Маруся с тревогой наблюдала, как по мере укрепления своего положения, большевики начинают менять курс на установление однопартийного режима. Кроме того, политика ленинцев кардинально расходилась с укоренившимися в среде революционеров идеалами либерализма и демократии. Но Спиридонову всегда отличала верность — идеям, убеждениям, людям — она доверяла Ленину и все еще пыталась найти оправдание своим временным союзникам. «Мир был подписан не нами и не большевиками: он был подписан нуждой, голодом, нежеланием всего народа — измученного, усталого — воевать, И кто из нас скажет, что ПЛСР, представляй она одна власть, поступила бы иначе, чем поступила партия большевиков?» Входя в комиссию по организации 2-го съезда ПЛСР и в его президиум, она 19 апреля выступила с докладом, в котором, полемизируя с другим лидером партии, Борисом Камковым, призвала левых эсеров разделить с большевиками ответственность за Брестский мир.
Спиридонова часто встречалась с Лениным, однако эти встречи приводили к все большему неприятию позиции вождя. И все же Маруся позже всех лидеров левых эсеров порвала с ленинцами. Наступившее разочарование в большевистской власти она не собиралась скрывать. Последней каплей стали декреты ВЦИК в мае-июне 1918 года (О продовольственной диктатуре, о комбедах, о смертной казни). Спиридонова обвинила большевистский ЦК в подмене «социализации» земли «национализацией», в организации продотрядов и насаждении комбедов. Продолжая сотрудничество с большевиками, она, в то же время, вела с ними дискуссию о дальнейших путях преобразования революционной России. Спиридонова, как последовательная народница, не соглашалась с тем, что авангардом революции должен быть пролетариат, а не крестьянство; требовала, чтобы большевики приняли такой важный пункт эсеровской программы как социализация земли; осуждала «диктаторский социализм» Ленина.
В июне 1918 года она окончательно размежевалась с большевиками и стала активно сотрудничать с газетой «Земля и Воля» — органом Северного комитета эсеров. В своих публичных выступлениях она решительно осуждала политику Совета народных комиссаров, критиковала аграрный курс большевиков. С точки зрения левых эсеров и их сторонников большевики «предали» идею мировой революции, «братский народ Украины» был отдан на разграбление немцам, украинский хлеб шел на спасение германской империи. На хлебные районы России, прежде всего Сибири и Дона ложилась дополнительная нагрузка. Диктатура становилась антикрестьянской, что вело к дальнейшему обострению отношений между большевиками и левыми эсерами. Сохранилась запись речи Спиридоновой на заводе «Дукс», сделанная сотрудником ВЧК для доклада наверх: «Рабочие задушены, связаны по рукам и ногам, вынуждены подчиняться декретам, кои издаются кучкой темных лиц во главе с Лениным, Троцким… Все комиссары — мерзавцы, жиреющие на бешеных жалованиях. В партию коммунистов записываются проходимцы, чтобы получать лучший паек, лучшую одежду, галоши…» И каждое обвинение, честно отмечал чекист, вызывало шумные аплодисменты.
Уже в те года становилось понятно, какое разрушительное значение имеет большевистский эксперимент и те методы, которые они применяют в ходе его. «Вместо свободного, переливающегося, как свет, как воздух, творчества народного, через смену, борьбу в советах и на съездах, у вас — назначенцы, пристава и жандармы из коммунистической партии». Более того, Марусе становилась все более очевидной стремление ленинцев оттеснить политических конкурентов не просто на обочину истории, а в никуда.
Американский исследователь этого периода русской революции Р. Пайпс подытожил: «…левые эсеры вдруг обнаружили, что сотрудничают с режимом расчетливых политиков, которые заключают сделки с Германией и со странами Четверного согласия и вновь призывают „буржуазию“ управлять заводами и фабриками, командовать армией».
Но левым эсерам было известно не все. В июне 1918 года после убийства Володарского Ленин сердито писал Зиновьеву: «…Мы услыхали в ЦК, что рабочие хотели ответить на убийство массовым террором и что вы (не Вы лично, а питерские цекисты) удержали. Протестую решительно! …Надо поощрять энергию и массовидность террора против контрреволюционеров, и особенно в Питере, пример коего решает»[9].
