Сюжет «Избирательного сродства» прост. Богатый барон Эдуард живет в замке вместе с женой Шарлоттой. Они любили друг друга еще с юности, но под давлением родителей каждый вступил в брак по расчету. Позже их супруги умерли, и они смогли пожениться. Как давно это произошло, неизвестно, но в начале повествования оба в расцвете лет. Супруги занимаются поместьем, обустраивают парк. Эдуард желает пригласить в замок своего друга, которому многим обязан и который может помочь им управлять имением. Этого друга называют капитаном, имя его не упоминается. Шарлотте бы сказать: «Отличная мысль! Конечно же, пригласи его, если хочешь», – однако она отвечает мужу: «Все нужно тщательно взвесить и обдумать со всех сторон». После долгих уговоров Шарлотта соглашается пригласить капитана, а заодно зовет в гости свою племянницу Оттилию. Гости прибывают. Оттилии восемнадцать лет, она скромна и красива. Капитан тоже хорош собой. Эдуарда и Оттилию влечет друг к другу; то же самое происходит с Шарлоттой и капитаном. Затем происходит странная вещь. Эдуард сохранил юношеские армейские дневники и решается переработать их и издать книгу. Оттилию просят их переписать. Эдуард читает ее рукопись и, к своему изумлению, вдруг замечает, что первые страницы написаны девичьим почерком Оттилии, а последние – словно его собственной рукой. «Ты любишь меня!» – восклицает он и заключает ее в объятия. Между тем Шарлотта и капитан уже поняли, что глубоко любят друг друга, и капитан видит только один выход – уехать из замка. Так он и делает. Шарлотта, уверившись в любви мужа к Оттилии, желает вернуть ее в пансион. Эдуард и слышать об этом не хочет и намерен сам уехать. Он обещает, пока Оттилия в замке, не видеться с ней и не писать ей писем. Эдуард переезжает в другое поместье. Через знакомого он передает письмо Шарлотте с просьбой о разводе, каковой в протестантской Германии получить нетрудно; после же он сможет жениться на Оттилии, а Шарлотта – выйти за капитана.
Посланец возвращается с известием, что Шарлотта беременна: Эдуард, уже будучи влюблен в Оттилию, как-то раз провел ночь с супругой. Казалось бы, известие должно взволновать барона – ведь, владея многими землями, он мог бы радоваться появлению наследника, и потом, когда-то он так любил Шарлотту. Естественнее всего, правильнее, честнее было бы вернуться в замок и вести себя так, как любой другой на его месте. Не тут-то было! По непонятной причине Эдуард решает, что у него теперь одна дорога – в армию, на войну, и пусть его там убьют. Рождается ребенок; к всеобщему удивлению, у него глаза Оттилии и черты капитана. Еще бы тут не удивиться! Мысль автора состоит в том, что в ночь зачатия Эдуарда снедала страсть к Оттилии, а Шарлотту – страсть к капитану, и потому получилось такое дитя. Полная бессмыслица.
И вот война выиграна. Эдуард возвращается туда, где жил раньше. К нему присоединяется капитан, и барон посылает его к Шарлотте за согласием на развод. В ожидании ответа он прогуливается по парку и встречает Оттилию, которая гуляет там же с сыном Шарлотты. Эдуард рассказывает ей о данном капитану поручении, и она обещает выйти за него замуж, если Шарлотта согласится на развод. Они расстаются, и Оттилия усаживается в лодку, чтобы плыть через озеро. В волнении она роняет весло, тянется за ним, а ребенок падает в воду и тонет. Все четверо – Эдуард с Оттилией и Шарлотта с капитаном – собираются в замке.
Шарлотта теперь, когда ее сын мертв, дает согласие на развод. Все как будто завершилось к всеобщему удовлетворению. Однако Оттилия не может простить себе гибели мальчика. Она считает ее наказанием за преступную любовь и отказывается выйти за Эдуарда. Девушка начинает странно себя вести: она не разговаривает, не ест и в конце концов умирает. Эдуард, не в силах пережить потерю, тоже умирает. С согласия Шарлотты его хоронят рядом с Оттилией.
