Прибыв в Париж, он оправдался перед Директорией, и в феврале 1799 года был назначен начальником штаба армии, осаждавшей мощную крепость на Рейне, — Майнц.
В апреле 1799 года переведен в Швейцарскую армию генерала А. Массены, который назначил Сюше командиром отдельного отряда в Граубиндене. Упорно защищался там против перешедших в наступление австрийцев, был отрезан от главных сил армии и спасся от неминуемой гибели или плена только благодаря смелому и решительному маневру, завершившемуся рискованным переходом через замерзшее озеро, лед на котором уже начал таять.
Массена назначил Сюше начальником штаба Швейцарской армии. Но в июле 1799 года, по желанию своего друга генерала Б. Жубера, вступившего в командование Итальянской армией, Сюше переходит к нему на должность начальника штаба армии, произведен в дивизионные генералы (10 июля 1799 года). Участвовал в сражении при Нови 15 августа 1799 года и после гибели в нем Жубера сохранил свою должность при генерале Ж. Моро, а затем — генерале Ж. Шампионне.
С вступлением в командование Итальянской армией генерала А. Массены (ноябрь 1799 года) Сюше вместе с генералом Н. Сультом стал его заместителем и возглавил левое крыло армии, прикрывавшее Ривьеру.
С этого времени начинается слава Сюше как военачальника. Во главе 7-тысячного отряда, лишенного всего необходимого, даже продовольствия, отрезанный от главных сил армии, блокированных австрийцами в Генуе, он около полутора месяцев геройски держался против превосходящих сил противника. В ходе этой упорной обороны Сюше несколько раз пытался перейти в наступление, стойко оборонял покрытые снегом горные вершины и ущелья, не позволяя противнику прорваться к французской границе. И только после того, как австрийский генерал М. Мелас двинул против него свои главные силы, Сюше был вынужден отступить за реку Вар. В конце мая 1800 года, получив подкрепления, он перешел в наступление с целью деблокировать Геную. Разбив высланный против него сильный австрийский отряд генерала А. Эльсница, Сюше развернул наступление на Геную. Однако в ходе этого успешно развивавшегося наступления он узнал, что принужденный голодом к капитуляции Массена уже сдал Геную, получив право на свободный выход из города. 7 июня в районе Савоны (40 км от Генуи) войска Сюше соединились с остатками армии Массены. После сражения при Маренго в соответствии с заключенной в Алессандрии конвенцией Сюше занял Геную. Затем он командовал корпусом в Итальянской армии. 25 декабря 1800 года разбил близ Поцало австрийский корпус и деблокировал окруженную противником дивизию генерала П. Дюпона.
В июле 1801 года первый консул Наполеон Бонапарт назначил Сюше генерал-инспектором пехоты, в 1803-м наградил орденом Почетного легиона, а в 1804-м — командорским крестом этого ордена. С началом кампании 1805 года Сюше был назначен командиром дивизии, входившей в состав 4-го корпуса маршала Н. Сульта (август 1805 года). В октябре 1805 года дивизия Сюше вошла в состав 5-го корпуса маршала Ж. Ланна. Сражаясь в составе главных сил Великой армии, Сюше отличился в сражениях под Ульмом, Голлабрунном и Аустерлицем. За кампанию 1805 года был удостоен высшей награды наполеоновской Франции — Большого креста ордена Почетного легиона. Кроме того, Наполеон пожаловал ему аренду в 20 тыс. франков годового дохода.
Во время войны против Пруссии и России (кампания 1806—1807 годов) Сюше по-прежнему командовал дивизией в корпусе Ланна. Отличился в сражениях при Заафельде, Йене, Пултуске, Голымине и Остроленке. Так, в сражении при Йене, наступая на острие главного удара французской армии, Сюше лично возглавил атаку 17-го легкого полка и взял штурмом деревню Клозевиц — основной опорный пункт противника, где были захвачены 22 пушки и много пленных. В ходе этого боя рядом с ним были убиты или ранены почти все его адъютанты и ординарцы. В сражении при Прейсиш-Эйлау был ранен, но, несмотря на это, вскоре принял участие в сражении при Остроленке.
