Возглавляемая Браухичем германская армия осенью 1939 года разгромила Польшу. Наградой за эту победу Браухичу был Рыцарский крест. После оккупации Польши он отдал армии приказ не вмешиваться в деятельность войск СС и полиции на оккупированной территории. Выступил против войны на Западе, ссылаясь на неготовность германской армии к широкомасштабной войне, чем вызвал резкое недовольство Гитлера. Разработанный под руководством Браухича план войны против Франции (план «Гельб»), представлявший собой слегка подновленный вариант «плана Шлиффена», был отвергнут Гитлером, отдавшим предпочтение «плану Манштейна» (генерал-лейтенант Э. фон Манштейн был начальником штаба группы армий «А», а его план был разработан в инициативном порядке как альтернатива официальному).
Во время кампании во Франции (1940) Браухич, хотя и номинально, продолжал возглавлять главное командование германской армии, но практически его влияние на положение дел было весьма ограниченным — всем заправлял Гитлер через свой штаб ОКВ. Тем не менее после разгрома Франции Браухич в числе 12 высших военачальников Третьего рейха был удостоен звания генерал-фельдмаршала (19 июля 1940 года). Это высшее в германской армии воинское звание Гитлер, несмотря на свое прохладное отношение к Браухичу, был вынужден присвоить ему, потому что среди получивших фельдмаршальский жезл 7 генералов являлись его подчиненными, и нужно было соблюдать приличие в субординации.
Начиная с лета 1940 года, под руководством Браухича начинает разрабатываться предварительный план ведения войны против Советского Союза. Тут Браухич уже всецело поддерживал Гитлера, хотя и предостерегал его от недооценки боевой мощи Красной Армии. Он санкционировал, несмотря на свои религиозные убеждения, т. н. «приказ о комиссарах», в котором германским командованием предписывался расстрел на месте взятых в плен политработников Красной Армии. Формально возглавлял германскую армию с началом войны против СССР. Однако его руководство, как и год назад во Франции, в значительной мере было номинальным, т. к. Гитлер, бесцеремонно третируя главнокомандующего, зачастую отдавал прямые приказы командующим группами армий через голову Браухича. Пресмыкаясь перед фюрером и окончательно утратив чувство собственного достоинства, Браухич даже и не пытался отстаивать свои права, принимал откровенную наглость Гитлера как должное. Но всему бывает предел. Наступил он и у Браухича.
Осенью 1941 года это был до предела усталый и совершенно морально сломленный человек, находившийся на грани нервного истощения. В самый разгар битвы под Москвой у Браухича случился первый сердечный приступ (10 ноября 1941 года). К концу ноября, когда ему удалось несколько оправиться от болезни, он пришел к выводу, что наступление на Москву провалилось. Понимая, что «козлом отпущения» за это первое крупное поражение вермахта во Второй мировой войне Гитлер непременно сделает его, Браухича, он 6 декабря 1941 года под предлогом болезни подал в отставку. Однако принять ее Гитлер отказался, заявив, что в такой решающий момент, когда Красная Армия перешла в контрнаступление, он не может позволить себе произвести замену главнокомандующего сухопутными войсками.
19 декабря 1941 года, когда поражение немецко-фашистских войск на Восточном фронте стало уже очевидным фактом, Гитлер без каких-либо объяснений уволил Браухича в отставку. Как Браухич и предполагал, всю вину за поражение немецко-фашистского вермахта зимой 1941/42 годов в России Гитлер возложил на него. Главное командование сухопутными войсками германской армии фюрер принял на себя, заявив, что в этот критический момент он не видит среди своих фельдмаршалов никого, кто мог бы возглавить сухопутные войска.
После провала заговора 20 июля 1944 года против Гитлера Браухич в числе первых верноподданнически заверил фюрера в своей преданности и вновь предложил ему свои услуги. Но Гитлер оставил предложение Браухича без внимания. Тем не менее 19 августа 1944 года Браухич публично выступил с осуждением заговорщиков и приветствовал назначение рейхсфюрера СС Г. Гиммлера главнокомандующим армией Резерва.
В начале мая 1945 года Браухич был арестован английскими войсками в своем поместье в Шлезвиг-Гольштейне и вывезен в Англию. Во время заседания Нюрнбергского международного трибунала возвращен в Германию, проходил на этом процессе в качестве свидетеля. Несмотря на плохое состояние здоровья, содержался английскими военными властями в суровых условиях (5 заключенных в камере, рассчитанной на двоих, и т. п.). В 1949 году Браухич должен был предстать как военный преступник перед английским военным трибуналом. Умер в лагере для военнопленных.
