Развивался транспорт. К 1961 году московский железнодорожный узел стал крупнейшим не только в стране, но и в Европе. По объему грузоперевозок он значительно превосходил железнодорожные узлы Вены, Парижа и других европейских столиц. Были отреставрированы два вокзала — Казанский и Павелецкий. Однако не все вокзалы Москвы получили в эти годы равномерное поступательное развитие. Отставал водный и воздушный транспорт. Точнее сказать, в портах и аэропортах постоянно происходила смена подвижного состава: вступали в эксплуатацию новые корабли и самолеты, но хозяйство речных и воздушных портов оставляло желать лучшего.
Все три речных порта: Северный — в Химках, Южный — в Кожухове и Западный — в Филях — были введены в эксплуатацию еще до войны, а из четырех аэропортов: Внуково, Быково, Шереметьево и Домодедово — только самый крупный и самый старый — Внуково, открытый в 1941 году, имел при аэродроме более-менеее приличный вокзал. Остальные же аэропорты ничем не отличались от своих провинциальных собратьев.
Москва была не только самым большим и самым развитым городом Советского Союза, она часто становилась центром культурных и общественных событий международного масштаба. И здесь одну из главных ролей обязательно играл Моссовет, который чаще всего представлял председатель Исполкома.
Хрущевская «оттепель» сопровождалась и сильным потеплением международного климата. Символичным стало открытие 31 марта 1959 года в Москве Дома дружбы с народами зарубежных стран. На его открытии присутствовал и Н.И. Бобровников. Дом дружбы разместился в одном из самых красивых домов столицы — особняке миллионера А.А. Морозова.
Борьба за мир стала с начала 50-х годов официальным курсом советской внешней политики. Следуя провозглашенному курсу, 21 февраля, почти за полтора месяца до открытия Дома дружбы, в столице прошла Московская сессия бюро Всемирного Совета Мира. В сессии приняли участие представители 45 стран. Бюро ВСМ призвало к объединению все миролюбивые силы для прекращения «холодной войны». На этой сессии был Николай Иванович Бобровников, который выступил с приветствием от гостеприимных москвичей.
Самоотверженная работа Николая Ивановича на посту председателя Исполкома Моссовета была прервана неожиданно и для него, и для всех, трудившихся рядом с ним. 2 сентября 1961 года он был переизбран и на его место Московский горком партии рекомендовал Н.А. Дыгая, выпускника Военно-инженерной академии, немало поработавшего на строительстве крупнейших оборонных предприятий. Почему именно Н.А. Дыгай был рекомендован на место Бобровникова, сказать трудно, хотя, бесспорно, он был прекрасным строителем и отличался «исключительной работоспособностью».
Как бы то ни было, но Указом Президиума Верховного Совета СССР от 6 сентября 1961 года Н.И. Бобровникова «перевели на другую работу» — заместителем председателя Государственного научно-экономического Совета Совмина СССР. Правда, ровно семь месяцев находился он в «резерве ЦК КПСС» — это был номенклатурный резерв, в котором не оставляли, если речь шла о совершении каких-либо неблаговидных дел. Н.И. Бобровников не был привлечен и к партийной ответственности, о чем свидетельствуют все его партийные документы. А это прямое доказательство его совершеннейшей порядочности.
Наиболее правдивой причиной в перемене судьбы Николая Ивановича, стала «высокая» кремлевская интрига, инициатором которой явился «серый кардинал» М.А. Суслов, выдвинувший идею о снятии Бобровникова, так как он своим упрямством и неуступчивостью раздражал руководство, часто своевольничал и принимал решения, не советуясь ни с кем.
Николай Иванович довольно быстро близко сошелся со многими сослуживцами, но, пожалуй, ближе других стал для него председатель Научно-экономического совета Александр Федорович Засядько. Их сближало многое: Засядько был его ровесником, с 14 лет работал слесарем на вагоно-паровозостроительном заводе, потом был мастером в шахте и, наконец, студентом Донецкого горного института. Во время войны стал Засядько заместителем наркома угольной промышленности, а потом, побывав на нескольких министерских постах, пришел в Госплан. Проработав здесь всего два месяца, он был назначен одним из заместителей Хрущева и возглавил Научно-экономический совет.
С Засядько Николай Иванович проработал недолго — до февраля 1963 года. Все это время Бобровников руководил отделами, которые занимались планированием перспективного развития транспорта, жилищного и коммунального хозяйства. Проблемы были хорошо знакомы ему. Но теперь он должен был смотреть на все более глобально, учитывая направление развития соответствующих отраслей экономики в масштабе страны — от Владивостока до Калининграда и от Таллина до Ташкента.
