Изучение шимпанзе было для Йеркса скорее средством, чем целью. Основное направление исследований определялось его идеалами служения человечеству через открытие более рациональных способов существования. Хотя Йеркс очень любил шимпанзе и переживал за них, обезьяны были для него заменителями человека. Они давали знания, которые должны были служить для улучшения человечества за счет более совершенного образования и воспитания: «Человек находится сейчас на пути к совершенствованию». Харауэй заметил, что «эти люди видели свое предназначение в служении человечеству и глубоко верили в демократию, права личности и научную свободу… Йеркс создал общину шимпанзе во имя служения людям» (1989).
Первоначальная дотация фонда Рокфеллера для обеспечения деятельности лабораторий Йеркса была предоставлена на срок до 1939 года. Ситуация осложнялась тем, что Йерксу к этому времени было 63 года, и он приближался к пенсионному возрасту. Поскольку подходил срок возобновления дотации, был проведен детальный анализ программы исследований. Чиновники Рокфеллера стремились выяснить мнение ведущих ученых. Последовавшие подробные и тщательно сформулированные оценки были обескураживающими.
Было затронуто несколько важных вопросов. Вложив крупные суммы, рокфеллеровские чиновники были заинтересованы в широком доступе к YLPB для ученых всей страны. Йеркс же хотел иметь постоянный штат сотрудников, и это воспринималось как желание властвовать над ними. Вторая проблема касалась самих шимпанзе; раздобыть можно было лишь небольшое их количество, а это ограничивало те виды исследований, которые можно было скорее завершить. Обезьяны, по-видимому, обходились дешевле и в равной степени подходили для многих целей. Йеркс сопротивлялся с присущей ему решительностью. Третья проблема была связана с мнением, что сотрудники лабораторий не воспользовались предоставленными им возможностями. Научно-исследовательский персонал YLPB получил у проверяющих неоднозначную оценку.
Однако самой большой проблемой был сам Йеркс. Хотя все соглашались с тем, что он оказал великолепную услугу науке, создав YLPB, он потерял доверие влиятельных людей. Проверяющие особенно строго отнеслись к Йерксу за его отношение к персоналу и потребность властвовать. Карл Хартман критиковал Йеркса за то, как тот вел себя с сотрудниками, отмечая, что «к людям нельзя относиться как к машинам». По словам Лэшли (1937), «он предпочитает людей, действующих в соответствии с его генеральным планом и не возражающих против его ведущей роли в исследованиях». Джордж Корнер (1937), относившийся к Йерксу более доброжелательно, тем не менее писал: «Я не думаю, что доктора Йеркса следует рассматривать как первоклассного исследователя»; «что касается здравомыслия, то я считаю его человеком заурядным». Многие из тех, кто знал Йеркса, будут оспаривать эти описания. Однако в то время значение имела не их точность, а произведенное впечатление и его влияние на финансирование.
Йеркса критиковали также за его натуралистический и интеграционный подход в эпоху, когда на подъеме были экспериментальные методики и исследования физиологических механизмов. Программа Отдела естественных наук в фонде Рокфеллера была ориентирована на исследования, основанные на более молекулярном подходе (см. Кау, 1993). Социальный контроль предполагалось осуществлять на более молекулярном уровне. По мере того как рокфеллеровская программа становилась все более молекулярной, программа Йеркса, являвшаяся экспериментальной, но имеющая ярко выраженный натуралистически-наблюдательский характер, стала восприниматься как устаревшая и не соответствующая духу времени. Человек, шагавший в ногу с развивающейся рокфеллеровской программой несколькими годами ранее, теперь считался ученым, отставшим от новых веяний в науке. Более натуралистический подход возродится после второй мировой войны.
В конце концов поддержка Рокфеллера возобновилась, хотя с каждым годом она становилась все меньше. Лаборатории YLPB были спасены благодаря усилиям декана Йельского медицинского института Стэнхоупа Бейн-Джонса, человека с большими администраторскими способностями. Зная проблемы в фонде Рокфеллера, Бейн-Джонс разделял взгляды чиновников относительно Йеркса и YLPB. Он организовал комитет по YLPB, который разработал приемлемый план, предусматривающий, в частности, увольнение Йеркса в период выделения субсидий. Йеркс понял, что его вынуждены были принести в жертву ради спасения лабораторий, в создание которых он вложил столько труда. Некоторые из характерных черт Йеркса, например, настойчивость в воплощении своего плана и потребность властвовать, были эффективны в других ситуациях, но в данный период приносили вред делу.
