Использовались непримиримость и беспощадность заместителей Дзержинского эсеров В.А. Александровича и Г.Д. Закса. Большевики, первоначально противившиеся участию левых эсеров в работе коллегии ВЧК, были вынуждены пойти на уступки союзникам по коалиции и пригласить членов ПЛСР в состав комиссии Ф.Э. Дзержинского. Григорий Закс в апреле 1918 года лично участвовал в разгроме «Черной гвардии» — вооруженных отрядов рабочих, неподконтрольных и нелояльных правительству. Москва на некоторое время оказалась во власти анархистов, которые грабили банки и устраивали дебоши. Анархисты завладели 26 особняками и накопили в них большое количество оружия. Дольше всех сопротивлялся «дом анархии», где теперь расположен театр Ленкома. Григорий Закс зачитал на заседании ВЦИК доклад о разгроме анархистов и высказал мнение о политической подоплеке движения черногвардейцев: «…Если вы возьмете план Москвы, то увидите, что занятые анархистами особняки расположились как бы кольцом вокруг Московского Совета… Это заставило нас сделать ту дезинфекцию, на которую идейные анархисты были неспособны». Он безоговорочно поддержал большевиков-ленинцев и позднее пал жертвой «дезинфекции» в отношении его самого.
Историки советского периода замалчивали этот факт, но еще 12 октября 1917 года при образовании в столице Военно-революционного комитета (ВРК) его первым председателем был избран левый эсер, военный фельдшер Павел Лазимир. Более того, первоначально наряду с большевиками наркомами (министрами Советского правительства) были назначены семь левых эсеров. А.Л. Колегаев занимал должность наркома земледелия. Прош Прошьян возглавлял Наркомат почт и телеграфов, В.А. Карелин — Наркомат государственных имуществ, И.З. Штейнберг — Наркомат юстиции, В.Е. Трутовский — Наркомат местного самоуправления, И. Михайлов (короткое время) — Наркомат по военным и морским делам. «Наркомами без портфелей» являлись В.А. Алгасов (член коллегии НКВД) и А.И. Бриллиантов (член коллегии Наркомата финансов). Помимо них, в заседаниях правительства принимали участие члены коллегий наркоматов А.А. Шрейдер (Наркомат юстиции), Н.Н. Алексеев (Наркомат земледелия), Л.Е. Кроник (Наркомат почт и телеграфов) и некоторые другие с правом решающего голоса на заседаниях СНК.
Мария Спиридонова не стала народным комиссаром только потому, что ее работу в ЦИК эсеровское руководство посчитало более важной.
Армией и флотом бездарно командовали большевики: прапорщик Крыленко и матрос Дыбенко. Пришлось назначить главным военным специалистом советской республики левого эсера Михаила Муравьева. Заменивший его впоследствии (вместе с Подвойским) большевик Антонов-Овсеенко в своих «Записках о гражданской войне» оставил такой портрет Муравьева: «Его сухая фигура, с коротко остриженными седеющими волосами и быстрым взглядом — мне вспоминается всегда в движении, сопровождаемом звяканьем шпор. Его горячий взволнованный голос звучал приподнятыми верхними тонами. Выражался он высоким штилем, и это не было в нем напускным. Муравьев жил всегда в чаду и действовал всегда самозабвенно. В этой его горячности была его главная притягательная сила, а сила притяжения к нему солдатской массы, несомненно, была. Своим пафосом он напоминал Дон-Кихота, и того же рыцаря печального образа он напоминал своей политической беспомощностью и своим самопреклонением. Честолюбие было его подлинной натурой. Он искренне верил в свою провиденциальность, ни мало не сомневаясь в своем влиянии на окружающих, и в этом отсутствии сомнения в себе была его вторая сила… Вообще этот смелый авантюрист был крайне слабым политиком. Избыток военщины мешал ему быть таковым, а плохой политик мешал ему быть хорошим военным… Фанфаронство не покрывало в Муравьеве смелость, которая в нем бурлила…». Антонов-Овсеенко и М. Бонч-Бруевич рассказывали, что Муравьев постоянно «сорил деньгами» и «сеял разврат», окружив себя «подозрительными личностями», среди которых выделялась группа его телохранителей, не то бандитов, не то наркоманов. Да и сам Муравьев был морфинистом — «бледный, с неестественно горящими глазами на истасканном, но все еще красивом лице».
С момента образования правительственной коалиции взаимоотношения представителей двух партий в СНК были конфликтными. Н.П. Горбунов, секретарь СНК, в своих воспоминаниях отмечал, что политике большевиков в Совнаркоме левые эсеры «противопоставляли свою принципиальную установку». Они по-своему понимали, что такое трудовой народ. Это не мелкобуржуазное крестьянство с поводырем-пролетариатом, а самодостаточный крестьянин, кормящийся трудом рук своих и плодами земли, развитой квалифицированный рабочий и трудовая интеллигенция, которая также не пользуется наемным трудом. Не издевательски звучащая «прослойка», как определяли интеллигенцию марксисты, не «г… нации» как называл ее Ленин, а равноправная триада трудового народа. По воспоминаниям большевика Г. И. Оппокова (А. Ломова) в правительстве левые эсеры «изводили» Ленина «своими высокопарламентскими сравнениями и речами».
