Последующие вице-короли Перу могли похвастаться тем же аристократическим происхождением, какое отличало Толедо и Энрикеса де Альмансу. Последний покинул Акапулько в Новой Испании 9 февраля 1581 года, прибыл в Лиму, по-видимому, 23 сентября 1581-го и умер на своем посту 12 марта 1583 года. Ему наследовал Фернандо де Торрес-и-Португал, граф Вильярдомпардо, которого нарекли вице-королем 31 марта 1584 года и который очутился в Лиме 21 ноября 1585 года. До этого он успел возвести дворец над арабскими банями в своей родной провинции Хаэн и сделаться alferez mayor (старшим магистратом). Затем, с 1579 по 1583 год, он был asistente, то есть мэром Севильи. Этот опыт немало помогал Вильярдомпардо в должности вице-короля в Лиме, которую он занимал во второй половине 1580-х годов; но к 1590 году сочли, что он утомился от трудов, и отправили его в отставку (он умер в Испании в октябре 1592 года). Его сменил Гарсия Уртадо де Мендоса, вице-король с 1588 по 1595 год, очередной представитель этого великого клана государственных чиновников. Уртадо де Мендоса был сыном маркиза Каньете, вице-короля с 1556 по 1560 год, и ранее занимал пост губернатора Чили и вел ожесточенные войны против индейцев-арауков. Он первым среди вице-королей Лимы привез с собою жену.
Последним вице-королем Перу в шестнадцатом столетии стал Луис де Веласко, сын второго вице-короля Новой Испании. Веласко-младший провел детство и юность в Новой Испании, где тоже успел послужить вице-королем, причем дважды, с 1590 по 1595 и в 1607–1611 годах. Он занимал должность в Лиме с 1596 по 1604 год, и эти восемь лет изрядно его утомили и заставили тосковать по Кастилии. Веласко-младший единственный среди вице-королей занимал свой пост дважды (не считая, как отмечалось выше, епископа Ортеги, который возглавлял вице-королевство на краткий срок в 1696 и в 1701 годах). Позднее он встал во главе совета по делам Индий (1611–1617).
Этот совет отдавал аристократам на посту вице-короля в Перу и Новой Испании явное предпочтение перед образованными людьми среднего класса (letrados). С 1603 по 1695 год, после прецедента, созданного Энрикесом, семеро из тринадцати вице-королей Перу оказались теми, кто ранее подвизался в той же должности в Новой Испании.
Великолепный Франсиско де Толедо в годы своего блестящего правления постоянно вступал в конфликты с женскими монастырями, чье непредсказуемое поведение бросало дерзкий вызов авторитету самого вице-короля и полномочиям короны‹‹324››. Лучший историк этого противостояния фра Луис Мартин описывал эти монастыри как «непокорные и самовластные царства женщин, которые всячески похвалялись своею свободой и самодостаточностью в обществе, где правили мужчины»‹‹325››. Один из вице-королей докладывал в Мадрид: «Если мужья не способны справиться со своими женами, как можно ожидать, чтобы я совладал с тысячами женщин, проживающих за стенами обителей в полунезависимых королевствах?»‹‹326›› Вице-король Толедо жаловался, что августинские монахини Лимы восстают против собратьев-мужчин.
При Толедо только в Лиме насчитывалось тринадцать женских монастырей, а также шесть beaterios (домов для благочестивых женщин)‹‹327››. Территория, занимаемая этими учреждениями, занимала пятую часть Лимы и охватывала такую же, если не больше, долю женского населения города. Численность монахинь в шести так называемых conventos grandes (великих монастырей) Лимы достигала нескольких сотен человек. Почти все были креолками, рожденными в Перу, но не местного происхождения. К 1600 году крупными монастырями считались Ла-Консепсьон, основанный в 1561-м Леонорой де Портокарреро, вдовой королевского казначея; Ла-Энкарнасьон, основанный в 1573-м Инес Муньос де Риверой, сестрой Франсиско Писарро (и просто богатой женщиной, владелицей энкомьенды в Анауанакасе); Ла-Сантисима-Тринидад, основанный в 1584-м Лукресией Сансолес; Лас Декальсас, основанный в 1602-м Инес де Риверой, сестра маркиза Мортары; Санта-Клара, основанный два года спустя; и Санта-Каталина, основанный в 1624 году двумя суровыми сестрами, Лусией и Кларой де ла Дага, которые на протяжении многих лет оставались настоятельницами. В Куско имелось три подобных монастыря: Санта-Клара, монастырь женской ветви ордена Святого Франциска, чьи монахини носили францисканские облачения; Санта-Каталина, монастырь доминиканских монахинь, подчинявшийся епископу Куско; и кармелитский монастырь, чьи монахини следовали уставу святой Терезы Авильской. Кроме того, имелось около десятка мелких beaterios и малых женских монастырей. Монастыри существовали в Арекипе, Потоси, Ла-Плате, Кордове, Санта-Фе и Тунхе, а еще в Уаманге, где монастырем Святой Клары управляли Луиса Диас де Оре и пять ее влиятельных дочерей. Тамошней энкомьендой владела тоже женщина, могущественная Исабель дель Эстете.
