Царь развил бурную деятельность и готовил Никомедию к обороне, поскольку именно здесь планировал остановить римское наступление. Но тем временем напомнил о себе Аврелий Котта. Набравшись смелости, он вышел за стены Халкедона и, значительно усилив подкреплениями свои потрёпанные войска, подступил к Никомедии. Котта велел строить лагерь поблизости от города, но активных действий пока не предпринимал, поскольку боялся Митридата. Однако как только узнал, что следом за ним к Никомедии подходят когорты легата Триария, взбодрился необычайно и начал готовиться к решительному сражению. Но легат Лукулла действовал по собственной инициативе и, не желая соединяться с Коттой, прошёл мимо его стана и подошёл к Никомедии с другой стороны. Теперь римляне готовились штурмовать бывшую столицу Вифинии с двух стратегических направлений, а царь планировал разбить врагов поодиночке. Но тут всё снова изменилось.
Дело в том, что Митридат получил весть о том, что его флот разгромлен в Эгейском море, и понял, что теперь римляне навалятся на него всей своей мощью. Царь отдавал себе отчёт в том, что в данный момент против римских сил в Малой Азии он не выстоит, поскольку лично погубил большую часть своей армии. Существовал реальный шанс, что Никомедия будет взята, а Евпатор погибнет или попадёт в плен. Поэтому единственным выходом Митридат видел отступление в Понт. Там можно будет получить подкрепления, переформировать войска и после этого продолжить войну. Вифинию же придется оставить.
Несмотря на то что стояла зима и перевозить армию морем было очень опасно, Митридат решил рискнуть. Царь спешил отойти в свои наследственные земли до того, как прибудет Лукулл, с флотом и легионами. Однако все решения, которые Евпатор принимал в этой кампании, в итоге оборачивались против него. Когда армия была погружена на корабли и флот двинулся через Пропонтиду в Понт Эвксинский, грянула новая катастрофа. Разразилась мощнейшая буря, во время которой Митридат потерял 60 боевых кораблей и около 10 000 солдат. Остальные суда были разбросаны вдоль побережья: «
Даже царский корабль был разбит волнами, и Евпатор, спасая жизнь, был вынужден перейти на пиратское судно, находившееся поблизости. Вопреки ожиданиям друзей и советников, эта авантюра закончилась для Митридата благополучно, и он беспрепятственно высадился в Синопе. Высадился без войска, без флота, без свиты – таков был бесславный итог его первой кампании в этой войне.
Но царь и не думал сдаваться на милость победителя. Перебравшись из Синопы в Амис, он отправил посольства к своему зятю Тиграну Великому в Армению и сыну Махару на Боспор. У одного просил помощи военной, от другого требовал прислать подкреплений. Желая заполучить скифскую конницу, он отправил к скифам посла Диокла, который должен был отвести вождям степняков много золота и даров. Но посол, считая дело Митридата проигранным, со всеми подарками перебежал к Лукуллу. Это стало апофеозом царских неудач в начале войны.
Все территории, которые были завоёваны понтийским оружием, оказались утрачены, а грозная армия Понта практически перестала существовать. Примечательно, что эти страшные потери войска Евпатора понесли не в битвах с врагом на поле боя, где противники сходятся лицом к лицу, а вследствие стратегических ошибок своего командующего, и того, как противник грамотно эти ошибки использовал. Таким образом, от холода, голода, предательства и бушующих стихий погибла большая часть прекрасно подготовленной армии Митридата. Армии, которая была обучена римскими инструкторами и эмигрантами и могла на равных противостоять легионам республики. Это имело самые негативные последствия для исхода всей войны в целом, но исправить сложившееся положение вещей Евпатор уже не мог. Боги продолжали гневаться на царя, и Митридата ждали новые страшные испытания.
