В сражении при Бородино [26 августа (7 сентября) 1812 года] Мюрат был в самом пекле битвы, на Семеновских флешах. Он не скрывал своего восхищения мужеством французской пехоты, штурмующей русские укрепления, и беспримерным героизмом их защитников. «Какие герои!» — восторженно воскликнул маршал, провожая взглядом очередной французской полк, устремившийся в атаку на неприступные флеши противника, над которыми, ни на минуту не затихая, продолжала с неимоверной яростью бушевать огненная стихия. Стоявший рядом с ним офицер штаба 1-го пехотного корпуса с достоинством пояснил: «Сир, это солдаты дивизии Фриана». — «О, тогда я не удивляюсь!» — живо откликнулся Мюрат. Будучи сам беспредельно храбрым человеком, он не сомневался, что подчиненным этого генерала (Л. Фриан был старым боевым соратником Мюрата, сражавшийся вместе с ним еще в Италии в 1796—1797 годах и Египте) не ведомо чувство страха. Но вдруг один из полков 2-й пехотной дивизии Фриана, когда на него обрушился град вражеской картечи, заколебался. Его командир, видя, что убийственный огонь русской артиллерии сметает целые ряды атакующих, отдал своим солдатам приказ отходить. Неаполитанский король, заметив, что полк отступает, немедленно вмешался. «Что вы делаете?» — не скрывая досады, спросил он у представшего перед ним командира полка. «Да ведь вы видите, что здесь невозможно держаться», — ответил тот. «Но ведь я-то остаюсь здесь!» — воскликнул маршал. «Вы правы», — понуро согласился с ним полковник. Смело взглянув королю прямо в глаза, он четко повернулся и зычным голосом подал команду: «Солдаты, вперед! Идем умирать!»
В ходе этого сражения Мюрат неоднократно и сам водил свою конницу в атаки. Во время одной из них он едва избежал гибели или плена, когда русская кавалерия контратаковала противника. Конь под ним был убит, а сам он лишь в самый последний момент успел спастись, укрывшись в стоявшем поблизости каре французской пехоты. Когда сражение достигло своего апогея, Мюрат буквально умолял Наполеона пустить в дело гвардию, обещая ему принести победу на острие своей шпаги. Но все его просьбы императором были отвергнуты.
В ходе Бородинского сражения кавалерия Мюрата понесла огромные потери, лишившись более половины своего состава. Впрочем, еще до Бородина ее ряды сильно поредели. При наступлении Великой армии в глубь России в результате стремительного движения вперед французская кавалерия теряла от чрезмерного изнурения и перебоев с фуражом лошадей больше, чем в боях. После оставления русской армией Москвы первой ее заняла кавалерия Мюрата.
6 (18) октября возглавляемый Мюратом авангард Великой армии потерпел поражение в сражении при Тарутино. Допустивший беспечность неаполитанский король подвергся неожиданному удару русской армии М. И. Кутузова и был разбит. Сам Мюрат, едва успевший вскочить на лошадь, при внезапном налете казаков на его штаб был ранен пикой в бедро. Поражение Мюрата при Тарутино явилось последним толчком, побудившим Наполеона оставить Москву. Во главе жалких остатков своей некогда могучей кавалерии Мюрат участвовал в сражениях под Малоярославцем, Вязьмой, Красным и на реке Березине. К концу Русского похода 1812 года кавалерия Великой армии погибла полностью. Мюрат был одним из тех приближенных к Наполеону лиц, кто внушил ему мысль покинуть остатки погибшей в России армии и уехать во Францию для формирования новой.
Главнокомандующим вместо себя Наполеон оставил Мюрата (5 декабря 1812 года). При выборе этой кандидатуры у императора сработал монархический принцип, так как после него Мюрат был самый высокопоставленный в армии человек. Но это решение Наполеона, как показал ход событий, оказалось глубоко ошибочным. Впрочем, оно сразу же вызвало недоумение в войсках, еще сохранявших способность сражаться. Как вспоминал один из очевидцев, «всех ошарашило известие, что теперь нами будет командовать неаполитанский король». Воин, наделенный безумной отвагой, выдающийся тактик, способный успешно решать на поле боя сложнейшие боевые задачи, Мюрат совершенно не обладал талантом стратега. К тому же всем было хорошо известно, что он никогда не заботился о снабжении вверенных ему войск, всецело перекладывая эту важнейшую на войне задачу на подчиненных ему генералов. Многовековой боевой опыт убедительно свидетельствует: быть бесстрашным воином — это одно, а обладать талантом полководца — это совершенно другое. И как результат — лучший кавалерист наполеоновской армии, герой многих сражений, отважный и решительный на полях битв военачальник, с возложенной на него задачей не справился и, более того, показал свою полную несостоятельность как главнокомандующий армией.
За те полтора месяца, пока Мюрат возглавлял остатки Великой армии, управление ими было полностью потеряно, все пущено на самотек, а сам главнокомандующий, на все махнув рукой, полностью самоустранился от всех дел и не предпринимал никаких попыток, чтобы навести в войсках хотя бы подобие какого-то порядка. Каждый был предоставлен самому себе и спасался как мог.
