VIII Совет Партии социал-революционеров, который состоялся в Москве в мае 1918 года, назвал ликвидацию большевистской диктатуры «очередной и неотложной» задачей всей демократии. Совет предостерегал членов партии от заговорщической тактики в борьбе с большевизмом, но заявлял, что партия будет оказывать всяческую помощь массовому демократическому движению, направленному к замене «комиссародержавия действительным народовластием». Как уже говорилось, в начале июня 1918 года эсеры, опираясь на поддержку восставшего Чехословацкого корпуса, образовали в Самаре Комитет членов Учредительного собрания под председательством старого знакомого Маруси Владимира Вольского. Была создана Народная армия КомУЧа. После этого «правые эсеры» были исключены из Советов всех уровней 14 июня 1918 года решением ВЦИК большевиков. Велись какие-то разговоры о создании так называемой Поволжской Советской республики во главе с левыми эсерами Спиридоновой, Камковым и Карелиным.
Марусю большевики поставили на место самым бесцеремонным образом. Но она этого еще не поняла, хотя прозрение было уже не за горами.
На первом этаже здания на углу Воздвиженки и Моховой размещалась крестьянская секция ВЦИК партии левых эсеров. Именно здесь проходило заседание их ЦК. 24 июня 1918 года Маруся вместе с Ильей Майоровым была избрана в Бюро ЦК III съезда левых эсеров, которому было поручено «в интересах русской и международной революции положить конец так называемой передышке» и развернуть террор против «немецких империалистов и оккупантов».
Маруся выступила на съезде с отчетным докладом о работе Крестьянской секции. «Сначала мы работали рука об руку с большевиками, часто делая уступки в партийных вопросах, чтобы не было разногласий. Но по вопросу о Брестском договоре произошло разногласие… и с этого времени начинаются совершенно другие условия работы… Нашей секции не давали проводить ее проектов. Ей старались устроить всякие препятствия… Я считаю… что уже на этом Съезде Советов пройдет вопрос об уничтожении Крестьянской секции…». Она констатировала, что большевики социализацию земли подменяют национализацией, а работа секции скорее всего будет ими запрещена. Также резко Спиридонова критиковала продовольственную политику большевиков, а о комбедах прямо заявила: «Мы будем бороться на местах, и комитеты деревенской бедноты места себе иметь не будут».
Она как всегда говорила откровенно и предупреждала, что левые эсеры будут вести борьбу против настоящей политики Совета Народных Комиссаров, но не против большевиков. Соратник Маруси, Илья Майоров, противник Брестского мира, в прениях обвинил СНК в преследованиях трудового крестьянства, выразил протест против комбедов, твердых цен на хлеб, смертной казни, а также осудил действия лояльных большевикам коллег по партии.
Борьба левых эсеров против большевиков обострилась на V Всероссийском съезде Советов 5 июля. 352 представителя партии выразили недоверие Советскому правительству. Произошел окончательный разрыв между большевиками и левыми эсерами, которые обвиняли друг друга в ошибках и «перерождении». Это было важнейшее событие, которое могло иметь судьбоносный характер. Но сосредоточение на Съезд всех лидеров эсеров предоставило большевикам возможность одним ударом ликвидировать политических соперников.
В тот же день ЦК левых эсеров постановил разорвать Брестский мир путем покушений. Спиридонова заявила: «Необходим целый ряд террористических актов. Они подтолкнут народ к открытой борьбе. Большевики, как слепые, гонят всю Россию в одну яму, откуда мы не выберемся. Наша задача — начать восстание…». Скорее всего, в высших большевистских кругах были осведомлены об эсеровских приготовлениях, но выжидали, считая, что представляется возможность избавиться и от них, и от германских дипломатов, причиняющих немалые неприятности. Самые серьезные подозрения в провокации будущего мятежа падают на Дзержинского…
Стало известно, что положением на Волге, где был сформирован Чехословацкий корпус из пленных чехов и словаков, выразивших желание участвовать в войне против Германии и Австро-Венгрии, заинтересовался немецкий посол граф Вильгельм фон Мирбах. Он должен был воспрепятствовать появлению на Западном фронте враждебного немцам 40-тысячного корпуса, в то время когда у Франции уже иссякали последние людские резервы и на фронт спешно стали отправлять так называемые колониальные войска. Посол тайно передал Муравьеву большую денежную сумму, чтобы тот принял меры для удержания чехов в России. Однако 1 июля 1918 года посредник между Муравьевым и Мирбахом был арестован ЧК, и тайное стало явным. Ленин и Троцкий в совместном правительственном обращении заявили, что «Бывший главнокомандующий на чехо-словацком фронте, левый эсер Муравьев, объявляется изменником и врагом народа. Всякий честный гражданин обязан его застрелить на месте». Впрочем, это обращение было опубликовано только 12 июля, когда сам Муравьев уже был мертв.
