выполнять наиболее строгие требования администрации, потому что в колонии передвигался на инвалидной коляске, вспоминала его адвокат Каринна Москаленко433. Однако Шутов и тут не стушевался: даже за решеткой он продолжал писать книги и статьи и переправлять их на волю. Часть из них печаталась в той же газете «Новый Петербург».
Один из экономистов, работавших вместе с Путиным и Маневичем в Петербурге, много лет назад сказал авторам этой книги: «Пока мы живы, Шутов из тюрьмы не выйдет»434. Большинство членов ленинградского экономического кружка во главе с Чубайсом называли себя убежденными демократами и приверженцами прав человека. Но ни один из них не сказал ни слова о бесчеловечном преследовании Шутова. Случилось так, как и обещал наш собеседник. В 2014 году Юрий Шутов умер в колонии — по версии властей, от инфаркта. Спустя еще три года неизвестные до смерти забили на улице руководителя газеты «Новый Петербург» Николая Андрущенко — это он написал ту самую статью о Путине и «Штази», которая взбесила президента. Когда-то Андрущенко тоже был депутатом Ленсовета и неистовым критиком Путина. Нападавших не нашли, списав случившееся на пристрастие журналиста к выпивке435. Андрущенко стал уже вторым писавшим о Путине журналистом, который таинственно лишился жизни. Первым еще в 1998 году погиб петербуржец Анатолий Левин-Уткин, работавший тогда в газете «Юридический Петербург сегодня». Левин-Уткин был соавтором статьи о назначении Путина директором ФСБ436. Среди прочих фактов о Путине, тогда неизвестных широкой публике, авторы утверждали, что назначение его на должность якобы было незаконным. Они сочли, что согласно внутренним документам спецслужбы директором может стать только офицер в генеральском звании (наличие такого условия во внутренних документах ФСБ не установлено). Вскоре после выхода статьи Левин-Уткин был забит насмерть возле своего дома437.
Это преступление, а также гибель Андрущенко, смерть Шутова, пожар в гостинице «Ленинград», убийства Маневича и Старовойтовой стали очередными «висяками». Так почти всегда случалось с преступлениями, где так или иначе фигурировал Путин.