Наталья удалилась с Петром в Преображенское, пригород Москвы. Софья управляла хорошо. Она отвергала замкнутость теремов, или женских покоев; появлялась на людях в неприкрытом виде и безропотно председательствовала на мужских собраниях, где старые головы качались от такой дерзости. Она получила больше образования, чем большинство окружающих ее мужчин; она была склонна к реформам и западным идеям; и она выбрала себе в качестве главного министра, а возможно, и любовника, человека, который был очень склонен к западным взглядам. Князь Василий Голицын писал по-латыни, восхищался Францией, украшал свой дворец картинами и гобеленами Гобелена, имел большую библиотеку латинских, польских и немецких книг. Видимо, благодаря его примеру и поощрению за семь лет его правления в Москве было построено три тысячи каменных домов, тогда как до этого все дома были деревянными. Кажется, он планировал освободить крепостных. 15 При нем было отменено закабаление за долги, убийц перестали закапывать живьем, а смертная казнь за мятежные высказывания была отменена. Его деятельность как реформатора была испорчена неудачей как полководца. Он реорганизовал армию и дважды водил ее против турок; в обоих случаях он неправильно организовал снабжение войск; они вернулись разбитыми и мятежными, и их недовольство дало Петру повод для захвата власти.
Образование он получал от матери, воспитателей и своих вылазок на московские улицы. Он не был отстающим, но был любознательным, любопытным, умным, его завораживали привезенные с Запада механизмы — часы, оружие, инструменты, приборы. Он мечтал о России, которая могла бы соперничать с Западом в промышленности и войне. Он любил играть в военные игры со своими грубыми товарищами — возводить, атаковать и защищать крепости. Мечтая о русском флоте еще до того, как Россия коснется незамерзающего моря, он строил все большие и большие лодки, пока ему не пришлось отправиться за восемьдесят миль от Москвы, чтобы найти в Переславле озеро, на котором он мог бы поставить свой маленький флот на плаву.
Окрепнув, он с нарастающим нетерпением сносил приход сводной сестры, которая вместе с Василием Голицыным присвоила себе власть и Ивана, и его самого. 18 июля 1689 года Петр присоединился к Ивану в шествии, которым ежегодно отмечалось освобождение Москвы от поляков. Вопреки обычаю, Софья шла рядом. Петр, которому уже исполнилось семнадцать, велел ей удалиться; она упорствовала; он в гневе покинул город и стал искать союзников против регента. Он нашел их в боярах, которые никак не могли примириться с тем, что ими правит женщина, и в стрельцах, которые, получив от Софьи несколько отказов, были готовы к хитростям и добыче. Борис Голицын, двоюродный брат министра, положил начало государственному перевороту, послав Петру ложное сообщение о том, что Софья собирается его арестовать. Петр в сопровождении матери, сестры и недавно приобретенной жены бежал в Троицко-Сергиевскую обитель, расположенную в сорока пяти верстах от Москвы. Затем он послал приказ каждому стрелецкому полковнику явиться в Троицко-Сергиевскую. Софья запретила им повиноваться, но многие поехали. Вскоре приехали предводители дворянства, а затем Иоаким, патриарх Московский. Василия Голицына вызвали, он подчинился и был сослан в деревню под Архангелом. Несколько сторонников Софьи были схвачены, некоторых пытали, некоторых предали смерти. Петр написал Ивану о разрешении взять власть в свои руки; согласие Ивана было получено или предполагалось. Петр приказал удалить Софью в монастырь; она протестовала, бунтовала, уступала. Ей предоставили все удобства и множество слуг, но запретили покидать территорию монастыря. 16 октября 1689 года Петр въехал в Москву, был встречен Иваном и принял на себя верховную власть. Иван милостиво удалился от государственной жизни, а через семь лет умер.
