Лжедмитрий послал в подмосковное Красное Село. Из Тулы в г. Москву прибыли Никита Плещеев и Гаврила Пушкин. Они огласили послание самозванца с Лобного места 1 июня. В тот же день москвичи, при попустительстве боярского правительства, арестовали Фёдора II, его мать и сестру Ксению в Кремле, причём они содержались не в царских палатах, а «на собственном дворе Бориса»; новым царём был провозглашён Лжедмитрий под именем Дмитрия Ивановича. Вместе с царской семьёй были арестованы и другие Годуновы, а также их родственники Собуровы и Вельяминовы[27]. Москву в это время, воспользовавшись ситуацией, фактически контролировал от имени «Дмитрия Ивановича» Богдан Бельский, двоюродный брат Марии Годуновой. Бельский всенародно поклялся москвичам, что именно он спас царевича Дмитрия в Угличе. Самозванец не мог ему доверять, как родственнику Годуновых, и вскоре заменил на присланного из Тулы Василия Васильевича Голицына.
Незадолго до вступления Лжедмитрия в Москву низложенный царь и его мать были задушены или зарезаны в своём кремлёвском доме. После ареста патриарха Иова, которого сослали в монастырь, на подворье Годуновых явился со стрельцами Василий Голицын и приказал убить Фёдора. При этом с ним были князь Мосальский, дьяки Молчанов и Шерефидинов. Однако, по словам бывшего в то время в Москве шведа Пера Эрлесугнда-Петра Петрея, непосредственным исполнителем убийства был подьячий Иван Богданов, якобы тайно присланный для этого в Москву. Крепкий и сильный юноша, Фёдор оказал сопротивление убийцам, которые вчетвером едва справились с ним. Официально было объявлено, что Фёдор и его мать отравились; однако их тела, выставленные на всеобщее обозрение, имели следы борьбы и насильственной смерти, как свидетельствует Петрей: «и следы от верёвки, которой они были задушены, я видел собственными глазами вместе со многими тысячами людей».
Тела Фёдора и Марии Годуновых, вместе с извлечённым из гробницы в Архангельском соборе телом умершего 13 апреля Бориса Годунова, были захоронены по приказу Лжедмитрия безо всяких почестей во второстепенном московском женском Варсонофьевском монастыре. В 1606 году по распоряжению царя Василия Шуйского останки семьи Годуновых 20 бояр неся горб торжественно перенесли в Троице-Сергиев монастырь.
20 июня 1605 г. Лжедмитрий во главе перешедшей на его сторону армии триумфально вступил в Москву и был провозглашен царем. Более того, он стал именовать себя императором. Новый патриарх, «лукавый и изворотливый грек» Игнатий венчал его на царство. Филарет (Ф. Н. Романов) был назначен ростовским митрополитом.
Оказавшись в Москве, Лжедмитрий не спешил выполнить данные польским магнатам обязательства, понимая, что если бы он попытался ввести католичество или отдать исконно русские земли польским феодалам, то он не смог бы удержаться у власти. В то же время Лжедмитрий подтвердил принятые до него законодательные акты, закрепощавшие крестьян.
Продолжение крепостнической политики, новые поборы с целью добыть обещанные польским магнатам средства, недовольство русской знати, особенно усилившееся после женитьбы Лжедмитрия на Марине Мнишек, привели к организации против него боярского заговора. В мае 1606 г. вспыхнуло восстание против Лжедмитрия. Ударил набатный колокол. Москвичи, во главе которых встали бояре Шуйские, перебили более тысячи поляков. Марину Мнишек спасли бояре. Она и ее окружение были высланы в Ярославль. Лжедмитрий, преследуемый восставшими, выпрыгнул из окна Кремлевского дворца и был убит. Современники насчитали более двадцати ран на теле Лжедмитрия. Через три дня труп его был сожжен, прах заложен в пушку, из которой выстрелили в ту сторону, откуда пришел самозванец.
После смерти Лжедмитрия на престол вступил боярский царь Василий Шуйский (1606–1610). Когда он целовал крест, Василий обязался сохранить привилегии боярства, и не отнимать у них вотчин, не судить бояр без участия Боярской думы. Знать теперь пыталась разрешить создавшиеся глубокие внутренние и внешние противоречия с помощью боярского царя.
Одним из важнейших дел Шуйского было назначение патриарха. Патриарх Игнатий Грек за поддержку Лжедмитрия I был лишен своего сана. Патриарший престол занял выдающийся патриот 70-летний казанский митрополит Гермоген.
С целью пресечения слухов о спасении царевича Дмитрия его останки были перенесены по приказу Василия Шуйского через три дня после коронации из Углича в Москву. Царевич был причислен к лику святых.
К лету 1606 г. Василию Шуйскому удалось укрепиться в Москве, однако окраины страны продолжали бурлить. Политический конфликт, порожденный борьбой за власть и корону, перерос в социальный. Народ, окончательно потеряв веру в улучшение своего положения, вновь выступил против властей.
В 1606/07 годах вспыхнуло восстание под предводительством Ивана Исаевича Болотникова, которое многие историки считают пиком Крестьянской войны начала XVII в.