Поэтому его жизнь в качестве кантора в Лейпциге не была счастливой. Его дух и энергия были поглощены сочинениями и их исполнением; на педагогику и дипломатию оставалось мало времени. Некоторое утешение он находил в своей распространяющейся славе композитора и органиста. Он принимал приглашения играть в Веймаре, Касселе, Наумбурге и Дрездене; он получал гонорары за эти случайные выступления и за испытание органов. В 1740 году его сын Карл Филипп Эмануэль был назначен камертоном в оркестр капеллы Фридриха Великого; в 1741 году Бах посетил Берлин; в 1747 году Фридрих пригласил его приехать и опробовать фортепиано, недавно купленное у Готфрида Зильбермана. Король был поражен импровизациями «старого Баха»; он предложил ему сочинить фугу в шести частях и был восхищен ответом. Вернувшись в Лейпциг, Бах сочинил трио для флейты, скрипки и клавира и отправил его вместе с другими произведениями в качестве «Музыкального подношения» (Musikalisches Opfer), посвященного королевскому флейтисту как «государю, восхищенному в музыке, как и во всех других науках войны и мира». Помимо таких захватывающих интерлюдий, он с изнурительной преданностью отдавался своим обязанностям кантора, любви к жене и детям, а также выражению своего искусства и души в своих произведениях.
Как мы можем оправдаться за то, что, не обладая профессиональной компетенцией, осматриваем масштаб и разнообразие баховского творчества? Здесь нет ничего возможного, кроме каталога, составленного с любовью.
Прежде всего, органные произведения, ибо орган оставался его неизменной любовью; здесь ему не было равных, за исключением Генделя, который затерялся за морями. Иногда Бах выжимал из него все силы, чтобы испытать его легкие и почувствовать его мощь. На нем он вел себя как на инструменте, полностью подвластном ему и подчиняющемся всем его фантазиям. Но в своей властной манере он ставил предел своеволию исполнителей, указывая с помощью цифр аккорды, которые должны использоваться с написанными басовыми нотами; это «фигурированный» или «основательный» бас, который указывал на континуум, которым орган или клавесин должен сопровождать другие инструменты или голос.
Во время пребывания в Веймаре Бах подготовил для своего старшего сына и других учеников «маленькую органную книгу» — «Оргельбюхляйн», состоящую из сорока пяти хоральных прелюдий и посвященную «одному лишь Высочайшему Богу в честь Его, а также моему ближнему, чтобы он мог сам себя учить по ней». Функция хоральной прелюдии заключалась в том, чтобы служить инструментальным предисловием к общинному гимну, излагать его тему и задавать настроение. Прелюдии выстраивались в соответствующие последовательности для Рождества, Страстной недели и Пасхи; эти события церковного года оставались до конца проккупацией органной и вокальной музыки Баха. И вот в самом начале, в хорале «Alle Menschen müssen sterben» — «Все люди должны умереть» — мы встречаем одну из постоянных тем Баха, всегда сдержанную решимостью встретить смерть с верой в воскресение Христа как обещание нашего собственного. Спустя годы мы услышим ту же ноту в мрачном хорале «Komm, süsser Tod» — «Приди, сладкая смерть». Наряду с этой обволакивающей набожностью в этих прелюдиях, да и вообще в инструментальных сочинениях Баха, присутствует здоровый юмор; иногда он резво бегает по клавишам в веселой вариации, напоминающей жалобы Арнштадтской консистории.
Всего Бах оставил 143 хоральные прелюдии, которые студенты-музыковеды считают самыми характерными и технически совершенными из его произведений. Это его лирика, как Мессы и Страсти — его эпос. Он использовал все музыкальные формы, исключив оперу как чуждую его месту, его темпераменту и его представлению о музыке как прежде всего о приношении Богу. Чтобы дать своему искусству более свободный диапазон, он добавил к прелюдии фугу, позволяя теме в басах следовать за той же темой в высоких частотах, или наоборот, в замысловатой игре, которая восхищала его контрапунктическую душу. Так, прелюдия и фуга ми минор начинается с заманчивой простоты, а затем взлетает до почти пугающей сложности богатства и мощи. Прелюдия и фуга ре минор — это уже Бах в его лучшем виде по структуре, техническому мастерству, тематическому развитию, образному изобилию и массивной силе. Возможно, еще более совершенной является Пассакалья и фуга до минор. Испанцы дали название пассакалье мелодии, которую играет музыкант, «проходящий по улице»; в Италии она стала танцевальной формой; у Баха это величественный поток гармонии, одновременно простой, медитативный и глубокий.