После разделения России на Опричнину и Земщину, Иван Грозный поставил во главе последней Мстиславского и Бельского. Но с этой поры, как известно, дела в государстве приняли другой оборот и новые походы и войны оказались весьма неудачными.
Так, в 1571 году, когда шел на Москву крымский хан Девлет-Гирей, московские воеводы, в том числе и Мстиславский, не успели дать отпор хану и пропустили его к самой столице. Вся Москва была сожжена. Посмотрев на небывалый пожар, хан возвратился в степи. Конечно, не один Иван Мстиславский был виноват в этом несчастье. Но Грозный обвинил именно Мстиславского в том, что он с «товарищами боярами изменил, навел на Русскую землю хана, и вдобавок соблазнился в вере, и помышлял отъехать в Литву». Оправдываться было бесполезно, ибо царь обвинял не столько самого Мстиславского, а столько вообще всё боярство, у которого Мстиславский был первым представителем.
По ходатайству митрополита и духовенства, первенствующий боярин был прощен; от него была взята клятвенная запись за поручительством троих бояр, обязавшихся внести царю две тысячи рублей, если князь отъедет. За бояр поручились еще 285 человек, разверставши эту огромную сумму, кто, сколько мог уплатить, так что порука стала самая крепкая.
Грозный, как известно, очень боялся боярской измены и отбирал такие записи по первому сомнительному поводу от каждого знатного боярина. Однако за Мстиславского бояться было нечего: это (повторяем) был человек смирный и неспособный сделать какое-либо решительное дело. Грозный, вероятно, очень хорошо знал это и не лишал князя своего прежнего родственного расположения. В своем духовном завещании 1572 года он оградил племянника и со стороны пожалованных вотчин, завещав сыновьям следующее: «А что отец наш великий князь Василий пожаловал князя Федора Мстиславского и что я придал сыну его князю Ивану, и сын мой в ту у него вотчину и у его детей не вступается; а отъедет куда-нибудь, и та вотчина сыну Ивану».
Однако и после этой милости по каким-то случаям снова восставал гнев царя. В страшные времена беспощадных казней, в 1574 году, царь Иван Васильевич «казнил в Кремле у Пречистой на площади многих бояр, Чудовского архимандрита, протопопа Амоса от Николы Гостунского и многих всяких людей. А головы метали под двор Мстиславского». (Можно заключить, что это происходило на Соборной площади, перед Успенским собором, так как этот собор нередко обозначался и именем
