Эти вестернизаторские начинания вызвали патриотическую реакцию. Некоторые православные русские осуждали изучение латыни как зло, способное склонить молодежь к неправославным идеям. Старшее поколение считало, что любое изменение в обычаях, вере или ритуалах выбивает какой-то камень из социальной структуры, расшатывает все и со временем может обрушить всю шаткую конструкцию в руины. Религия в России опиралась как на литургию, так и на вероучение. Несмотря на то, что массы еще очень мало способны понимать идеи, их можно было приучить к религиозным обрядам, гипнотическое повторение которых обеспечивало социальную и психическую стабильность и мир. Но повторение должно было быть точным, чтобы произвести гипнотический эффект; изменение привычной последовательности нарушало успокаивающее очарование; поэтому каждая деталь церемониала, каждое слово молитвы должны были оставаться такими, какими они были на протяжении веков. Один из самых ожесточенных споров и расколов в русской истории произошел, когда Никон, патриарх Московский, ввел в литургию некоторые реформы, основанные на изучении византийских практик и текстов. Клирики, изучившие греческий язык, указали патриарху на многочисленные ошибки в текстах, используемых Русской православной церковью. Никон приказал пересмотреть и исправить тексты и ритуалы: например, Иисус отныне должен быть Исусом, а не Исусом; крестное знамение должно совершаться тремя пальцами, а не двумя; количество приклонов во время определенной молитвы должно быть сокращено с двенадцати до четырех; иконы, в которых прослеживается итальянское влияние, должны быть уничтожены и заменены иконами, соответствующими византийским образцам. В целом русский ритуал должен был быть приведен в большее соответствие с его византийскими истоками. Некоторые русские церковники, отказавшиеся принять эти изменения, были разжалованы, преданы анафеме или отправлены в Сибирь. Диктаторские методы Никона не понравились царю, и в 1667 году он был сослан в отдаленный монастырь. Русская церковь раскололась на две фракции: официальная церковь, поддерживаемая Алексием, приняла реформы; раскольники (Раскольники), или старообрядцы (Староверовцы), превратились в раскольников, которых новое православие преследовало огнем и мечом. Их лидер, Аввакум, был сожжен на костре (1681) по приказу царя Федора. Многие старообрядцы покончили с собой, чтобы не платить налоги правительству, которое они отождествляли с антихристом. Этот религиозный хаос стал частью наследства Петра Великого.
Смерть Алексея (1676) подготовила жестокий конфликт между его детьми. От первой жены, Марии Милославской, он оставил больного сына Федора (род. 1662), хромого, полуслепого и полуимбецильного сына Ивана (род. 1666) и шесть дочерей, из которых самой способной и честолюбивой была Софья Алексеевна (род. 1657). От второй жены, Натальи Нарушкиной, у Алексея родился знаменитый Петр (род. 1672). Федор унаследовал престол, но умер в 1682 году. Бояре, считая Ивана беспомощным и некомпетентным, пожелали сделать царем Петра, а его мать — регентшей. Но сводные сестры Петра ненавидели Наталью и боялись, что ее правлением будут пренебрегать. Во главе с Софьей они подняли стрельцов — солдат московского гарнизона, чтобы те вторглись в Кремль и настояли на воцарении Ивана. Матвеев, приемный отец Натальи, умолял солдат отступить. Они вырвали его из рук Петра, убили его на глазах десятилетнего мальчика, убили братьев Натальи и нескольких ее сторонников и заставили бояр принять Ивана как царя, Петра как соправителя, но подчиненного, а Софью как регентшу. Возможно, эти варварские действия привели к конвульсиям, которые впоследствии нарушили жизнь Петра; во всяком случае, они дали ему незабываемые уроки насилия и жестокости.
