Совет попросил Телемана занять освободившуюся должность, так как отдавал предпочтение итальянскому стилю, характерному для композиций Телемана, но Телеман отказался. Тогда совет предложил это место Кристофу Граупнеру, капельмейстеру из Дармштадта, но работодатель Граупнера отказался освободить его от контракта. 7 февраля 1723 года Бах представил себя в качестве кандидата и прошел различные проверки на компетентность. Никто не сомневался в его способностях органиста, но некоторые члены совета сочли стиль его композиций излишне консервативным. Один из них предложил, что «поскольку лучшие музыканты недоступны, мы должны взять человека с умеренными способностями». Бах был принят (22 апреля 1723 года) с условием, что он будет преподавать латынь, а также музыку, что он будет вести скромную и уединенную (eingezogen) жизнь, придерживаться лютеранской доктрины, оказывать совету «все должное уважение и послушание» и никогда не покидать город без разрешения бургомистра. 30 мая его вместе с семьей поселили в жилом крыле школы, и он приступил к выполнению своих служебных обязанностей. На этом обременительном посту он оставался до самой смерти.
Отныне большинство его сочинений, за исключением Мессы си минор, были написаны для использования в двух главных церквях Лейпцига — Святой Фомы и Святого Николая. Церковные службы в воскресенье начинались в 7 часов утра. Затем служитель читал Интроит, хор пел Kyrie, служитель и хор, а иногда и прихожане пели Gloria на немецком языке, молящиеся пели гимн, служитель читал Евангелие и Кредо, органист «прелюдировал», хор пел кантату, прихожане пели гимн «Wir glauben all' in einem Gott» (Мы все верим в единого Бога); Священник проповедовал в течение часа, молился и благословлял; затем следовало святое причастие и еще один гимн. Зимой служба заканчивалась в десять, летом — в одиннадцать. В одиннадцать студенты и преподаватели ужинали в школе. В 13:15 хор возвращался в церковь на вечерню, молитвы, гимны, проповедь и немецкую форму Магнификата. В Страстную пятницу хор пел Страсти. Для исполнения музыки всех этих служб Бах подготовил два хора, каждый из которых состоял примерно из двенадцати человек, и оркестр из восемнадцати инструментов. Солисты были частью хора и пели вместе с ним до и после своих арий и речитативов.
За свои сложные услуги в Лейпциге Бах получал жалованье в среднем семьсот талеров в год. Сюда входила его доля от платы за обучение студентов, а также гонорары за исполнение музыки на свадьбах и похоронах. 1729 год, подаривший нам «Страсти по святому Матфею», Бах считал неудачным, поскольку погода была настолько хорошей, что не было смертей. Время от времени он зарабатывал дополнительные талеры, проводя публичные концерты для Коллегиума Музикум. Он попытался увеличить свой доход, заявив о своем праве на управление музыкой в Паулинеркирхе, принадлежащей Лейпцигскому университету; некоторые конкуренты возражали, и в течение двух лет он вел полемику с университетскими властями, достигнув в конце концов компромисса, не устраивавшего всех заинтересованных лиц.
Он вел еще одну долгую борьбу с муниципальным советом, который назначал учеников в Томасшуле; советники, как правило, присылали ему учеников, отобранных по политическому влиянию, а не по музыкальным способностям; он не мог сделать из таких новичков ни скрипки, ни басы, и 23 августа 1730 года он подал официальный протест в совет. В нем говорилось, что он некомпетентный учитель и плохой воспитатель, что он теряет самообладание, ругая учеников, что в хорах и школе царит беспорядок. Бах написал другу в Люнебург, чтобы тот помог найти другую должность. Не найдя таковой, он обратился (27 июля 1733 года) к Августу III, новому королю Польши, с просьбой дать ему придворную должность и титул, которые могли бы оградить его от «незаслуженных оскорблений», которые он получал. Августу потребовалось три года, чтобы выполнить просьбу; наконец (19 ноября 1736 года) он присвоил Баху титул königlicher Hofkomponist — композитора для королевского двора. Тем временем новый директор Томасшуле, Иоганн Август Эрнести, оспаривал у Баха право назначать, наказывать и пороть префектов хора. Спор затянулся на месяцы; Бах дважды изгонял ставленника Эрнести с органной галереи; наконец, король подтвердил полномочия Баха.
